【SARS】ｹﾞﾉﾑ配列を解読 ﾔﾊﾟｰﾘ、ｺﾛﾅｳﾞｧｲﾗｽだたyo【米国ｻｲｴｿｽ誌が２報文を公開】
Lancetの報文を一つ読んだので要約しる。
Early online publication
Volume 361, Number 9369 10 May 2003
Comparative full-length genome sequence analysis of 14 SARS coronavirus isolates and
common mutations associated with putative origins of infection
14種のSARSｺﾛﾅｳﾞｧｲﾗｽの全長ｹﾞﾉﾑ比較と共通変異による感染源推定
YiJun Ruan et al.
序
SARSは新種のｺﾛﾅｳﾞｧｲﾗｽに起因しる。
各地で採取されたｳﾞｧｲﾗｽのｹﾞﾉﾑを比較しると変異の知見が得られ、ｳﾞｧｯｸｼｰｿ開発にも役立つ。
方法
症例SIN2500、一次接触者(SIN2774, SIN2748, and SIN2677)および二次接触者(SIN2679)の
SARSｳﾞｧｲﾗｽの全ｹﾞﾉﾑ配列を調べ、既知の配列Cana (TOR2), Hong Kong (CUHK-W1 and HKU39849),
Hanoi (URBANI), Guangzhou (GZ01), and Beijing (BJ01, BJ02, BJ03, BJ04)と比較した。
結果
上記14種のｳﾞｧｲﾗｽ株に127変異と２欠損（non-coding）をﾊｹｰﾝした。
変異は培養中にも生ずるが複数回出現すれば天然の可能性が高い。
２以上の単離株で再現した変異は16ヶ所、３以上が８ヶ所、５以上が４ヶ所。
9404 orf1a Val→Ala
（17564 orf1ab Asp→Glu （T/G polimorphism） ）
19084 orf1ab Ile→Thr
22222 S1(Spike) Ile→Thr
27827 non-coding
４ヶ所の変異の分布から、香港ﾎﾃﾙM起源の遺伝子型と、
香港・広東ないし北京起源のものが明瞭に区別される(p<0？)。
他の共通変異からｼｿｶﾞﾎﾟｵﾙ系と北京系も差異が明らか。
考察
SARSｳﾞｧｲﾗｽの遺伝子配列は変異が生じており、
接触感染源の履歴と地理に基づいた系統分類が可能。
SﾀｿﾊﾟｸのS1領域にも変異が見られ、ﾎﾃﾙM系では22222(Ile)、
これ以外では22222(Thr)。
この変異は免疫の淘汰圧を受けておる可能性がある。
＃ ﾎﾟｲｿﾄ
Sﾀｿﾊﾟｸはｳﾞｧｲﾗｽの外殻に位置し抗原となりうるﾀｿﾊﾟｸであるが、
この部位の変異株が見つかった。かう云ふ変異を平気でしるﾔｼとすれば、
ｳﾞｧｯｸｼｰﾝを作ってもすぐ効かなくなるおそれあり。ﾏﾂﾞｰ
Early online publication
Volume 361, Number 9369 10 May 2003
Comparative full-length genome sequence analysis of 14 SARS coronavirus isolates and
common mutations associated with putative origins of infection
14種のSARSｺﾛﾅｳﾞｧｲﾗｽの全長ｹﾞﾉﾑ比較と共通変異による感染源推定
YiJun Ruan et al.
序
SARSは新種のｺﾛﾅｳﾞｧｲﾗｽに起因しる。
各地で採取されたｳﾞｧｲﾗｽのｹﾞﾉﾑを比較しると変異の知見が得られ、ｳﾞｧｯｸｼｰｿ開発にも役立つ。
方法
症例SIN2500、一次接触者(SIN2774, SIN2748, and SIN2677)および二次接触者(SIN2679)の
SARSｳﾞｧｲﾗｽの全ｹﾞﾉﾑ配列を調べ、既知の配列Cana (TOR2), Hong Kong (CUHK-W1 and HKU39849),
Hanoi (URBANI), Guangzhou (GZ01), and Beijing (BJ01, BJ02, BJ03, BJ04)と比較した。
結果
上記14種のｳﾞｧｲﾗｽ株に127変異と２欠損（non-coding）をﾊｹｰﾝした。
変異は培養中にも生ずるが複数回出現すれば天然の可能性が高い。
２以上の単離株で再現した変異は16ヶ所、３以上が８ヶ所、５以上が４ヶ所。
9404 orf1a Val→Ala
（17564 orf1ab Asp→Glu （T/G polimorphism） ）
19084 orf1ab Ile→Thr
22222 S1(Spike) Ile→Thr
27827 non-coding
４ヶ所の変異の分布から、香港ﾎﾃﾙM起源の遺伝子型と、
香港・広東ないし北京起源のものが明瞭に区別される(p<0？)。
他の共通変異からｼｿｶﾞﾎﾟｵﾙ系と北京系も差異が明らか。
考察
SARSｳﾞｧｲﾗｽの遺伝子配列は変異が生じており、
接触感染源の履歴と地理に基づいた系統分類が可能。
SﾀｿﾊﾟｸのS1領域にも変異が見られ、ﾎﾃﾙM系では22222(Ile)、
これ以外では22222(Thr)。
この変異は免疫の淘汰圧を受けておる可能性がある。
＃ ﾎﾟｲｿﾄ
Sﾀｿﾊﾟｸはｳﾞｧｲﾗｽの外殻に位置し抗原となりうるﾀｿﾊﾟｸであるが、
この部位の変異株が見つかった。かう云ふ変異を平気でしるﾔｼとすれば、
ｳﾞｧｯｸｼｰﾝを作ってもすぐ効かなくなるおそれあり。ﾏﾂﾞｰ
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61 ：大 名 古 屋 ビ ル ヂ ン グ＠大名古屋ビルヂングφ ★：03/05/12 04:35 ID:???
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Commentary
Comparative analysis of the SARS coronavirus genome:
a good start to a long journey
Earl G Brown, Jason A Tetro
与利：
・SARSｳﾞｧｲﾗｽには５つの open reading frame があり、そのｺｵﾄﾞしるﾀｿﾊﾟｸの機能は
不明だが、これまでのｳﾞｧｲﾗｽ研究の経験によれば、免疫作用に拮抗しるﾀｿﾊﾟｸである
おそれがある。分子ｳﾞｧｲﾗｽ学者はこの部分の解析を急げ。
・呼吸器系の流行性疾患の最悪の事例は1917〜1919年のｲｿﾌﾙｴｿｻﾞAである。
人畜共通性、呼吸器および消化器系の双方の疾患、変異性の点で不吉にもSARSは似ておる。
ｲｿﾌﾙｴｿｻﾞAの事例を研究しればSARSへの対処に役立つかも知れない。
Commentary
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与利：
・SARSｳﾞｧｲﾗｽには５つの open reading frame があり、そのｺｵﾄﾞしるﾀｿﾊﾟｸの機能は
不明だが、これまでのｳﾞｧｲﾗｽ研究の経験によれば、免疫作用に拮抗しるﾀｿﾊﾟｸである
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