Deutscher Kaiser Als Friedrich Wilhelm durch den Tod seines Vaters am 9. März 1888 Deutscher Kaiser und König von Preußen wurde, war er bereits so schwer an Kehlkopfkrebs erkrankt, dass er nicht mehr sprechen konnte. Seine nur dreimonatige Regentschaft endete dadurch bereits im Jahr der Thronbesteigung und machte mit der Thronbesteigung seines Sohnes Wilhelm II. das Jahr 1888 zum Dreikaiserjahr. Volkstümlich wurde der ihm zugeschriebene Ausspruch: „Lerne leiden, ohne zu klagen!“.
Mit der Zählung als Friedrich III. knüpfte er übrigens nicht an die Tradition des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation an, innerhalb derer die Zählung als Friedrich IV.richtig gewesen wäre, sondern er übernahm auch als Kaiser die Zählung der preußischen Könige. Er selbst wollte sich ursprünglich in der Tradition des Heiligen Römischen Reiches Friedrich IV. nennen, aber Bismarck riet ihm davon aus verfassungsrechtlichen Gründen ab.
Er starb am 15. Juni 1888 im Neuen Palais in Potsdam und wurde im Mausoleum bei der Friedenskirche bestattet.