ペインターを使いたいのですが、、

キャンバスに線画を表示させて、選択範囲の「自動選択」して
「画像の明るさ」で線画をマスクに変換。このとき、線画はキッチリした
黒線で描かれていないとうまく選択されないので注意。線がカスレてたり
すると難しい場合があります。
これをマスクに「新規」で保存、マスクリストを開いて適当な名前をつけます。
レイヤーを一枚追加して、さきほど保存したマスクをアクティブにして、
「選択範囲の読み込み」を実行。レイヤー上にマスクが表示されるので、
任意の色で塗りつぶします。これで線画がレイヤー上に移動できました。
あとは、キャンバスのほうを白かなんかで全部塗りつぶして消去してから
彩色すればオッケ。
ここでもマスクをアクティブにしてから「選択範囲の読み込み」を実行します。
で、あとはアニメセル塗りつぶしでうまいこと塗れると思いますよ。