DVDのくだらねえ質問はここでしろ　83枚目

http://www.fileup.org/fup117448.png
今こんな状態で上のフォルダに下のフォルダのファイルを入れて2話分一緒に変換したいんだが、
リネーム済みの赤で囲ってあるファイルだけ入れればおk？
青で囲ってあるフォルダもリネームして入れないとだめ？
青も入れないとだめだったら、どういう風にリネームすればいいかも教えていただきたいです。
よろしくお願いします。