ペインターを使いたいのですが、、

漫画イラスト風の、主線がクッキリしていて、
色が塗ってあるような絵を、水彩ツール以外の色塗りで
ペインタークラシックとフォトショップの併用で
描いてらっしゃる方いますか？

線画の絵をグレースケールで取り込んで保存したのを二つ作り、
一つはペインターに持っていって、色を塗って
もう一つはフォトショップで、エリミネーターホワイト（フィルター）か
もしくは主線の選択→選択範囲のチャンネルでの保存・・・などの操作で
主線以外は透明になっているセル画みたいなレイヤーを作って、
あとでフォトショップ上で合成すればいいのでは…？
と思ったのですが、合成時にズレないようにする方法とかがよくわかりません。