ペインターを使いたいのですが、、

えーとですね、多少コツがいるかもしれませんが、
バケツツールをプレス＆ドラッグしてみてください。
四角い破線が現れるでしょう？コレをうまく使うと、
開いた線でも内側の領域を塗りつぶすことができますよ。
あと、マスクブラシを利用して線画に合ったマスクを作成すれば、
線が閉じていなくても色が流れ出すことなく塗りつぶしできる
ようになると思います。

消しゴムがおかしいようであれば、カラーセットから白を選択して
適当なブラシで描けば、消しゴムと同じ効果が得られます。ただし、
レイヤー上でやる場合、透明な領域（ピクセルデータがない部分）に
消しゴムをかけるのと白で塗るのとでは効果がまったく異なるので、
注意が必要です。