【富士通】ゲノム創薬用高性能コンピューターを開発

富士通、ゲノム創薬用高性能コンピューターを開発
http://www.nikkei.co.jp/news/main/20031105AT1D0503W05112003.htmlﾀｿ
富士通は5日、ヒトゲノム（人間の全遺伝情報）を活用して新薬を開発する
ゲノム創薬の研究のための高性能コンピューター「バイオサーバー」を
開発したと発表した。ＣＰＵ（中央演算処理装置）を最大1920個搭載でき、
遺伝子からつくられるたんぱく質の構造を高速でシミュレーションできる。

バイオサーバーは研究開発子会社の富士通研究所（川崎市、藤崎道雄社長）
と共同で開発した。ＣＰＵには富士通製のプロセッサー「ＦＲ―Ｖ」を採用する。
個々のＣＰＵで別々の計算を並列してできるため、数万から数百万の原子で
構成されるたんぱく質の複雑な構造を高速で予測できる。

三菱化学が全額出資するバイオベンチャー、ゾイジーン（横浜市、中山清社長）と
共同でバイオサーバーを使ったゲノム創薬研究の実証実験を始めた。
あるたんぱく質の構造予測ではＦＲ―Ｖを使ったＣＰＵ1個では63年かかる
シミレーションが12日で済む。

富士通は実証実験の成果を踏まえ、来春以降、サーバーの販売やサーバーを
使ったシステムの構築などバイオ創薬研究向けの事業を本格化させる。 (23:23)

＃　ｽｺｰｼ関連ｽﾚ：

【医学薬学生物学ﾌﾞﾁﾞﾈｽ】たんぱく質構造解析で日本独走　１年に５００種
http://book.2ch.net/test/read.cgi/bizplus/1067994051/l50

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バイオサーバーって言い方が紛らわしいよね。日本人英語はこれだから…

これがペタフロップスのスーパーコンピュータと噂されていたヤツかな？

ほんとかこれ？
今の技術で1920個も使えるのか…

ってLAN介してるとかの疎結合じゃないよな？

（別ｿｳｽ）
解析時間2000分の1、富士通がタンパク質分子動力学計算用サーバー
（日本工業新聞　2003/11/6）
http://www.jij.co.jp/news/soft/art-20031105190305-QRZVHXHUMR.nwcﾀｿ
富士通、富士通研究所は5日、超並列コンピューターを活用して、解析時間を従来の
約2000分の1に短縮するタンパク質分子動力学計算用サーバー「バイオサーバー」を
開発したと発表した。
遺伝子情報を活用したゲノム創薬では、標的タンパク質をさまざまな医薬候補化合物と
相互作用させて結合力の強い物質を選び出すスクリーニング工程の高速化が重要になる。
試験管などを使用する実験系に代えて、ＩＴ（情報技術）活用による高速化が期待されて
いるが、これまで並列処理に適した計算分割法がなかった。

タンパク質は生体中では周囲を水分子に囲まれた状態で熱的振動しながら存在しており、
エネルギー的に安定な状態を遷移しながら、医薬候補化合物と複合体を構成する。
富士通は、タンパク質立体構造の周囲に、確率的に取り得るさまざまな水分子の状態を
組み合わせた一つひとつのケースについて、各ＣＰＵ（中央演算処理装置）に計算させる
手法を採用した。従来の空間的に分割したうえで並列計算させる方法では、ＣＰＵが
数十台で高速効果が限界に到達したが、新しい計算手法を採用した場合、増やした
ＣＰＵの数に比例して計算を高速化できる。

たとえば、実験系で1カ月、従来のシミュレーションで63.4年かかる計算も、ＣＰＵを
1920個搭載したバイオサーバーなら計算時間を12日に短縮できる見込みだという。

三菱化学全額出資子会社で、ゲノム創薬資源の開発とそのライセンスを行うゾイジーン
（横浜市青葉区）と共同でシミュレーションに使用して精度、計算時間、導入による費用対
効果を来年早々に検証したうえで、事業化を検討する。

＃　此はﾁﾔﾚｿﾁﾞｿｸﾞなﾌﾟﾛﾁﾞｴｸﾄだがや。

＃　ゾイジーン株式会社ﾀｿ
　　http://www.zoegene.co.jp/ﾀｿ

ビルヂングがんばってるな。
俺はほとんどＲＯＭユーザーだが、結構ビルジングのチョイスは参考になる。
ありがとう、ビルヂング。

いまのUDとかSETI@Homeより、はやいの？

ビルヂングは言葉遣いだけ何とかしろ

おれも世界級のCPU何個もつかってWindowsXPを
つかってみたいのら。

２時間のＤＶＤの映画ならDIVXで１分もかかんないだろうな。

おれもこんな装置を使っていっぱいいっぱいくだらないことしたいな。

さすが富士通。
パーツ屋行って
自作でこれと同じモノを作るバカが出てくれば最高なんだがｗ

シミレーション。

ツレミューション

>>10
それ、おもしろそう。

すごいCPUだね。

＞ＣＰＵ（中央演算処理装置）を最大1920個搭載でき

おいおい…