量子化学の話題はこのスレで MP3

1 ：初代１：04/05/01 07:19

このスレもとうとう３スレ目。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。

荒れそうになったらその話題は即中止。
守れない人は MP30 のダイアグラムを手で全部書き下すこと。

前スレ　量子化学の話題はこのスレでパート２
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1069578310/
！量子化学の話題はこのスレで！
http://science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/

2 ：あるケミストさん：04/05/01 08:52

2get

3 ：あるケミストさん：04/05/01 09:33

>>1
乙！

＞守れない人は MP30 のダイアグラムを手で全部書き下すこと。
ﾜﾛﾀ

4 ：あるケミストさん：04/05/01 12:36

>>3
>>MP30のダイアグラム

そんなのできるか！

5 ：あるケミストさん：04/05/02 14:39

Gaussianで表面現象について、調べています。
表面へ吸着させる化学種としてH2Oを使っているのですが、
表面構造とH2Oの垂直方向距離を変えてエネルギーを調べたところ、
15kcalmol-1程度の振動ばかりのグラフが得られました。
（中には、距離が0.1Å変化しただけで40kcalmol-1も振動）

こんなこと、実際にはありえませんよね。一体、何が悪いのでしょうか？
ちなみに、計算はB3LYP/3-21Gです

6 ：あるケミストさん：04/05/02 14:47

http://molcal-web.hp.infoseek.co.jp/
ここに詳細なでーたありますた

7 ：あるケミストさん：04/05/02 15:06

>>5

B3LYPと３－２１Gを使った理由は？

8 ：5：04/05/02 15:14

>>7
計算化学関係の論文を見て見ると、殆どがB3LYPでした。
密度汎関数法による計算を行いたく、また重金属原子を含んでいるという
ことから、B3LYPを使いました。

基底関数として3-21Gはレベルが低いですが、系が大きいことと
とりあえず低いレベルで計算したらどうなるかを調べてみようと思い、
3-21Gを使いました。

9 ：あるケミストさん：04/05/02 15:40

岡山理科大のレベルでは難しいでしょうな。
やはり、東京工科大学で勉強するべきだ。

10 ：あるケミストさん：04/05/02 15:59

>>8

B3LYPなどのDFTが流行してる理由は、
B3LYPは計算時間が少なくて、電子相関をある程度取り込めるからです。

電子相関を取り込むために必要な基底関数には、分極関数が含まれてることが必要。
たとえば、６－３１G(d)です。（これでも、まだ基底関数が小さい感じです。）

したがって、B3LYP/6-31G(d)以上の計算が必要です。

11 ：あるケミストさん：04/05/02 16:04

>>8
重金属が入っているということなので、3-21Gはちょっとまずいね。
6-31Gでも難しいくらいで。
参考になる論文があるのなら、基底関数もそれにあわせてみたほうがいいと思う。

12 ：あるケミストさん：04/05/02 16:55

>>10
>>電子相関を取り込むために必要な基底関数には、分極関数が含まれてることが必要。

まじかよ。

13 ：いいかげんにしろ：04/05/02 17:24

>>9

>>12

14 ：あるケミストさん：04/05/02 18:36

>>5
金属（クラスター？）の方の電子状態は望んだものでしょうか？
＃スピン状態とか、電荷分布に関して、と言うことです。
0.1Åの変化で40kcal/molの変化は金属側の電子状態が変化した
可能性もあります。電荷分布やスピン密度の変化は、連続でしょうか？

15 ：あるケミストさん：04/05/02 21:23

なかなか面白い掲示板だ。

16 ：あるケミストさん：04/05/03 09:36

シングルポイント計算をしています。
SCFの収束条件は「RMSDPがD-05のオーダーになり、なおかつMaxDPが
D-03のオーダーになること」と理解していますが、RMSDPがD-03に、
MaxDPがD-01のオーダーに突入すると

Restarting incremental Fock formation

というメッセージが出て振り出しに戻っているみたいであり、
なかなか収束してくれません。

何か打つ手はあるのでしょうか。
教えてください。

17 ：あるケミストさん：04/05/03 10:14

>>16
try scf=qc or scf=(tight,vshift=1000000).

18 ：あるケミストさん：04/05/03 10:43

>>17

ありがとうございます。

19 ：あるケミストさん：04/05/03 10:46

>>17

ちなみにRMSDPとMaxDPの具体的な意味は何でしょうか？
とりあえずそれが収束条件だということは理解しています。

20 ：あるケミストさん：04/05/03 15:36

マリケンポピュレーション解析（デフォルト）とNBOポピュレーション
解析はどのように使い分けるのでしょうか？

21 ：あるケミストさん：04/05/03 16:45

diffuseを含んでるんですが

22 ：あるケミストさん：04/05/03 16:58

>>5

MP2/3-21G見て、どんな感じする？

23 ：あるケミストさん：04/05/03 18:48

>>20
共に糞

AIM、使え。

24 ：あるケミストさん：04/05/03 18:53

>>19
礼の教科書嫁。

25 ：あるケミストさん：04/05/03 19:04

>>24

構造最適化の収束判定に関する記述なら見つけましたが、
SCFの収束判定に関する記述は見当たらないのですが、、、。

マニュアルではなくて和文の教科書ですよね？

26 ：あるケミストさん：04/05/03 19:18

>>23

いろいろな方法あるけど、絶対良い方法なんかあるわけない。
電荷は、量子力学では観測不可能な物理量だから。
たとえば、どこまでをその原子の領域に加えるかで、値が変わるから。
NaClの場合でも、領域の取り方によって、
極端なこといえばNaの電荷は0になることだってありえる。

個人的には、
MPAでも十分な場合が多い。
NPAもいい。CPUがほとんどかからない。diffuseの影響もない。
AIMはCPUがものすごくかかる。すこし大きい分子でさえ、エラーで終了した。
CHELP,Merz-kollman,CHELPGなどもあまりCPUかからない。
分子によってきわめて有用な場合と全然駄目な場合がある。
RISM-SCFもこれらの方法を使ってる。

NPAとAIMの開発者はいい研究者です。
NPAの開発者に質問したら、返事くださり、その上新しいバージョンを無料提供しますと書いてありました。
AIMの開発者もプログラムをMTで無料で提供して下さりました。

27 ：あるケミストさん：04/05/03 19:21

>>25

ほとんど考える価値ないから、気にしなくていい。

28 ：あるケミストさん：04/05/03 19:22

>>23,>>20

確かに、方法論的には、AIMが一番いいと思う。だけど、それにもかかわらず、
炭化水素で水素の方が陰性になったりして、数値的にはダメだというのはよく
知られた話ではないのかな？個人的には、NBOの方が使えると思ってるんです
が。

29 ：あるケミストさん：04/05/03 19:48

>>5

君、PPPとかMNDOとかHF/STO-3Gで練習してから本番しないと。ｗ

30 ：あるケミストさん：04/05/04 03:10

私は、あまりローレベルで練習することを薦めません。
理由は、
ローレベルの結果で変な先入感が付く事と、
昔に比べてCPUをけちけち使う必要がないからです。
それに、どっちみち最後には本番の方法使うから、練習は無駄になります。

だいぶ前からいきなり本番の方法で計算してます。

31 ：あるケミストさん：04/05/04 13:48

>>5

重金属で系が大きいんだったら、LANL2DZやCEP-31GなんかのECP付の基底関数
使ったほうがいいのでは。金属にもよるけど、all electronでやってたら、
時間がかかるし、記述も悪くないか？

32 ：あるケミストさん：04/05/04 14:08

こっぱ天狗の教授（K大）に聞けば。

33 ：あるケミストさん：04/05/04 15:16

>>32

山田君、座布団全部もっていって。

34 ：３３：04/05/04 16:13

佐藤君、でていって。

35 ：３３：04/05/04 16:18

>>5

ちょっとひでー思いしたら、人のありがたみがわかるという意味。
赤の他人がなぜ教えてやって、その上ふざけた事言われないケネーのだよ。
ありがとうございましたくらい家。

36 ：あるケミストさん：04/05/04 16:58

スルーが一番

37 ：あるケミストさん：04/05/04 17:28

>>23
>>26
>>28

どうもありがとうございました。
感謝いたします。

38 ：あるケミストさん：04/05/04 17:49

http://www.geocities.co.jp/Playtown-Rook/3702/index.html

39 ：あるケミストさん：04/05/04 23:40

前、酒にECPのこと聞いたら怒りに満ちた手紙いただいたよ。
数年後、俺が酒を生理的に嫌いとも知らずに、にこにこ顔で近寄ってきた。
そのとき時、無視したよ。（足踏んだかも、でもいいや。無視しよう。）
後で、酒ノイローゼみたいにホテルのロビーでぐったりしてたよ。
後でわかったのだが、翌年定年してた。
それで、濡れ落ち葉をだれも相手しないのだなーと思った。

因果報酬。
他人をごみのように扱う奴は、いずれ他人からゴミのように扱われるのだ。
それがわからん酒は、よほどの鈍感女としかいえんよ。

人の怖さを知ってから、俺は１人でいたがるようになったのかもね。

40 ：あるケミストさん：04/05/05 06:59

AIM とか NPA とかって何ですか？

41 ：あるケミストさん：04/05/05 09:14

>>33-35
しかしながらこんな場所でこんな負け犬の遠吠えみたいな書込みを誰がして
いるのかが分かってしまうというのも居心地悪いものだな。

42 ：あるケミストさん：04/05/05 09:25

>>41
MP30 の刑？

43 ：あるケミストさん：04/05/05 10:51

>>40
霊の今日箇所，夜目．

44 ：酒のような怒りをさけよ：04/05/05 13:42

>>40

Googleで検索試みよ。
それでも駄目なときだけ、質問せよ。

45 ：あるケミストさん：04/05/05 13:47

>>39

39をMP30の刑に処す。

2004年5月31日までにダイアグラムを手で全部書き下すこと。

46 ：あるケミストさん：04/05/05 14:01

>>45
MP30の刑はきみ。きみがレスしちゃった相手が誰なのかよく見ろ。

47 ：あるケミストさん：04/05/05 14:14

はい、これで終了。

48 ：あるケミストさん：04/05/05 14:26

>>44
AIM は普通の単語にあるから、ググるのは難しいね...。
何の略か分かればいいんだけど。

49 ：あるケミストさん：04/05/05 14:48

>>48
AiMといえば前田愛に決まっておるでわないか。

50 ：あるケミストさん：04/05/05 15:23

ググるときに、AIMとGaussian98の２つをキーワードに入れればよい。

51 ：あるケミストさん：04/05/05 15:23

>>48

Baderのatoms in moleculeのこと。開発者自身がＨＰ作ってるので、
'atoms in molecule' Baderで検索すればつかまる。

52 ：あるケミストさん：04/05/05 15:26

AiM、ﾏﾝｾｰ

53 ：あるケミストさん：04/05/06 10:55

>>50-51
ありが?ｫ。調べてみます。

54 ：あるケミストさん：04/05/06 18:36

Mac からだと㌧が書き込めなかったよ。
迂闊だった。

55 ：あるケミストさん：04/05/06 18:51

みんなどういう研究に興味あるの？

56 ：あるケミストさん：04/05/06 23:09

お前の言ってる事は、空想の世界でだけ成り立ってるだけであること証明できた。
現実は、だれも自分の情報なんか出さないで、他人の情報得たいだけ。
要するに、他人を利用したいだけ。

>しかし、いろんな人と情報交換しながら研究するという研究スタイル
もあります。
大天才までいかない大半の研究者にとっては後者の研究スタイルの
方が現実的です。同じ時間でより多くの成果が出ます。
そして、この研究スタイルの場合、人間関係が重要です。
人間関係といっても別にプライベートでベタベタするとかそういう
ものではないですよ。あくまでも研究における人間関係です。

57 ：あるケミストさん：04/05/07 01:33

>同じ時間でより多くの成果が出ます。

英文論文（審査有り）どれくらい出版できたの？
まさか、１桁ではないだろうな。

なんか、２，３報のような気するよ。

58 ：あるケミストさん：04/05/07 06:38

その話題は即中止。

59 ：あるケミストさん：04/05/07 19:42

>>56
>>57

なんでいまごろ前スレの話題が出てくるんだ？

60 ：あるケミストさん：04/05/07 20:51

なぜ？

61 ：あるケミストさん：04/05/08 00:21

やっぱり。

62 ：あるケミストさん：04/05/08 02:53

あの～、量子化学計算に興味のある学部学生なんですが
gaussian03がアカデミック版でも15万とか、ｶﾞｳｽﾋﾞｭｰが10万とか…
簡単に手を出せる額じゃないです。
研究室に配属されたら費用って持ってもらえるんでしょうか？？

63 ：あるケミストさん：04/05/08 03:10

>>62
金が無いなら GAMESS 。これ定説。

64 ：あるケミストさん：04/05/08 05:15

>>62

普通は研究室が買ってくれるもの。

65 ：あるケミストさん：04/05/08 07:11

消化棒の　原田　量子化学て絶版か？　amazonとかで検索してもでなくなったが

■近藤保, 真船文隆単行本（ソフトカバー） (1997/11) 裳華房

最近ではこれが一番まともかな　
ほんと読み物みたいなくだらん本しかなくなったと思う
シュレディンガー方程式、調和振動氏はpauling wilsonが一番いいな

分子軌道とかはLoweのQuantum chemistryがよく書き込まれてると思うな

Levine　Quantum chemistryも文献は豊富でいいんだが、Merzbacherの量子力学を参照せよ！
の書き込みがマジでうざい

もまいらの世代は何の本で基礎固めした？

66 ：あるケミストさん：04/05/08 09:44

もともと物理屋だったから、実は量子化学をちゃんと
勉強したことはありません。
量子力学なら、JJサクライ（吉岡書店）がおすすめですが、
量子化学に関しては逆に教えてほしいくらいです。

67 ：あるケミストさん：04/05/08 10:01

>>65
> 消化棒の　原田　量子化学て絶版か？　amazonとかで検索してもでなくなったが

もしかしたら手に入るかも。
ttp://www.jbook.co.jp/product.asp?product=933054
ttp://www.e-hon.ne.jp/bec/SA/Detail?refShinCode=0100000000000000564207
ttp://www.bk1.co.jp/cgi-bin/srch/srch_detail.cgi/409c2b568cdf80105555?aid=&bibid=00133818&volno=0000

68 ：あるケミストさん：04/05/08 13:02

研究に役立つ本読まないと。

69 ：あるケミストさん：04/05/08 13:46

>>68

それはその人の到達段階などにも依るでしょう。

70 ：あるケミストさん：04/05/08 15:10

次スレのテンプレには、関連書籍リストいれまっしょ

71 ：あるケミストさん：04/05/08 15:16

>>70
何年後？

72 ：あるケミストさん：04/05/08 15:31

モロクマらの量子化学入門は必須。

73 ：あるケミストさん：04/05/08 15:45

研究に直接役立つ本は、Wileyのみ。

Young教授の本：よくできてる。計算屋には、必須。
Cramer教授の本：最近の方法が書いてある唯一の本。
DFTの本：３ｒｄ出るの待ってます。

74 ：あるケミストさん：04/05/08 15:57

>>71
前スレの進み具合から見るに、半年後くらいかな。

75 ：あるケミストさん：04/05/08 16:18

印税目当てだけのために書いた本シリーズもいいよ。

有用なHPシリーズもいい。

学習者用の本とHPシリーズもいいな。

76 ：あるケミストさん：04/05/08 17:02

丸善の理論・計算化学・...もいい。
将来の展望が書いてある。

テレビの宣伝時間に寝ながらちょっとだけ読むのがこつ。
どの本、文献でも。

77 ：あるケミストさん：04/05/08 17:55

>>62

コンパイルなんか全部するつもり？
とりあえず、RCCSを利用すべき（無料）。

78 ：あるケミストさん：04/05/08 19:48

切り番号ごとに本やHPのまとめしましょう

79 ：65：04/05/08 21:08

>>70

ちと洋書とごちゃまぜに恐縮だが、、、

【量子化学一般】
物理化学―分子論的アプローチ (上) ：マッカーリ、サイモン、東京化学同人(1999)
Quantum chemistry(5th edtion)：Levine(1999)
Quantum chemistry：McQuarrie(1983)
量子化学　原田義也、裳華房(1978)
Introduction to Quantum Mechanics with Applications to Chemistry:Pauling and Wilson
(1935)⇒Dover(1985)　白水車の訳本あり

【量子力学の初級用】
量子力学、原康夫、岩波書店(1994)
量子力学（改訂版：Ⅰ、Ⅱ）、小出昭一郎、裳華房(1990)
初等量子力学(改訂版）、原島鮮、裳華房(1986)

【計算化学向け】
Essentials of Computational Chemistry：Cramer, Wiliy(2002)
Computational Chemistry：Young, Wiliy(2001)
A Chemist's Guide to Density Functional Theory, 2nd Edition, Wiliy(2001)
Modern Quantum Chemistry:Szabo, (1989)⇒Dover(1996)
三訂量子化学入門上下：米沢貞二郎ら、化学同人(1983)
Quantum chemistry(2nd edtion)：Lowe(1993)
分子軌道法：藤永茂　岩波書店(1980)絶版

80 ：あるケミストさん：04/05/08 21:59

研究を始めたころ、次の本を愛読してました。

Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 2nd
Gaussian, Inc. (1996)

81 ：あるケミストさん：04/05/08 23:28

２０００年ころの化学に連載されてたH先生の大学院講義。

82 ：あるケミストさん：04/05/09 00:35

>>73

細かい話だが、Davidは教授ではない．彼はテキサスの企業人なので、
書くならYoung博士．

83 ：あるケミストさん：04/05/09 01:17

>>82

確かにそうかもしれないけど、向こうの人たちはあまり厳密ではないみたいです。
JCCのアメリカの編集長も企業のひとです。
JCCの著者向けのHPでは、Dr.と書いてありますが、
メールや電子投稿のHPの肩書きは、Prof.でした。
カバーレター書くとき、Dr.にしましたが、次から、Prof.にします。

向こうの人は、実力がある人に対して、Prof.と書いてもいいみたいです。

84 ：あるケミストさん：04/05/09 01:35

俺、学生だけど Prof. でメール届いたよ。
相手の役職がよく分かんない時は、とりあえず Prof. にしてるんだろうね。
フェイルセーフってやつかな。

85 ：あるケミストさん：04/05/09 02:00

よくあるよ。
単著で論文投稿したら、Prof.００でメール来ることよくあるよ。

86 ：あるケミストさん：04/05/09 02:09

MOとは関係ないですが、
ポーリングの化学結合に圧倒されました。

古い本なのに、これだけの迫力があるのは、
やっぱり、ポーリングが天才だったからだと思いました。

MOの本よりもむしろ新鮮さを感じました。

87 ：あるケミストさん：04/05/09 03:47

BrooksのいるScripps Research Instituteは，企業というよりは私立の
研究所です．PhD programも持っているので，教育機関でもありますし，
彼の肩書きは正にprofessorです．まあどうでもいいんですけど．

88 ：あるケミストさん：04/05/09 04:27

>>79
乙！

切り番の方、追加でまたレスお願いします。

ザボは原書なわけね。そうですか。原書で励みす。

89 ：あるケミストさん：04/05/09 06:56

>>88

だって、Doverだもん　激安でっせ　旦那　amazonみたら15% offとかで2000円しないよ
訳書かったら上下でアヒャヒャ

90 ：あるケミストさん：04/05/09 06:58

>>89
確かに、上下高杉。一回絶版になって手に入らなくなったけど。

91 ：あるケミストさん：04/05/09 15:02

論文の書き方・投稿に関する本も教えてほしいです。

92 ：あるケミストさん：04/05/09 15:05

>>91

あることはありますが、医学・分子生物学の人が書いた本が多いです。
なのであまり参考にはならないと思います。

93 ：あるケミストさん：04/05/09 18:13

>>75

１．多色刷りのけばい本。
２．内容は、量子化学ではなく量子力学の入り口くらいがちょっとかいてあるだけ。

94 ：あるケミストさん：04/05/09 19:52

量子化学っちゅうのは要は原子分子をシミュレートする分野ってことで合ってますか？
なんかうちの先生に聞いても「そうじゃないんだけどね」ではぐらかされてばっかりでよくわかりまへん

95 ：あるケミストさん：04/05/09 20:05

「計算機シミュレーション」は、MD,MC,（MM)と理解してます。
量子化学計算（MO,VB)は、「計算機シミュレーション」外。

ある学会のポスターで、「計算機シミュレーション」の見出しにMOの計算結果が書いてありました。
思わず、噛んでしっまった。実験屋の女であることを考慮すべきだった。

96 ：あるケミストさん：04/05/09 20:28

>>92

この本は役立ちますか？

The Art of Scientific Writing: From Student Reports to Professional Publications in Chemistry and Related Fields, 2nd, Completely Revised Edition
Hans F. Ebel, Claus Bliefert, William E. Russey
ISBN: 3-527-29829-0
Paperback
608 pages
February 2004
£24.95 / €37.50

97 ：あるケミストさん：04/05/10 00:24

馬鹿馬鹿しくなったので、引退します。

98 ：あるケミストさん：04/05/10 12:27

>>95
いや、それは考えが偏りすぎじゃないか？

量子化学計算も、「計算機シミュレーション」だろ？　
計算機によって実際の分子の電子状態をシミュレーションする（まねる）、という点においてはね。

99 ：あるケミストさん：04/05/10 17:53

あほ

100 ：１００GET：04/05/11 01:48

「計算機シミュレーション」の名が付く本、全部読め。
ちょっとは、Goo...などで検索しろ。

それでも、屁理屈こねるのだろう。
１．MOもちょっと書いてある。
２．Car-Parinello（つづりチェックしてね）のことも書いてある。

１も２もMDとMCの関連で書いてあるだけ。
たとえば、ポテンシャル関数の決定にMOを使ってるから。

この板も枯れたね。
あほらしくて、あほ相手できるか。

101 ：あるケミストさん：04/05/11 02:10

その話題はここで終了。

102 ：あるケミストさん：04/05/11 02:51

「量子化学計算」は計算機シミュレーションに含めても良いだろう。
それらは「電子状態理論」とは区別されるべきではあるが。

前者のテキストを追加しておくと、
F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry (Wiley)
A. R. Leach, Molecular Modelling (Prentice Hall)

Leach のは割と新しい方法も載っている。Jensen のはしっかり書いてある
という印象。新しい方法は原著を見れば良いので、教科書は網羅的なものよりも
背景と理論がしっかりしているものが好みだ。

より「理論」的にしっかり書かれているのは、（この名著が既出でないのは納得できん）
R. McWeeny, Methods of Molecular Quantum Mechanics (Academic Press)
あと、学生には高価かも知れんが
T. Helgaker, P. Jorgensen, J. Olsen, Molecular Electronic-Structure Theory (Wiley)
は 900 ページにもなる労作。

103 ：あるケミストさん：04/05/11 03:08

ついでだが、Jensen のは確かにしっかりしているのだろうが、その分、この手の
入門書としては中途半端な印象もある。むしろ Leach や Cramer の様に理論的には
少々表面的でもマニュアル本に徹してしまった方がユーザーには親切なのかも知れない。

104 ：あるケミストさん：04/05/11 08:50

狭い意味でのシミュレーションは、原子が動き回るようなダイナミックな
振る舞いを再現することなのかもしれない。
だからMCやMDはシミュレーションだけど、量子化学はシミュレーション
ではないという意見が出てくるのかもしれない。
でも、広い意味では量子化学もシミュレーションではないだろうか？

105 ：あるケミストさん：04/05/11 21:13

丸善の計算化学（７９００円）は買うべきですか?

106 ：あるケミストさん：04/05/11 21:47

>>104
あほ

107 ：あるケミストさん：04/05/12 14:49

>>106
首つって氏ね

ttp://www.chem.tamu.edu/LMS/

108 ：あるケミストさん：04/05/13 00:43

ﾌﾟﾌﾟﾌﾟ、量子化学計算がｼﾐｭﾚｰｼｮﾝなわけねーだろ。ﾀｺが。

109 ：あるケミストさん：04/05/13 00:47

Engrish?

110 ：jax_accepted：04/05/13 01:52

>>104=107 必死だなｗ　ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝｹﾞｰﾑでもやってろﾊｹﾞがｗ

>>109　ﾃﾒｰ英語で論文書いたことないだろｗ

111 ：あるケミストさん：04/05/13 01:57

aho

112 ：OED：04/05/13 02:05

simulate, v.
To imitate the conditions or behaviour of (a situation or process) by means of
a model, esp. for the purpose of study or of training; spec. to produce a computer
model of (a process).

お舞らもうやめれ。
量子化学計算は主に１電子軌道モデル（Hylleraas モデルでも密度汎関数モデルでもいい
けどな）に基づいて原子分子内の電子状態をシミュレートする学問分野と言って良いだろう。
MD, MC, MM だけがシミュレーションと考える香具師は視野が狭いか頭悪いかレベル低いか
その全部ということ。

113 ：あるケミストさん：04/05/13 03:40

>>112

（日本の）学会でそういうこというと、０人扱いされるよ。

勇気あるなら、MOの計算結果を「０００のシミュレーション」の演題名で発表してごらん。

114 ：あるケミストさん：04/05/13 06:52

>>112
電子が本当にAOやMOの形していると、信じて疑わない人には
シミュレーションしていると思っていません。

この人達はシュミレーションしているんです。

115 ：あるケミストさん：04/05/13 08:18

やっぱ Engrish か。

116 ：あるケミストさん：04/05/13 09:36

要するに意味と慣習のどちらを重視するかで見解が分かれる
ということなのでは？

シミュレーションという言葉の意味を重視するならば、
言葉の定義しだいでは量子化学もシミュレーションになる。

しかし、慣習を重視するならば、量子化学はシミュレーション
ではないという見解が大勢派だろう。

117 ：あるケミストさん：04/05/13 16:26

で、結局量子化学ってなんなのですか…
計算量子化学　と　量子化学　は別？

118 ：あるケミストさん：04/05/13 18:10

シミュレーションだよ

119 ：あるケミストさん：04/05/13 18:21

実験屋にとって、量子化学はシミュレーション

120 ：あるケミストさん：04/05/13 19:18

>>117

ノーベル賞をとられたF先生によると、
「この学問分野のおもな任務とするところは、化学にとって有意義な近似法の探求にほかならないといいうる。」
（量子化学入門の序）

最初、この文章よんだとき、すこしがっかりしました。
しかし、研究を長くすればするほど、意味が良くわかるようになりました。

121 ：単なる言葉の定義にすぎない：04/05/13 19:26

100: そこのキムワイプで鼻かんでいるチミ (510)

キムワイプは、鼻紙か？
鼻紙は、キムワイプか？

キムワイプはキムワイプ。
鼻紙は鼻紙。　

いつまでも考えることではない。

122 ：あるケミストさん：04/05/13 19:26

それは痛感するね。

123 ：あるケミストさん：04/05/13 20:12

>>120
え？っていうか、近似法自体を探求してるﾋﾄってここに居るんですか？
近似法を使って、いろいろ説明したり予測したり、、、ということだと思ってたのですが。

124 ：あるケミストさん：04/05/13 20:46

それに「居るよ」と答えたら、誰かってのがかなり限定されるのかな？

125 ：あるケミストさん：04/05/14 09:19

されない。

126 ：あるケミストさん：04/05/14 18:56

量子化学というのは、計算機を使って”実験している”ということもできるだろう。

すなわち、計算機実験だ。ある化学の問題について紙と鉛筆を使って考えても
ラチがあかないが、とにかく計算機に放り込んで計算してみて結果を出してから
考えてみる。こういうスタンスは、実際に手を動かして実験している連中と
対してかわりがない。

というわけで、模倣するという意味のシミュレーションとは言いたくない気持ち
もわからなくはない。

127 ：あるケミストさん：04/05/14 23:31

（日本で）計算機実験は、具体的には何ですか？

128 ：あるケミストさん：04/05/15 08:20

第一原理計算を具体的な物質に適用して結果を得て、
その結果を解析して何かを語るようなやり方の研究は
計算機実験でしょう。

129 ：あるケミストさん：04/05/15 13:16

計算機実験ー分子動力学法とモンテ・カルロ法
（化学総説２５、p.166）

130 ：あるケミストさん：04/05/15 18:00

＞112
ＬＣＡＯ近似って大丈夫なんでしょうか？

ポテンシャルがクーロン力なのに、
電子同士のクーロン力は無視しても良いんでしょうか？

仕方ないんでしょうか？

131 ：あるケミストさん：04/05/15 18:15

無視しているわけではなくて、未知の波動関数（つまり厳密な波動関数）を
既知の解（つまり１電子原子オービタル）の一次結合で表現しよう、としているわけ。
この方法には変分原理という裏づけもあります。
教科書をよく読んで勉強してください。

132 ：あるケミストさん：04/05/15 18:21

>>131
つまり、一次結合で模倣しているわけでしょうか？

133 ：あるケミストさん：04/05/15 18:54

模倣　の意味をちゃんと言ってくれないと堂々巡りだけど…

134 ：あるケミストさん：04/05/15 20:13

>>130,132

無限展開できるなら、LCAO近似でもまったく問題なし。
現実は、無限展開できませんが。
しかし、普通の計算で不都合は感じませんが。
特に、大きな基底関数使えば問題ないのでは。

量子化学入門ではじめてLCAOを見たとき、違和感感じました。
しかし、だんだん良さがわかりだしました。

135 ：あるケミストさん：04/05/16 01:38

計算コスト上、出来るだけ少ない基底関数で波動関数を表現する必要がある。
水素様原子では S, P, D, ... 軌道になることが分かってるので、
それを利用してやればいいだろう、というのが LCAO 近似の肝。
多少表現力が乏しいなら、diffuse やら polarize やら加えてやれば、
その不足分も補えるだろう、ということ。

136 ：あるケミストさん：04/05/16 01:42

基底関数4000強のUMP2計算できるのは、あと何年まてばいいのだろうか？

137 ：あるケミストさん：04/05/16 02:14

基底関数4000強必要な系で UMP2 って有効なの？

138 ：あるケミストさん：04/05/16 02:24

＞無視しているわけではなくて、未知の波動関数（つまり厳密な波動関数）を
＞既知の解（つまり１電子原子オービタル）の一次結合で表現しよう、としているわけ
それって大丈夫なんでしょうか？って素朴に思ってるんですが。

水素分子イオンさえ、ｅ／r12の項を無視して手計算してるのになーっておもいまして。

139 ：あるケミストさん：04/05/16 02:26

水素分子イオンは電子１個だからｅ／r12の項なんてないよ。

140 ：あるケミストさん：04/05/16 03:12

サイモンとマッカリーを読めば具体的にこの近似のときこのくらいずれますよというのが書いてあるのでわかりやちゅいでちゅよ

141 ：あるケミストさん：04/05/16 10:59

水素分子のかなり精度のよい計算は
W. Kolos と L. Wolniewicz によってやられている。
LCAO 近似 + CI での計算とこれを比べてみるといいよ。

142 ：あるケミストさん：04/05/16 11:39

>>139
水素分子イオンは厳密解があるよね。

解いてみると数学の勉強になるヨ。

143 ：あるケミストさん：04/05/16 12:18

>>142
院試に出た気がするな。

144 ：あるケミストさん：04/05/16 16:04

どんな国際学会がいいのでしょうか？

145 ：あるケミストさん：04/05/16 21:28

量子化学の国際学会か・・・色々あるな。

146 ：あるケミストさん：04/05/16 22:24

たとえば

147 ：あるケミストさん：04/05/17 02:18

つうかボルン－オッペンハイマー近似あるのに厳密解も糞もねーよ

148 ：あるケミストさん：04/05/17 02:31

NOMO を使いたまぃ。

149 ：あるケミストさん：04/05/17 03:36

>>147

ばーか

150 ：あるケミストさん：04/05/17 03:39

>>148

MONOtukai

151 ：あるケミストさん：04/05/17 03:51

>>147

その近似の制約を取り除いた計算を知らないみたいだね・・・

152 ：あるケミストさん：04/05/17 04:44

いやだって
NOMOで水素分子の厳密解が出せるのか？

153 ：あるケミストさん：04/05/17 04:45

↑水素分子イオンね

154 ：あぼーん：あぼーん

あぼーん

155 ：バカ田大学理学部化学科：04/05/17 06:04

ばかだねー

156 ：あるケミストさん：04/05/17 10:32

この板もつまんなくなったな

157 ：あるケミストさん：04/05/17 13:51

>>152
三体問題になるから無理だね。

158 ：あぼーん：あぼーん

あぼーん

159 ：あるケミストさん：04/05/18 15:28

水素結合の効果を見たい場合、Diffuse関数は入れたほうがいいのでしょうか？

160 ： ◆DQN//AsQ3s ：04/05/18 15:47

>>159
計算ではきちんと表現できないので実験をした方がいい＜水素結合

161 ：あるケミストさん：04/05/18 16:16

>>159
MP2(FULL)/6-311++G**で逝っとけ。

162 ：あるケミストさん：04/05/18 17:47

>>161
２ｍぐらいのうちわ使って卓球やっている感じじゃな～い？

163 ：あるケミストさん：04/05/18 17:56

NOMO-PT2とかどうよ？

164 ： ◆DQN//AsQ3s ：04/05/18 19:14

>>163
使えない。

165 ：あるケミストさん：04/05/18 19:15

それはソフトがないという意味なのか、
使っても意味がないという意味なのか。

166 ： ◆DQN//AsQ3s ：04/05/18 20:04

>>165
水素結合という意味ではあまり意味がない。

167 ：あるケミストさん：04/05/18 20:52

水素結合？ DFTで十分だろ。

168 ：あるケミストさん：04/05/18 23:24

fullCIしかあるまい。

169 ：あるケミストさん：04/05/18 23:39

フルシーて何？

170 ：あるケミストさん：04/05/18 23:45

Full CI だと、ベンゼン最小基底で配置数は約３１００京個だぜー。

171 ：あるケミストさん：04/05/18 23:50

　　　　〃〃∩ 　_, ,_
　　　　　⊂⌒（　`Д´）　＜　ヤダヤダ！gaussian買ってぇー！
　　　　　　｀ヽ_つ ⊂ノ
　　　　　　　　　　　　　　ジタバタ

　　　　〃〃∩ 　_, ,_
　　　　　⊂⌒（　`Д´）　＜　買ってよォーーッ！！
　　　　　　｀ヽ_つ＿_つ
　　　　　　　　　　　　　　ジタバタ

　　　　　　_, ,_
　　　　　（`Д´ ∩　＜　ヤダヤダ！gaussian買ってくれなきゃヤダヤダァーーッ！！！
　　　　　⊂　　　（
　　　　　　　ヽ∩　つ　　ｼﾞﾀﾊﾞﾀ
　　　　　　　　　〃〃

172 ：あるケミストさん：04/05/19 00:21

>>170
量子コンピュータ使えば、そんな計算、1ns以下だぜ。ﾜﾗ

173 ：あるケミストさん：04/05/19 01:54

どこにそんなもんあるんだよ？

普通に並列処理しろ。

174 ：あるケミストさん：04/05/19 02:40

約３１００京個は無理。

175 ：あるケミストさん：04/05/19 10:21

一十百千万億兆兄

176 ：あるケミストさん：04/05/19 17:43

アミノ酸側鎖の水素結合の影響による振動数変化をみたいんですが、、、
たとえばＣ＝Ｏ伸縮振動など。

素人なので恐縮なんですが、diffuse関数を入れると水素結合にはいい
とか、入れちゃダメとかいろんな話があって。

177 ：バカ田大学理学部化学科：04/05/19 17:54

HF/STO-3Gで計算すればいい。

178 ：あるケミストさん：04/05/19 18:07

>>176
水素結合は素人が手をだしちゃいかん（マジ）。実験と合う場合もあるし、合わない場合もある。
いろんな場合を試したら、どの場合が真実だかわけわからなくなるぞ。

179 ：あぼーん：あぼーん

あぼーん

180 ：あるケミストさん：04/05/19 19:00

>>178

ありがとうございます。

いくつかの原子の位置を固定してOptする方法を教えていただけないでしょうか？

181 ：あるケミストさん：04/05/19 21:06

>>180
網野さんだったら、Z-まとりっくすで固定ってのがええんでないの？

182 ：あるケミストさん：04/05/19 22:46

くさー

183 ：あるケミストさん：04/05/20 06:12

昨日生まれてはじめてガウシャンが動いてるとこ見ました。感動しました。
いえ、感動したは言い過ぎかもしれません。
南無

184 ：あるケミストさん：04/05/20 14:01

コンパイルに苦労してたら、なおさらだろうね。

185 ：あるケミストさん：04/05/20 14:49

GAMESSを使ってMRMP(MCQDPT?)による励起状態計算を行う手順がよくわかりません。
簡単なINPUTファイルか解説をご存じの方教えていただけませんか。

186 ：あるケミストさん：04/05/20 15:23

>>185
Sampleファイルってなかった？

187 ：あるケミストさん：04/05/20 16:27

くさー

188 ：あるケミストさん：04/05/20 18:30

>>185
最新のでどうなってるのかはわからないけど、
$TRANS で DIRTRF を .TRUE. にするっての以外では
そんなハマるところはないと思う。

189 ：あるケミストさん：04/05/20 18:45

どうせうそだよ。

190 ：あるケミストさん：04/05/21 15:22

>>181

ありがとうございます。
Ｚ－ｍａｔｒｉｘをマニュアルで調べたらわかりました。

191 ：あるケミストさん：04/05/21 18:25

もっといい方法あるのに・・・

192 ：あるケミストさん：04/05/21 19:50

ﾅｲｼｮ。

193 ：あるケミストさん：04/05/22 11:46

Optしてたら、パソが途中で固まってしまった・・・

chkファイルは作ってたけど、再計算ってできるの？

194 ：あるケミストさん：04/05/22 13:30

>>193
最終構造から再おぷと
ちぇっくはだめぽだろーな

195 ：193：04/05/22 13:35

>>194
マニュアルいろいろ見てたら、Geom=Checkpointってのがありました。
これは構造をchkから読み込むみたいなので、これを使えばいいんで
すかね？
それまで計算した電子状態も読みこめるんですかね？

また、マニュアル見て見ます

196 ：あるケミストさん：04/05/22 15:52

>>195
壊れてなきゃ、それできる

197 ：あるケミストさん：04/05/22 17:58

スーパーコン使いな。

198 ：あるケミストさん：04/05/22 20:52

density=checkpointと
guess=(read, only)
ではどう違いますか？

199 ：あるケミストさん：04/05/23 01:03

わけわからんことするな。

200 ：あるケミストさん：04/05/26 09:21

>>196
　最適化途中のchkをfchに変換すると、最適化による構造変化を
　確認できるので、出来ると思っていました。
　結果　→　Geom=Checkpointで構造を読み込み、計算できました

>>197
　買ってもらえません

>>198
　どうなんですかね？英語のマニュアルを見れたら見てみます

>>199
　これって、ノウハウみたいに結構役立つと思うのですが・・・

201 ：あるケミストさん：04/05/26 12:56

>>200
がうし庵の日本語教科書持ってるかー？結構いいよー

202 ：あるケミストさん：04/05/26 13:04

>>201
　はい。持ってます。まだまだ未熟ですが、少しずつ読んで
　勉強していってます

203 ：あるケミストさん：04/05/30 10:17

Z-matrixで組んだモデルをOptしてましたら、Optによって点群が変わった
のでダメッすみたいにGaussianが言ってきました。

Gaussianと俺、相性悪いんかな・・・（鬱）

204 ：あるケミストさん：04/05/30 12:03

微妙にずらして、予め対称性を崩しておくとか。

205 ：あるケミストさん：04/05/30 13:41

ここは>>203のようにGaussian初心者多いみたいだね｡

206 ：あるケミストさん：04/05/30 16:40

確かにこのｽﾚはなにげにGaussianのFAQになってるな．
それに答える香具師もまた初心者だから結構笑えるｗ

207 ：あるケミストさん：04/05/30 17:37

初心者と意地の悪い上級者だな。

208 ：あるケミストさん：04/06/01 18:38

みんな計算中は何やってる？
私はMOPACでgaussian用のファイルを作ったり
しているが時間が余りすぎる

209 ：あるケミストさん：04/06/01 19:11

>>208
余った時間はぜんぶ２ｃｈだよ。

210 ：あるケミストさん：04/06/01 21:00

>>208
下の階の研究室にいって、解剖の手伝いしてます

211 ：あるケミストさん：04/06/01 22:04

>>210
女体の解剖か！　ｳﾗﾔﾏｽｨ！

212 ：あるケミストさん：04/06/01 23:44

ばばあだよ、お前もやるか？

213 ：あるケミストさん：04/06/02 00:56

>>208
ああ、これは漏れもぜひみんなにききたかったんだよなあ。
みんな何してるんだろ。

214 ：あるケミストさん：04/06/02 01:23

おとなしく論文読めｗ

215 ：あるケミストさん：04/06/02 03:07

データ解析やら勉強やらすることはいくらでもあるやろ。
俺？俺は系が小さく計算時間が短すぎて何もできん。

216 ：あるケミストさん：04/06/02 15:30

スレ違いかもしれないのですが、pKaを計算で予測する方法があれば教えてください。

217 ：あるケミストさん：04/06/02 16:15

>>216
ソフトが非常に高価だがあることはある・・・。

218 ：あるケミストさん：04/06/03 15:58

http://www.bannedbygaussian.org/

219 ：あるケミストさん：04/06/04 11:20

GuassianでLUMOのMulliken Populationを求めたいのですが、どうすればよいのでしょうか？

220 ：あるケミストさん：04/06/06 00:29

論文出して３ヶ月。
ようやく来た返事は「お前の英語は分からんから書き直せ。評価はそれからだ」というもの。
俺の英語がダメなのは確かだが、
それだけの評価に何で３ヶ月もかかるのか分からん。
何か裏でもあるんかいな。

221 ：あるケミストさん：04/06/06 06:22

カバーレターの解読に3ヶ月かかった、ということでは？

222 ：あるケミストさん：04/06/06 13:52

>>220

「よくわからん論文が来たなあ。しばらくみたくない。」
で放置、３ヶ月経過。
「エディターにも催促されたし、そろそろやらなくちゃ。
・・・ああぁ、やっぱ無理だわ。」

だろうな。ちょっと横着なレフェリーだが、気持ちはよくわかる。

223 ：あるケミストさん：04/06/07 00:02

折れはそのレフェリーに禿げしく同情する。
英語がダメなのを自覚しているなら投稿するな。迷惑だ。

224 ：あるケミストさん：04/06/07 00:10

BCSJに投稿すれば英語直してくれるぞ

225 ：あるケミストさん：04/06/11 00:53

量子化学の質問なんですが、
ポテンシャルの深さが有限のときには波動関数は常に
壁に染み込むのでしょうか？
説明お願いします。

226 ：あるケミストさん：04/06/11 08:09

そうだろうな。別に有限でなくても例えば調和振動子でもしみ込んでるがな。

227 ：あるケミストさん：04/06/11 22:49

>>225
量子化学の質問ではないな。

228 ：あるケミストさん：04/06/15 10:45

DFT計算において、GAMESSとGAUSSIANでは同じ構造・基底関数で
出て来るポテンシャルエネルギーがかなり違うのですがなんでで
すかね?

GRIDの取り方か?

229 ：あるケミストさん：04/06/15 11:40

>>228
まったく同じ汎関数でまったく同じ基底系でまったく同じ構造でだったら、プログラムの種類によらず、
エネルギーは一致しなければならない。

違うエネルギーが得られたら、当然カットオフが違うに決まっている。

考えたくないが、プログラムのバグという可能性も・・・・・ゼロではない。

230 ：228：04/06/15 13:12

exam12.outのSVWN計算の最後の構造を6-31G(d)の基底関数で、
計算を行ってみたところ、
GAMESSの結果は
TOTAL ENERGY = -76.5841366190
でインプットにかかれてある模倣回答と同じなのに、
GAUSSIAN98の結果は、
E(RS-VWN) = -76.8535343448
となっています。

原子間の反発ポテンシャルはほぼ同じでした。

231 ：あるケミストさん：04/06/15 20:19

>>230
おいおい、見るところ間違ってないか？

232 ：228：04/06/16 10:07

>>231
どちらも、SCFが収斂した時のポテンシャルエネルギーを
見て比較していますが、他に見るところがあるのでしょう
か？

233 ：あるケミストさん：04/06/16 11:52

pcgamessでは模範解答にならなかった・・・

234 ：あるケミストさん：04/06/16 12:26

version 6.4では-73.6046483738になった。GRIDの違いとかかな・・・

235 ：228：04/06/16 12:27

どうにか、同じにする方法ないですかね？

236 ：あるケミストさん：04/06/16 12:34

ああEXAM12の中身が違ってた・・・
-76.8178250011にやっぱりなったぞ

237 ：あるケミストさん：04/06/16 13:04

ああPCGAMESS v6.4では$DFT DFTTYP=SVWN $END を正しく認識しませんでした。
よって検証できなかった。

238 ：228：04/06/16 13:10

PC GAMESSは＄CONTROLセクションにDFTTYPを
書くのではなかったでしたっけ？

違ってたらすいません。

239 ：あるケミストさん：04/06/16 15:23

なるほど、DFTTYP=SVWN1RPAでGaussianとほぼ同じにならない?

240 ：あるケミストさん：04/06/16 15:32

逆に言えばGaussianでSVWN5/6-31G(d)でほぼ同じ数値になるみたい

# 個人的には勉強になりました(^^

241 ：228：04/06/16 15:35

当方、US GAMESSしか持っていませんので、
確認できませんです。

242 ：228：04/06/16 15:44

>>240さん
あ、ほんとに一致しました。ありがとうございます。
m(_ _)m
もう一度GAUSSIANのマニュアルを読んで見ます。

243 ：あるケミストさん：04/06/17 21:46

量子力学から量子化学に転向を考えているのですが
量子化学って量子力学やってると役に立つことはありますか？
それと楽しいですか？

244 ：あるケミストさん：04/06/18 00:26

>>243
釣りはもういいよ。

245 ：あるケミストさん：04/06/18 15:10

VWN と書くと、
GAMESS は VWN5 で
Gaussian は VWN3 というのは
そんなに知られてないことなのか？

246 ：228：04/06/18 15:56

私は知りませんでした、良く使われているB3LYPも
同じはお互い同じ汎関数のものは無みたいですね。

247 ：あるケミストさん：04/06/18 22:35

Hybrid は LYP って書いてるけど VWN も混ぜてるからね。

248 ：あるケミストさん：04/06/19 00:50

>>245
このスレのpart1では話題になってたと思う。
そんな前のことは誰も覚えていないか。

249 ：あるケミストさん：04/06/23 14:18

実験化学講座１２計算化学は、なかなか便利。最近の教科書としてはオススメできる。

250 ：あるケミストさん：04/06/24 02:13

>>246　どのレベルの話だ？学部生用か？

251 ：あるケミストさん：04/06/24 12:23

gaussianで励起状態を計算するときに、
MP2やB3LYPをCIS、CASSCFなどと組み合わせて
計算している論文を見たのですが、インプット
ラインはどういう風に記述しているのでしょうか？
どなたかご存知でしょうか？

252 ：あるケミストさん：04/06/24 18:07

Guess=Cards してるわけじゃなくて？

253 ：あるケミストさん：04/06/24 19:47

>>251
>MP2やB3LYPをCIS、CASSCFなどと組み合わせて
木に竹を接ぐような計算だなw　どの論文か指定しなければ分からんよ。

254 ：あるケミストさん：04/06/24 19:50

別に CASSCF なら問題ないと思うけど...。
（正しい状態に）収束しやすい初期軌道が得られるのであれば、
MP2 だろうが DFT だろうが。

255 ：あるケミストさん：04/06/24 21:38

MP2で初期軌道を得るだと？

256 ：あるケミストさん：04/06/25 01:26

NO でも求めればいいじゃない。
MP2 の NO がどれだけ有効なのかは知らんが。

257 ：あるケミストさん：04/06/25 22:30

GAMESSとGaussian、どちらがどんなメリットある？

258 ：あるケミストさん：04/06/25 22:36

GAMESS … タダ
Gaussian … 教科書がある

259 ：あるケミストさん：04/06/26 00:51

UMP2やるなら、GAMESSのほうが良い。

260 ：あるケミストさん：04/06/27 09:25

アトキンスの上の後半で出てる
ブタン（ブタジエンだったかな？）とシクロブタンの永年方程式のとき方が全く理解できませんorz
線形の教科書とか読んでもよくわかんなくて、とりあえず前項のα-Eの項はわかるんですが、
何で-βが出てくるのかがわかりません。
解き方がわかるようなサイトを検索しても私の力量では見つかりませんでしたorz
どうかご教授お願いします。

261 ：あるケミストさん：04/06/27 13:32

最近接間の積分が出てくるとしか言いようがないんだが。

それとも、ハミルトニアンを基底関数で挟んで積分したものを行列にして、
それの固有値がエネルギーになるという仕組み自体が分かんないってことなのかな？
それは、ＭＯを基底関数で展開して、
目的の演算子形式の固有値方程式に基底関数を左からかけて積分すれば
行列形式の固有値方程式になるって話ね。

計算対象がブタンやシクロブタンなわけないってのは、
ヒュッケルがπ電子近似を用いていることからすぐ分かることなので、
もうちょい意味に注目して本を読んでホスィ。

262 ：あるケミストさん：04/06/27 19:26

>>260
単に線形代数のクレメンスの公式を知らんだけでは？
よく吟味して理解して読んでみれ。もしくはググれ。
あとサウスの方法を知ってれば簡単。

263 ：あるケミストさん：04/06/28 09:31

>>258
待て。単純ヒュッケルとは書いていないぞ。

>>259
予言されちまったな。折れはその公式も方法も覚えちゃいない。
余因子展開で出来そうなのでググる気もない。

264 ：あるケミストさん：04/06/28 11:03

アトキンスのはヒュッケルじゃなかったっけ？

265 ：あるケミストさん：04/06/28 11:26

α-Eや-βと見て単純ヒュッケルと短絡し他人を説教しようとする
きもい態度を戒めてやったのだ。

266 ：あるケミストさん：04/06/28 11:53

アトキンスと見てヒュッケルと思ったんだが...。

267 ：あるケミストさん：04/06/28 19:45

なんかさーDTFとか皆さん頭いいんでつね

でもさー皆正直になろうよ

あんさー　Hartree-FockのSCFでつまずくよな？

ぐちゃぐちゃ積分ふくむ式を追うのは吉としよう。
で、次だ。未定係数法とかFock演算子とかここらでもうアボーン。
さーて参考文献、岩波の藤永の本みてもよけーわかんね。
szaboの訳本よんでも訳わかんね　ペ

今日はひどかったよ。射影演算子のゼミ当番なんで勉強しててRowdinの文献までたどりついたわけよ。
まじわかんねーよ。やばいよ。学部学生の手前、恥かけねーよ。

もまいらも経験したよな？

268 ：あるケミストさん：04/06/28 20:24

ずっと考えてればそのうち分かるよ。
分かってしまえば鼻糞ほじりながらでも説明できるようになる。

269 ：あるケミストさん：04/06/28 21:01

>>267
Hartree-Fock なんてつまづくような箇所ではないと思うが。

270 ：あるケミストさん：04/06/28 22:40

なんでもそうだがわかるまでは非常につらいが
わかってしまうとなんでこんなとこで悩んでたんだろう？って思っちゃうよな。
ま、時間が解決してくれるさ

271 ：あるケミストさん：04/06/29 00:04

gaussianで計算させていたら、突然停電に襲われてしまいました…
再計算させようと思い、opt=restartを加えて計算させたら、
止まってしまいました、.outファイルを見ると、
FileIO operation on non-existent file.
の後に
Number 　　　（数字）
Base
End
End1
Wr Pntr
Rd Pntr
Length
と表示され、その後、

Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
となっていました、なにがいかんのでしょうか？

マニュアル等をあさってみたのですが、対処法が
分かりません、誰か対処法を教えてください。お願いします。

272 ：あるケミストさん：04/06/29 00:06

H2+の積分で、ベルヌーイ数に出会うとは思わなかった。

273 ：あるケミストさん：04/06/29 00:06

>>271
チェックポイントファイルの名前、間違ってないか？ｗｗｗ

274 ：あるケミストさん：04/06/29 00:26

ベルヌーイ数は関孝和が先に見つけたから関数というべｋ...
いや、紛らわしいからベルヌーイ数でいいや。

275 ：271：04/06/29 07:35

>>273
チェックポイントファイルて、計算させたファイル名.chk
のことですよね？

276 ：あるケミストさん：04/06/29 18:54

ま、普通計算させたファイル名.chk にするけど、
正確には %Chk= に指定したファイル名。
チェックポイントファイル書き込み中に死亡すると、
何をやっても復帰できないので注意。

277 ：あるケミストさん：04/06/29 20:14

>>276
まじっすか！？
てことは最初からやり直しか…
まさにab initioですね、(。_＋)＼イタ～

278 ：あるケミストさん：04/06/29 22:35

というか、計算中のデータが飛んだら、
ab initio だろうが何だろうが途中から再計算なんぞできんと思うが...。

279 ：あるケミストさん：04/06/30 00:56

BASIS="6-31G**"
O 0
S 6 1.00
5484.67170 0.183110000E-02
825.234950 0.139501000E-01
188.046960 0.684451000E-01
52.9645000 0.232714300
16.8975700 0.470193000
5.79963530 0.358520900
SP 3 1.00
15.5396160 -0.110777500 0.708743000E-01
3.59993360 -0.148026300 0.339752800
1.01376180 1.13076700 0.727158600
SP 1 1.00
0.270005800 1.00000000 1.00000000
D 1 1.00
0.800000000 1.00000000

のsp軌道のところで係数が2つ出てきますけどどんな形のガウス型に
かかるんすか？
c_{1}exp(-ar^{2})+c_{2}exp(-ar^{2})とか？

280 ：あるケミストさん：04/06/30 01:19

違うよ。それじゃ 31G にならないじゃない。

281 ：あるケミストさん：04/06/30 01:31

s と p とで線形結合係数を変えてるのね。
指数は一緒。

282 ：279：04/06/30 15:05

たとえば
a=15.5396160 c_{1}=-0.110777500 c_{2}=0.708743000E-01
として
c_{1}exp(-ar^{2})+c_{2}x*exp(-ar^{2})とか、c_{1}exp(-ar^{2})+c_{2}y*exp(-ar^{2})
ですか？

283 ：あるケミストさん：04/06/30 18:44

まだ微妙に違っているな。contraction って知ってるか？

284 ：あるケミストさん：04/06/30 22:46

>>272
おいおい、オイラー数だろ？

285 ：279：04/07/01 09:51

>>283
じゃあ具体的にどんな形になるか説明してくれ

286 ：279：04/07/01 09:55

sp原子軌道の１つを具体的にPrimitiveガウス形関数使ってContractしてな

287 ：あるケミストさん：04/07/01 10:49

Concerns about language barriers extend even to the e´lite of
Japanese research. Kenichi Fukui of Kyoto University won the Nobel
Prize in Chemistry in 1981 for his theoretical insights into chemical
reactions. But even after this triumph, Fukui had to deal with critics
who disliked his ‘inelegant’ English formulation of his ideas.
(Nature, 419 (2002)863.)
福井謙一先生の英語ってかなりまずかったのでしょうか？
なるべく先生の論文の英語は参考にしない方が良いのかな。

288 ：あるケミストさん：04/07/01 11:23

>>282-283
あれだけヒントが出ていてもまだ分からんのか？

289 ：279：04/07/01 13:10

みんなわかんないの？

290 ：あるケミストさん：04/07/01 19:50

先ずは s だけのやつで理解してるのか。

H 0
S 3 1.00
3.4252509140E+00 1.5432896730E-01
6.2391372980E-01 5.3532814230E-01
1.6885540400E-01 4.4463454220E-01

291 ：あるケミストさん：04/07/01 19:52

途中で送信してしまった...。

上のヤツは H の STO-3G ね。
先ず、これがどんな関数を表しているか分かるけ？

292 ：あるケミストさん：04/07/01 20:00

CamposASE使ってるひといます？

293 ：あるケミストさん：04/07/01 20:55

http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/bukka/member/fujimura/ChemReacDynam.html

ここのテキストなかなかいい出来だな
STO-3Gわかんねーみたいだから角運動量もわかんねーよな？　プ

294 ：279：04/07/01 21:25

元物理だしClebsch-Gordon係数は暗記してますけど？

295 ：279：04/07/01 21:32

>>290 スケール１.0だから

1.5432896730E-01*exp[-3.4252509140E+00*(r^{2})]+
5.3532814230E-01*exp[-6.2391372980E-01*(r^{2})]+
4.4463454220E-01*exp[-1.6885540400E-01*(r^{2})]

でしょ、ノルムをMathematicaで計算したらちゃんと１になるし。

296 ：あるケミストさん：04/07/01 23:42

じゃ、

SP 3 1.00
15.5396160 -0.110777500 0.708743000E-01
3.59993360 -0.148026300 0.339752800
1.01376180 1.13076700 0.727158600

は？
この基底関数は４つになることに注意して考えてみ。

297 ：279：04/07/02 13:33

>1.5432896730E-01*exp[-3.4252509140E+00*(r^{2})]+
>5.3532814230E-01*exp[-6.2391372980E-01*(r^{2})]+
>4.4463454220E-01*exp[-1.6885540400E-01*(r^{2})]

ちょっと間違えた規格化定数をN(x)=(2*x/π)^(3/4)として
1.5432896730E-01*N(3.4252509140E+00)*exp[-3.4252509140E+00*(r^{2})]+
5.3532814230E-01*N(6.2391372980E-01)*exp[-6.2391372980E-01*(r^{2})]+
4.4463454220E-01*N(1.6885540400E-01)*exp[-1.6885540400E-01*(r^{2})]

298 ：279：04/07/02 16:57

>>296
うーん基底関数自体がSP軌道でSP3に使うのは2s,2px,2py,2pzだよね。
規格化定数をNs(x)=(2*x/π)^(3/4),Np(x)=(2*x/π)^(3/4)*(4x)^(1/2)
として係数が2個あるから
-0.110777500*Np(15.5396160 )*x*exp[-15.5396160*(r^{2})]+
-0.148026300*Np(15.5396160 )*x*exp[-3.59993360*(r^{2})]+
1.13076700*Np(15.5396160 )*x*exp[-1.01376180*(r^{2})]
これがpxの一個目、2個目が
0.708743000E-01*Np(15.5396160 )*x*exp[-15.5396160*(r^{2})]+
0.339752800 *Np(15.5396160 )*x*exp[-3.59993360*(r^{2})]+
0.727158600 *Np(15.5396160 )*x*exp[-1.01376180*(r^{2})]
でxをｙとzに変えたものがそれぞれ2個つづでいいの？？、ここら辺が
よくわかんない。

299 ：279：04/07/02 17:01

Oで6－31Gだと基底関数が15個だから
上の計6個と外殻のSの2個、s,d軌道から6個、内殻sの1個でつじつまは合う
・・・と思う。

300 ：あるケミストさん：04/07/02 18:08

>>297
規格化定数はそれぞれから求めるんじゃなくて、
全体のを求めるんだぜ。

>>298
SP 3 1.00
15.5396160 -0.110777500 0.708743000E-01
3.59993360 -0.148026300 0.339752800
1.01376180 1.13076700 0.727158600

は

S 3 1.00
15.5396160 -0.110777500
3.59993360 -0.148026300
1.01376180 1.13076700
P 3 1.00
15.5396160 0.708743000E-01
3.59993360 0.339752800
1.01376180 0.727158600

だぜ。

301 ：279：04/07/02 22:19

ああ>>298のはよくわかったよ、なんで一個目のノルムが１にならないか
謎だった、ありがとね。

でも>>297はあってると思うけど？
じゃないとノルムが１にならないし、まぁここ参考にしたんだけど

ttp://moldb.nihs.go.jp/abinitmp/programmers_manual_chap1.pdf

302 ：あるケミストさん：04/07/02 22:28

あ、すまん。それはそれで要るか。　＞それぞれの規格化定数
真面目にやると線形結合定数の規格化も要るんで、
それをやろうとしてるのかと思った。

303 ：あるケミストさん：04/07/03 07:23

しかしこんなことを２chで聞かなくてはならないとは何だかな。

304 ：あるケミストさん：04/07/03 11:18

>>303
全スレから読め！

305 ：あるケミストさん：04/07/03 14:51

×全
○前

306 ：あるケミストさん：04/07/04 14:14

VENUSでGaussianのDensityCube読み込んだけど矢印しか表示されません。
使い方知ってる人います？

307 ：あるケミストさん：04/07/05 02:28

>>306
富士夫に直接聞けば良いのではない？

308 ：あるケミストさん：04/07/05 02:32

Gaussian98で、以下のようなメッセージが出てくることがよくあるのですが、
どういうことなのか良くわかりません。計算結果は大丈夫でしょうか？
Gaussianマスターの皆様、お教えください。

*** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.219D+3

309 ：あるケミストさん：04/07/08 00:59

＞解き方がわかるようなサイトを検索しも私の力量では
＞見つかりませんでしたorz

って、本を読もうとはおもわないのか？
読めばいい本が分からないのか？

310 ：あるケミストさん：04/07/08 03:24

>>308
基底関数の線形従属性が高いとたまにそうなる。
あまりいいことではないけど、場合によっちゃぁ仕方がないかも。

311 ：あるケミストさん：04/07/08 03:57

おいおい、「仕方ない」で済ませられないだろ。＞0.219D+3
入力した分子構造または初期軌道もしくはその両方が
破綻しているんじゃないか？

312 ：あるケミストさん：04/07/08 22:34

みんな、どうやって初期構造決めてる？

似たような結晶構造ひろってくるのってめんどくさいんだよね。

313 ：あるケミストさん：04/07/09 19:43

>>312
たんぱく質とか？

314 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 15:44

>>310,311
どうもありがとう。
これの意味するところは、分子軌道を構成する個々の軌道の係数が、
最大のもので219になっている、つまり、ひとつの軌道の寄与が非常に
大きくなっているというこのなんでしょうか？

315 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 16:02

普通どんなに大きくても1だから重なり軌道の計算がくるったのか？
ちょっと初期構造変えればよくなると思う。

316 ：名無しさん＠そうだ選挙に行こう：04/07/11 17:05

非直交基底の係数はそう単純なもんじゃないよ。
H2 を RHF/STO-3G で計算してみ。
占有軌道の係数の自乗和は１より小さく、
仮想軌道の係数の自乗和は１より大きいから。
重なり積分行列を挟んで積を取ってやっと１になる。
核間距離 0.05 Å みたいに極端な場合は係数自体も１を超えるよ。

317 ：あるケミストさん：04/07/13 21:01

ＭｇＯーＣＯ２ーＨ２Ｏ系の反応ですが、
地球温暖化防止にはなりますかねー？

318 ：あるケミストさん：04/07/13 21:18

>>317
温暖化の話自体が駄目
あの本読んで、無駄な研究に気がつきなさい

319 ：あるケミストさん：04/07/13 21:34

でもボロン不溶化にはなる

320 ：あるケミストさん：04/07/15 10:27

Gamessのインストール法について､詳しいページはないでしょうか。
あと､できれば使い方なども。
合成が専門なので､よくわからないのです。

321 ：あるケミストさん：04/07/15 12:30

>>320
まぬある持ってねーのか？
違法コピーか？

322 ：あるケミストさん：04/07/15 14:48

CPUがセレロンなので､どれをDLしていいかわからなかったのです。
CPUでエラーがでるとかあったような。
使いたいのはPC Gamessです。どのCPUでもOKってのをDLして､
メールを送って､2つめのパスまでもらったんだけど､
インストールがうまくいきませんでした。

323 ：あるケミストさん：04/07/15 15:12

われずは師ね！！

324 ：あるケミストさん：04/07/15 16:08

落雷停電、、、
1週間もかけたMP2のfreq計算が落ちてしまった。chkファイルからfreq再計算
の方法ってどうやるんでしょうか？
optの再計算はわかるのですが、freqの再計算は不勉強なせいか、どうしても
わかりません。どなたか教えていただけないでしょうか？お願いします。

325 ：あるケミストさん：04/07/15 21:25

Bohrの量子仮定の内容について教えて欲しいのですが

326 ：あるケミストさん：04/07/15 23:36

GAMESS に違法コピーも何も...。
まぁ、自分で落とさないとあかんのではあるが。

327 ：320：04/07/15 23:51

自分で落としましたので，違法ではないです。
Granovsky先生からメールもいただきました。
ChemOfficeのプラグインのようなGAMESSも落としましたが，
こちらもインストールでつまづいてしまいました。
マニュアルなどがあるのでしたら，教えていただけないでしょうか。
GAMESS　HOMEのマニュアルは私には高度すぎました。

328 ：あるケミストさん：04/07/16 00:19

GAMESSの２つ目のパスのメールってどのくらいかかるもん？
出してから２週間……。やっぱ忘れられてる？

329 ：あるケミストさん：04/07/16 00:24

>>325
宿題は自分で。

330 ：あるケミストさん：04/07/16 01:07

私の場合は，三日で送られてきました。
メール来るまでには相当緊張してました。
失礼なことを書いたから返事来ないんじゃないかなあ…
とか思って。

331 ：あるケミストさん：04/07/16 03:20

>>330
やっぱ３日くらいですよねぇ……several daysってｗ
最初はめちゃめちゃ緊張してたけど、今は「もうこねーな」って開き直ってる……。
催促のメール出してみるかなぁ……。

332 ：あるケミストさん：04/07/16 06:27

>>327
まいくは親切におしえてくれるぞー

333 ：320：04/07/16 16:27

ちょっと進みました。
PC GAMESSの方はCドライブの直下においたら､解凍はできたようです。
プログラムが動作するかどうかはまだよくわかりませんが。
ChemOfficeプラグイン?の方はお手上げです。
入っているケミ3Dを認識してくれないようです。
>>332さん
アドバイスありがとうございます。
しかし､メールを英語で書かなければいけません。
そこの障壁が非常に高いのです。
でも、書かなきゃダメかなあ。

334 ：あるケミストさん：04/07/16 16:42

>>333
学部生？

335 ：320：04/07/16 16:52

>>334
いえ､院生です。
メールぐらいなら書けるのですが､
返事を待っている間､異常に緊張します。

なんとか、GAMESS-Facioの組み合わせで計算できそうです。
とりあえず､これから文献とMOPACと比較してみます。
皆様ありがとうございました。

336 ：あるケミストさん：04/07/17 07:48

私はGamessをCeleronPCのｸﾗｽﾀで走らせてます。（US－Gamessです。
PC－Gamessではない。　上に出てきた、ChemOfficeやFacioのことは知らない。）
ちと忙しいんで詳述できないが、とにかくちゃんと動きます。
PCクラスタ組むなら、NFSで、（あなたがtaroなら）/home/taro/gamess
を共有します。全マシンの/etc/hosts や　/etc/hosts-equiv や/home/taro/.rhostsを完璧にする（各マシンが全マシンの情報を持っているようにすること。）　メインノードには/home/taro/scr というスクラッチdirectoryも
作ります。/etc/securrety(?)にrshという行をaddします.
　すべてのノードに/scr/taro を作ります。あとは./rungmsをなおせば
動くんだけど。。　　うーん完全なマニュアル書くのが大変。

337 ：あるケミストさん：04/07/17 20:52

最適化してたら、Maximum ForceのValueが********に
なってしまってたぁ！それ見た俺も・・・・・・・・
Opt=CalcFCをしてみる予定

Opt=Z-matrixだったから、よくなかったのかと思ふ
みなさんはredundantでのOptですか？

338 ：あるケミストさん：04/07/17 22:28

>>337
opt=z-matrixだったらForceがおかしくなるのは十分あり得る。
構造をチェック汁！

339 ：あるケミストさん：04/07/19 16:49

どこかにスペクトル項一覧が載ってるサイトはありませんか？

自分で計算したのがあってるか確かめたいので
（ネタだと思われないように一応書いておくと
　Ｎの基底：4Ｓ3/2，2Ｄ5/2，2Ｄ3/2，2Ｐ3/2，2Ｐ1/2が正しいかを見たいんです）

340 ：あるケミストさん：04/07/19 17:28

>>339
http://physics.nist.gov/cgi-bin/AtData/display.ksh?XXE0qNqIXXPr15XXT2XXS
http://physics.nist.gov/PhysRefData/Elements/per_noframes.html
ほい。

341 ：あるケミストさん：04/07/19 17:54

>>340
ありがとうございました。あってて良かった～。

342 ：337：04/07/20 16:27

>>338
構造は最適化前の初期値と殆ど変わっていませんでした。
Opt=Z-matrix以外で最適化を行いたいのですが、特定の原子だけを
固定する方法ってあるんですか？

343 ：あるケミストさん：04/07/20 16:50

あるよ

344 ：337：04/07/20 17:35

>>343
あるんですかぁ～
情報有難うございます。探して見ます

345 ：あるケミストさん：04/07/20 22:07

>>336さん
クラスター化は夢のまた夢です。
いつかはできるといいけど。
まずは､Gamessの計算が信頼できるという事を
教授に示さないといけないのです。
専門が合成なので､目的物のHOMO､LUMO
等を見積もる事ができれば良いのですが。
専門の方からすると､ちょっと用途が違うのかもしれません。

346 ：あるケミストさん：04/07/21 00:01

>>342
初期値でforce計算してみた？

347 ：あるケミストさん：04/07/21 09:01

水素分子のエネルギー状態に関する原子軌道法と分子軌道法の取り扱いについて教えて欲しいのですが

348 ：あるケミストさん：04/07/21 09:13

えらい広いな。

349 ：あるケミストさん：04/07/21 11:28

宿題は自分で。

350 ：あるケミストさん：04/07/21 13:42

理不尽な審査員対策を教えてほしいのですが

351 ：あるケミストさん：04/07/21 18:16

GAMESSでLanL2DZってどう使ったらいいのですか？
Gaussian Basis Set Order Form まではたどり着いたんですけど
出てきた結果をどう使ってよいものか悩んでます。

352 ：あるケミストさん：04/07/21 20:38

>>350

理不尽であることをエディターに訴えて、レフェリーを替えてもらうしか
ないな。ほんとに理不尽だったら、替えてくれるだろう。

ただ、そういうことをきちんとしないある種権威主義的なエディターがい
ることも事実なんだよね。

353 ：あるケミストさん：04/07/22 04:47

権威主義的といえば JACS なんかその気が多分にあるな。
量子化学、理論化学の中では実質２流誌なんで構わんと言えばそうなんだが。

354 ：あるケミストさん：04/07/22 11:56

すみません。
規格直交性とは方位量子数と軌道磁気量子数の両方が変わる
遷移は起こらないということで良いんでしょうか？
それ以外の条件では遷移は起こるということなのかな？

(検索してみたら規格直交性にはもっと広義の意味があるみたいだけど
　まだ遷移という限定された話でしか習ってないので・・・）

355 ：あるケミストさん：04/07/22 12:33

見当違いも甚だしい。ネット検索なんかに頼らず初歩的な教科書をきちんと嫁。

356 ：あるケミストさん：04/07/22 12:44

>>355
教科書には載ってないです。。
というかまだ化学が始まってません。。
＜Ｙ（ｌ、ｍｌ）｜Ｙ（ｌ’、ｍｌ’）＞＝∂（ｌ、ｍｌ）∂（ｌ’、ｍｌ’）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　＝０（ｌ≠ｌ’、ｍｌ≠ｍｌ’）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　１（otherwise)
ですよね。。ってことは>>354のであってません？
ネットで検索したら確かに全然違うことが書いてありますけど
遷移という場所で限った用法にしたらそうなるんじゃないかなぁ。。

357 ：あるケミストさん：04/07/22 12:45

訂正：
今使っている教科書にはのっていません。
というか化学の教科書を持ってません。
まだ授業で化学は始まってないんで・・・
遷移に関する教科書だけ持ってます。。

358 ：あるケミストさん：04/07/22 13:52

>>354
>遷移に関する教科書
って何だ？

359 ：あるケミストさん：04/07/22 14:00

>>353
全然あっていません。遷移とは何かということからして分かっていない様です。

360 ：あるケミストさん：04/07/22 16:53

量子力学と古典力学を結びつける対応原理とはどういうものでしょうか？

361 ：あるケミストさん：04/07/22 17:54

>>360
ｈ→０の極限で古典論と一致するって話。

362 ：あるケミストさん：04/07/22 20:10

規格直交性ってのは、あるベクトルの組が

・大きさが１
・自分以外との内積が０

を満たしてることだよ。

例えば、x, y, z の３次元空間を考えるなら、
単位ベクトル (1, 0, 0), (0, 1, 0), (0, 0, 1) は規格直交。
これで分かると思うけど、規格直交なベクトルの組ってのは、
単位ベクトルの組か、それを回転、反転、鏡映、欠落したものになる。
こういうのを規格直交基底ベクトルという。
単位ベクトルってのは、その線形結合をとればある空間の要素全てを表現できるけど、
規格直交基底ベクトルもある空間の全ての要素を表現できる。
例えば、３次元空間内で規格直交基底ベクトルを２つ考えると、ある面の要素全てを表現できる。
線形従属でないベクトルを持ってくればとりあえず基底ベクトルになるんだけど、
規格直交な方が便利な場合も多い。

関数を無限次元ベクトル、積分を内積とみなせば、
関数の組にも規格直交性ってのを定義できる。
例えば <Y(l, m) | Y(l', m')> = δ_ll' δ_mm' ってのがそれ。
こういうのを基底ベクトルじゃなくて基底関数って言って、
これもある関数空間の要素全てを表現できる。

363 ：あるケミストさん：04/07/22 20:56

>>362
となると
＜Ｙ（ｌ、ｍｌ）｜Ｙ（ｌ’、ｍｌ’）＞＝∂（ｌ、ｍｌ）∂（ｌ’、ｍｌ’）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　＝１（ｌ＝ｌ’、ｍｌ＝ｍｌ’）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　０（otherwise)
ということですか？

364 ：あるケミストさん：04/07/22 21:41

<Y(l, m) | Y(l', m')>
　= δ_ll' δ_mm'
　= 1　（l = l' かつ m = m'）
　　0　（その他）

365 ：あるケミストさん：04/07/22 23:51

皆さん視覚化ソフトって使ってますか？

366 ：あるケミストさん：04/07/23 11:30

>>364
ありがとうございました。
それのお陰でやっと解けました。

367 ：あるケミストさん：04/07/23 12:07

作ってる。

368 ：あるケミストさん：04/07/23 13:41

>>367
公開汁！

369 ：あるケミストさん：04/07/23 13:58

3日かかって一つのＭＰ２振動数計算を終わらせたのですが、全く同じ構造、
計算レベルで一個のＨをＤに変えた振動数計算を行おうと思ってます。
Chkファイルから前の計算の力の定数を読み込んで、時間短縮って出来ない
でしょうか？

370 ：博多区のケミスト：04/07/23 15:29

皆さんこんにちは。
蛍光色素について量子化学的な観点でのご指摘をお願いします。

例えばエチジウム（EtBr）のような色素がDNA間にインターカレート（つまり
サンドイッチの具のように挿入）した場合、その蛍光強度が増加するというこ
とが知られています。この場合の量子化学的機構として

　DNA間に（スタックした塩基対間に）色素が挿入
　→上下の塩基により色素のMOが変化
　→色素電子の自由度が増加するので、電荷分離が容易になる
　→蛍光強度に必要な量子収率が増加し、その結果蛍光強度が増加

を考えましたが、この流れは正しいのでしようか？
色々なご意見をお待ちしております。

371 ：あるケミストさん：04/07/23 20:20

>>354 に釣れてる香具師いいかげんに汁

遷移の洗濯則かなんかでブラケットの間に演算子はいってるのを言ってんじゃねーのか

372 ：あるケミストさん：04/07/23 20:28

>>372
366で解決してるみたいだから362,364が知りたかったことでいいんじゃねーの？

373 ：あるケミストさん：04/07/23 20:35

繊維の洗濯速

374 ：371：04/07/23 20:42

>>372

あースマソ　下まで読んでなくてレズした
化学始まってないんじゃ、l, mlとかＹとかわかんねーんだろうな。
たぶん繊維の本？ブルーバックスか何かか？　のさわりに企画直交
黒ネッカーΔ書いてたんだろな。モツ華麗煮込みなこった。

375 ：あるケミストさん：04/07/23 20:52

>>369
H2Oの場合

# mp2 chkbas freq=(readfc,readiso,noraman) geom=allcheck guess=check

273 1.0
16
2
2

376 ：あるケミストさん：04/07/26 02:39

計算やってる人って自宅でもつい計算はじめちゃって研究とプライベートがうまくわけられないとかあるんですかねぇ？

377 ：あるケミストさん：04/07/26 03:10

うまく分けられないね。

378 ：あるケミストさん：04/07/26 07:50

だったら、研究者やめな。

あまりうるさくいうと、大変なことになるぞ。

☆賃金不払い時間外労働に予算措置を要求する大運動を 2004年7月22日名古屋大学職員組合
☆時間外労働賃金不払い　広島大教職組が告発　労基署に調査要求『中国新聞』2004年7月14日付

379 ：あるケミストさん：04/07/26 20:07

？

380 ：あるケミストさん：04/07/28 13:06

tight-binding法をGaussian03で計算することってできます？
周期的条件を入れられるって聞いたのですが、、、お願いします。

381 ：あるケミストさん：04/07/28 18:58

Gaussian03 の周期境界条件はオモチャ。
他のソフト使え。

382 ：あるケミストさん：04/07/30 12:40

>>381

お勧めのソフトってあります？

383 ：あるケミストさん：04/08/02 21:18

量子化学計算ソフトって概して高すぎ。
自宅用のライセンスを買う気にはならん。

384 ：あるケミストさん：04/08/02 22:08

そこで GAMESS ですよ。

385 ：あるケミストさん：04/08/02 22:47

abintだな

386 ：あるケミストさん：04/08/02 23:24

abinit

387 ：あるケミストさん：04/08/02 23:39

ぶっちゃけ、小さい系ならGaussian以外のソフトを利用する価値って
まったくないと思うが・・・・。

388 ：あるケミストさん：04/08/02 23:44

Molproがいい。

389 ：あるケミストさん：04/08/03 00:19

Gaussian って、CI で励起状態求められないジャン。

390 ：あるケミストさん：04/08/04 00:20

>>388
Gaussianより使いにくいし、使うメリットがあんまし感じられない。なんか良いことある？

391 ：あるケミストさん：04/08/04 00:37

メリット

１．Gaussianは、Standardな方法しかできない。
　　Molproはいろいろな超高精度計算ができる。たとえば、Full CIなど。
２．Gaussianよりもかなり高速。たとえば、CCSD(T)計算での差はかなりあります。

デメリット

１．小さい系しか計算できない。
２．入力は、ある程度難。

要するに、小さい系を超高精度で計算する人たちが使ってるみたいです。

392 ：あるケミストさん：04/08/04 00:55

入力補佐プログラムとかあると良さげ？

393 ：あるケミストさん：04/08/04 12:31

>>391
> ２．入力は、ある程度難。
実はこれが初学者にとって、勉強になったりする。

394 ：あるケミストさん：04/08/05 13:39

すみません、質問させて下さい。
軌道角運動量のx,y,z成分の演算子の間の交換関係について
詳しく教えて頂けませんか？

395 ：あるケミストさん：04/08/05 14:32

ttp://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%96%B9%E4%BD%8D%E9%87%8F%E5%AD%90%E6%95%B0

396 ：あるケミストさん：04/08/05 19:55

>>394

教科書嫁よ駅弁君
そんなんじゃ波動方程式の角度方向なーんもできねーよ

397 ：あるケミストさん：04/08/06 00:26

駅弁を馬鹿にしたなぁっっっ！！

398 ：あるケミストさん：04/08/06 00:35

>>393
そういう意味でも、GaussianのGaussViewは優秀だね。だからGaussianはやめられんのだ。

399 ：あるケミストさん：04/08/06 13:16

>>398　だからGaussianはやめられんのだ。

と思わせるのが、GaussViewの目的だからな。
そういう意味でも、GaussianのGaussViewは優秀だねｗ

400 ：あるケミストさん：04/08/08 00:29

>>399
いまどきは計算機なんて実験の片手間に使うもんだから、
手軽に使いたいよ。ブラックボックスでも全然いいじゃん。

こんなところで苦労するより、もっと別なところでいっぱい
悩むところあるだろ。

Moldenなんて使ってられん。HyperchemmもSpartanもChem3Dもﾀｺ！
Molstudioもダメだね。やっぱ、GaussViewが一番！！

GaussView以上に使いやすい入力支援ソフトがあったら
そっちへ寝返るが、いまんところそんなのなさそうだ。

401 ：あるケミストさん：04/08/08 01:38

Gaussviewだめて言ってた外人いたけど。
どのソフトがいいのでしょうか？

3次元のものを2次元で表示することにむりあるのでは？

402 ：あるケミストさん：04/08/08 02:10

ガウスビューは高いからだめ

403 ：あるケミストさん：04/08/08 05:07

もろでんがある

404 ：あるケミストさん：04/08/08 06:52

じゃあ、広島産のMOLDAは？

405 ：あるケミストさん：04/08/08 07:01

MOLDAって分子軌道書けるんすか？
.xyzくらいしか使えないのかと

406 ：あるケミストさん：04/08/08 10:54

印税目当てと売名行為

407 ：あるケミストさん：04/08/08 11:33

MacMolPlt

408 ：あるケミストさん：04/08/08 13:50

紙に描いた絵を見ながら Z-matrix を手入力。大した事ないよ。

409 ：あるケミストさん：04/08/08 15:24

>>400

GaussViewは、まあいいんだが、だからってGaussianが・・・

410 ：あるケミストさん：04/08/08 16:29

>>405
出力表示はそこそこだが、入力はからっきしダメ。

411 ：あるケミストさん：04/08/08 16:31

Moldenは出力専用だな。

412 ：あるケミストさん：04/08/10 09:45

最適化で部分原子を固定するには、ModRedundantのFで
あってますよね・・・

413 ：あるケミストさん：04/08/12 22:09

G98WをDOSやcygwinからコマンドで実行できますか？やったことある人教えて
下さい。

414 ：あるケミストさん：04/08/13 13:38

ｷｽﾚでｽﾏｿ。

数年前にこのスレッドのタイトルの研究をしている院生と恋愛をした。
意気揚々と自分の書いた論文を見せられたが
英語で書かれている上に大学受験以来見てない記号（∫）
やらなんやら意味の分からない記号と数字が並んでいて
「あはは（ｗ　名前以外は分からないや」
と返却したら思い切り機嫌を損ねてしまった。

あの夏以来その彼とは会っていないが、今もきっと
どこかの大学で研究を続けているんだろう・・・。
あの時ちっとも理解しようとしなかったこと謝ります。
まあ、今その論文を見てちっとも理解できないとは思うけどね（ｗ

ここにいる皆さんも身体に気をつけて立派な研究者になってくださいませ。
自分の夢（？）を追いかける姿は大変魅力的です。がんばってくださいね。

415 ：あるケミストさん：04/08/13 20:25

すみません、Gaussian計算について質問させて下さい。
DFTで最適化及び振動数計算を行っているのですが、
最適化計算が終了した時点で出るSCFエネルギーは、
Integrals replicated using symmetry in FoFDir.
と出て来るのですが、
その後またSCF計算を数セット回してエネルギーを出してきて、それには
Symmetry not used in FoFDir.
と出ます。
対称性を崩して計算していると思われます。
そしてこちらのエネルギーの方がかなり低いです。
こちらのエネルギーを最終的なエネルギーとして良いものかどうか…
もし分かる方がいらっしゃったら教えていただけないでしょうか。

416 ：あるケミストさん：04/08/13 20:28

とうとう殺したらしいよ！
http://hidebbs.net/bbs/2004-8

417 ：あるケミストさん：04/08/13 20:39

>>415
nosymmつけて、輪姦したら値を使ったらｲｲんでﾈｰﾉ。

418 ：あるケミストさん：04/08/15 21:12

今さらながら、拡張ヒュッケル法を極めようと思うてます。これを詳細に
書いた本にはどんなもんがありまっか？

419 ：あるケミストさん：04/08/16 01:06

周期場の計算ってあまり人気ないんかな？
勉強＆実行したいんだけど、同士はいないか？

420 ：あるケミストさん：04/08/16 11:40

>>419
固体の計算やろうと思ってますよ！

421 ：あるケミストさん：04/08/16 20:50

>>418
・Lowe の　Quantum Mechancs 10章
・Wolfsberg, Helmoholtz, J. Chem. Phys., 20, 837 (1952)
・R. Hoffmann, J..Chem.Phys., 39, 1397 (1963)

422 ：あるケミストさん：04/08/16 20:51

間違えた

Lowe のは量子化学ね。

423 ：あるケミストさん：04/08/16 22:08

>>419
そうか、いい本知らない？

424 ：あるケミストさん：04/08/17 10:08

>>421
　おおきに。

425 ：あるケミストさん：04/08/17 21:51

>>421
玄人ですね。

426 ：あるケミストさん：04/08/18 11:44

昔量子化学の入門書をちらちらめくってたら
HOMOとかいうのが出てきて衝撃を受けたんですが
奴は何者ですか？

427 ：あるケミストさん：04/08/18 11:51

最高被占有分子軌道 Highest Occupied Molecular Orbital

428 ：あるケミストさん：04/08/18 19:20

そういや読み会でゼミの可愛い女の子がHOMO、HOMOと連呼するとき、ﾁﾝｺたったけな。

429 ：あるケミストさん：04/08/18 21:48

http://www.amazon.com/exec/obidos/tg/detail/-/0470091819/qid=1092833219/sr=1-54/ref=sr_1_54/103-4754841-0020606?v=glance&s=books

Cramer
2 edition (October 22, 2004)

ｷﾀ━━━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━━━ !!

430 ：あるケミストさん：04/08/19 02:31

>>428
HOMOと連呼されても○女子じゃねーかと思うだけなのでチンコ立たないと思います僕は

431 ：あるケミストさん：04/08/20 08:48

HOMOが嫌いな女子なんていません！

432 ：あるケミストさん：04/08/20 10:50

このスレでげんしけんネタが見れるとは思わなんだ。

433 ：あるケミストさん：04/08/21 11:59

HOMO・LUMOはみんな大好き

434 ：あるケミストさん：04/08/21 14:06

HOMO-HOMO相互作用といってからかったよ。

あまりひつこくかぎまわる奴に対して。

435 ：あるケミストさん：04/08/21 16:02

Gaussianで金属錯体やることになりますた。
そこで経験者の皆さん教えてもらいたいのですが、
遷移金属は全てLanl2dzに託して良いのでしょうか？

436 ：あるケミストさん：04/08/21 18:20

>>435
まぁそれしか選択肢がないが、どんな錯体計算するの？

437 ：あるケミストさん：04/08/21 20:40

>>436

３ｄ－カルボニル系　３ｄ－フェロセン系ですよ。
４ｄも多少使います。

最適化構造見たいんです。
整合性もたせるために遷移金属をLanl2dzでいこ～かなて思いまして・・

438 ：あるケミストさん：04/08/21 22:01

びんすこはながえら

ぼぼとりおちゅりょるこいこ

439 ：あるケミストさん：04/08/22 02:48

>>435
色んな基底関数があるでよ。

http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html

MINI とか MIDI とか Wachters+f とか。

440 ：あるケミストさん：04/08/22 03:15

>>439
どれが一番大きな基底系？

441 ：あるケミストさん：04/08/22 08:14

一番大きいのはこの中だと Wachters+f やね。
(14s,11p,6d,3f) -> [8s,6p,4d,1f] で 53～60 個（5D7F～6D10F）。

MINI は最小基底で、MIDI は double zeta 。

442 ：あるケミストさん：04/08/23 00:46

金属なら無難にLANL2DZでｲｲんでないの？　他の基底系つかっても良いことないし。

443 ：あるケミストさん：04/08/23 10:59

計算時間的にも？

444 ：あるケミストさん：04/08/24 15:34

ECP は次元が減るから対角化速いよ。

445 ：あるケミストさん：04/08/24 16:02

d-f軌道では、軌道の相対論的収縮があるから計算では必ずECP使えって習ったっけ。

446 ：あるケミストさん：04/08/24 16:11

3d 程度ならそうでもないと思うけどナ。

447 ：あるケミストさん：04/08/24 16:22

遷移金属を片っ端からやるならECPで統一した方がいいよ．

448 ：あるケミストさん：04/08/24 16:39

うちの教授は、金属が入ると計算が難しくて手に負えなくなるからやらないほうがいいって
言っているけどなんでだろ？　基底系の数は大きくなるけど、たいした数じゃないし。

449 ：あるケミストさん：04/08/24 17:01

取りうる電子配置が増えて非常に難しい。
収束したと思っても変な電子配置になってたりするし、
そもそも最安定の電子配置がどれかすらよく分からないことも。

450 ：あるケミストさん：04/08/24 17:14

金属のない系なんてつまらん

金属に秘められた力を確かめたい

451 ：448：04/08/24 18:09

>>449
レスサンクスです。

p軌道はpx,py,pzで3つで、d軌道はdxy,dyz,dzx,dzz, dxx-yyの5つだけど、
２つ増えただけでそんなに難しくなるもんなんですか？

452 ：あるケミストさん：04/08/24 20:55

分子とメタルのd軌道との相互作用はGaussianの結果で詳細に議論できる

453 ：あるケミストさん：04/08/24 21:00

>>451
実際にやってみるといいかと。

　　　　O
Co　　　　　 Co　　（電荷 0 スピン多重度 7）
　　　　O

の基底状態を見つけて、構造最適化してみ。

454 ：あるケミストさん：04/08/24 21:53

>>453
多重度７が基底状態かどうかわからんが
一応ロスアラモスレベルでシングルポイント出した。

電子配置、電荷見るとCo原子と違うじゃんね。
でも物理屋から見れば何の変哲もない効果が見えたけど。
今後のネタにしよっと。ありがとう>>453。

455 ：あるケミストさん：04/08/24 22:20

>>453
そんな分子ありえねぇ。

456 ：あるケミストさん：04/08/24 22:37

http://konf2.ims.ac.jp/kokubo/QC.pdf

量子化学質問　というタイトルのＱ＆Ａだが、これ何の本かわかる？

457 ：あるケミストさん：04/08/25 00:53

>>454
CASSCF、使ってみたか？

458 ：あるケミストさん：04/08/25 01:12

>>452
相互作用の見積りはMulliken解析からでしょうか？

>>453で試してみましたが、Mulliken解析は複雑でなにが
なんだがさっぱり？？？です。

459 ：あるケミストさん：04/08/25 01:29

>>457
基底状態の金属計算になら普通にDFT使えばいいのに

>>458
Mullikenでもなんでも好きなの使えばいいんじゃね
ただ>>453のような多重度が大きい系はある作用によって各原子んときより
ずいぶんと変わる
これを説明するには磁性勉強してないと無理かも知れん

460 ：あるケミストさん：04/08/25 03:24

>>451
>２つ増えただけでそんなに難しくなるもんなんですか？
単なる数の問題だけではない。d軌道は空間的広がりが小さいために
錯体内にあっても相互作用によるエネルギー縮退の解け具合が小さい
のが難しさの一因。

461 ：あるケミストさん：04/08/25 04:15

d軌道の広がりが小さい…ですか…

462 ：458：04/08/25 10:43

>>459
「相互作用」をみるのに、Mulliken解析のどの部分をみればいいのかすら、わかってなくて・・・。

463 ：あるケミストさん：04/08/25 16:10

>>456
ttp://konf2.ims.ac.jp/kokubo/study.html
ザボじゃんか。上から４つ目。

>>460
分極関数(f)たくさんつけたらいいんかなー
金属は確かにむずかしい。。。

464 ：あるケミストさん：04/08/25 19:32

すごく初歩的な質問なのですが、項間交差って何で起こるんですか？

465 ：あるケミストさん：04/08/25 21:26

gaussianﾏﾝｾｰ

466 ：あるケミストさん：04/08/25 23:36

最近、日本の量子化学落ち目じゃない？
５年くらい前は、国際雑誌に日本人がめだったけど、
最近は、あまり日本人見かけない。
それより、第三国の活躍が目立つ。
やたら、台湾の先生が目立つけど、俺だけそう思ってるのかな。

467 ：あるケミストさん：04/08/25 23:38

>>466
我が国には、かの中辻先生がいらっしゃるではないですか。

468 ：あるケミストさん：04/08/26 00:35

確かにそうですが、だんだん大物の先生がおられなくなった感じがします。
昔は、全国に大物の先生がおられました。
今の５０代、４０代で大物になっていけそうな人てほとんどおられないように思います。

469 ：あるケミストさん：04/08/26 00:57

>>468
昔、急行大にいた柏〇先生はどう?

470 ：あるケミストさん：04/08/26 07:49

>>469
60代じゃなかったっけ？　もう退官されていたような気が。

471 ：あるケミストさん：04/08/27 23:57

>>466
福井先生の直属の先生方はもう引退ですか？　諸熊先生とか・・・？

472 ：あるケミストさん：04/08/28 10:00

話は変わりますけど、MacでGaussianの結果（構造や電子状態）を表示している方々は、
どんなソフトを使っていますか？特にMac OS Xを使っている方にお伺いしたいのですが。。。
フリーソフトでもいいのってあるんでしょうか。。。

473 ：あるケミストさん：04/08/29 22:40

>>471
エモリー大の諸熊先生も６０代ですよねぇ、まぁ向こうにいるので当分現役でしょうが。
名古屋の長岡先生は福井先生の（確か最後の）直系じゃなかったでしたっけ？

474 ：あるケミストさん：04/08/29 23:39

さらに話は変わりますが、現在ab-initioで達成された計算限界ってどの位
なもんでしょう？

まあ構造最適化とシングルポイント（SP）では単純比較はでけへんけど。５年
位前は１００原子の計算（SP計算？）に成功したとどっかに書いてあったが...

ちなみにアッシは、G98Wにて６０原子位のMP2/6-31G(d)のSP計算を自前のPC
ワークステーション（DELL製、２CPU，メモリー：3GB）でしています。
（この上のMP2/6-31+G(d)は試してません）。

475 ：あるケミストさん：04/08/30 00:38

>>474
HFの一点計算でよければ、5年前でも100原子なんてもんじゃなかったと思うけど…。

476 ：あるケミストさん：04/08/30 02:18

>>474
の１００原子計算ってのは、MP4か、すっごい複雑な基底（例えば、6-311+G(2d,p)）
によるものでは？

477 ：あるケミストさん：04/08/30 12:13

DFT を ab-initio に入れていいのなら、
ProteinDF でやったアレが一番なんじゃない？

478 ：あるケミストさん：04/08/30 20:12

計算するだけなら２流。
現象を説明するための計算なら１流。

479 ：あるケミストさん：04/08/31 07:05

理論やプログラム作ったときは
検証計算も重要だよ。

480 ：あるケミストさん：04/09/01 02:36

くだらない質問ですいません。
量子力学と量子化学ってどう違うんですか？
親切な方教えてください。

481 ：博多区のケミスト：04/09/01 03:25

食べ物でいえば、もち米とお餅の関係じゃないかな。

つまり、お餅＝量子化学，もち米＝量子力学とすれば、量子力学を
基礎として、それを叩いてこねて（応用して）量子化学が生まれた
と言えると思う。

あるいは、古代サッカーと現代サッカーの関係とも言えるね。古代
ではラグビーが混在する形でごちゃ混ぜになっていて、殴る蹴るが
全部ＯＫだった。しかしある時期から分化して
　古代サッカー　→　ラグビー
　　　　　　　　→　サッカー
　　　　　　　　→　オージーボール
となったことを当てはめればいいと思う。

482 ：あるケミストさん：04/09/01 06:39

>>481
ありがとうございました。
量子化学の本を読んだら量子力学の話が多かったので困惑していました。

483 ：あるケミストさん：04/09/01 07:26

アルキシスの係数を使えばFCBTの素数は50ppsだろ?
だったらデキミンの質量も比例すると思うのだが・・・
FCBTからデキミンの質量を割り出すと、20Mkiaの誤差が生じるがWKI式だと狂いは無くなる。
それによってカルシミースの圧力は反比例するということが解る。
このようなことからUhlの密度は5000mos/kになる。

484 ：あるケミストさん：04/09/01 11:05

誤爆？

485 ：あるケミストさん：04/09/01 14:31

からかってるだけでしょ。

486 ：あるケミストさん：04/09/01 22:32

分子構造総合討論会で丘山大の奴らからかって。

487 ：あるケミストさん：04/09/06 22:27

全くの初心者ですみません。
NBOの結果をNBOviewで見たいんですけど、ファイルがでかいとできないようです。
助手の方に相談したんですが、fchkにNBOのマトリックスを貼り付けてMolstudio
で見ろと言われました。意味がわかりません。
fchkのどの部分にNBOのどのファイルの、どの部分を貼るのかもわかりません。
これだけの情報で理解できるとは思えませんが、同様の体験をなされた方
がおられれば助けてください。

488 ：あるケミストさん：04/09/07 00:07

何故その序種に聞かんのだ

489 ：あるケミストさん：04/09/07 15:15

UTChemあげ
http://utchem.qcl.t.u-tokyo.ac.jp/index.php?&MMN_position=1:1
RH8.0でビルドは簡単に成功！
使っている人いる？

490 ：あるケミストさん：04/09/07 22:43

>>489
GaussianやGAMESSに比べてなんかメリットがある？

491 ：あるケミストさん：04/09/08 00:10

WindowsでGaussian使うとき、メモリーってどのくらい積んでますか？

492 ：あるケミストさん：04/09/08 01:33

>>490
どうせならGPLにするとか、ドキュメントを日本語にするとかすればいいのに。
英語でドキュメント作ったってどうせ海外のユーザなんてほとんどいないんだから、
国内初心者などをターゲットにすれば存在意義も出る。
GPLにするのはいろんなしがらみがあって無理かも知れないけどね。

493 ：あるケミストさん：04/09/08 07:26

>>491
それは、計算の種類によるのでは。出典は忘れたがGaussianではTD-DFTや
振動数計算ではメモリー容量が計算時間を左右するが、構造最適化ではメモリー
の量が大きくても計算時間の短縮にはつながらないと書いてあった。

実際、自分でWin上でメモリーを変動させても計算時間は変わらなかった。

蛇足だが、MP2計算ではHD容量が重要になる。いかに大容量のHDを積んで
いたとしても32BitのCPU１個当たり16GBしか割り当てられない。

494 ：あるケミストさん：04/09/08 08:27

>>490
相対論計算じゃないの？

495 ：489：04/09/08 08:53

少し試してみた印象
Pen4 3.2G ifc7.1 pyhton2.2.1 gcc3.2 RH8.0の環境でコンパイルはOK。
testjobのHFは問題なく終了するのだが、DFTが異常終了。
シングルなのに、ARMCIという並列関係のコードに問題あるらしい。
わけらからん。誰か助けて。
HFで速度を比較してみたが、G03に比べて20倍くらい遅い・・・。
遷移金属を入れたのが問題か？HFでこれではMP2やCCSDは試す気にならない。
ベータ取れるまで、様子見のつもり。良い点はインプットファイル
がGaussianのように簡単なこと。面白い機能も結構含まれているので、
今後のバージョンアップには期待している。

496 ：あるケミストさん：04/09/08 08:58

>>493
32bitのG03だとスクラッチが16GBまでだから、MP2のために無意味にデカイＨＤＤ
を積んでも意味ないと思うが・・・。

497 ：あるケミストさん：04/09/08 18:41

>>493
つーことは32bitマシンだとMP2はダメってことね。
Athlon64でG03W動かしたら16GBのスクラッチ越えられるかな？

498 ：あるケミストさん：04/09/08 21:17

UTChem がんばってほしいね。これまで国産パッケージは殆ど
衰退しているからね。（JAMOL, COMICAL, IMSPAK, etc.）
今や量子化学計算は自然科学というよりむしろソフトウェア
エンジニアリングの境地に達しているから、灯台工学部みたいな
ところで割り切ってガンガンやるのがいいと思うよ。

499 ：あるケミストさん：04/09/08 23:06

どうぜぽしゃるよ。
本人たちも飯の種でやってる振りしてるだけです。

500 ：あるケミストさん：04/09/08 23:46

振りであそこまでのコードは書けんわな。

501 ：あるケミストさん：04/09/09 00:22

真面目にやってても売りがないのではね…。
上でGPLうんぬんの話が出たけど、GPLの量子化学計算ソフトってもうあるんだよね(MPQC)。
漏れもUTChemには頑張って欲しいとは思うんだけど、GPLのソフトウェアさえ
ある時代に、これといった売りもなくオープンソースでもないソフトウェアを作って
どうするのかな、と思う。
こういうのを見て一念発起してくれるのを期待しているけどさ。

502 ：あるケミストさん：04/09/09 01:13

UT と付ける所にそこはかとない政治的おもはくを感じるな。

503 ：あるケミストさん：04/09/09 01:14

UT と付ける所に政治的おもはくを感じてしまうな。

504 ：あるケミストさん：04/09/09 08:53

GPLなんて関係ないだろ。
日本語マヌアルだの国内初心者だのの低レベルな話も無視していいな。
一番大事なのは、例えばモジュール化されて読みやすく拡張しやすい
コードを提供し、理論を開発する研究者を支援し得るプラットフォーム
を提供すること。
これまで日本の主要研究室では GAMESS がこの役割を担っていたが、
コードデザインが古すぎ／扱い辛過ぎ／GOTO文多過ぎ。

505 ：あるケミストさん：04/09/09 09:49

UTって言ったら普通はUniv. Texas

506 ：あるケミストさん：04/09/09 12:02

armciのところで落ちるね。メモリアロケーションでこけてるのかな?

507 ：あるケミストさん：04/09/09 13:42

FORTRAN77 のコードなんてもういじりたくない。
なるべく C++ 、せめて C がいい。

508 ：あるケミストさん：04/09/09 15:16

拡張を考えたらライセンスは重要だろう。
日本語うんぬんは揶喩だろうが、意外に面白いかもな。

509 ：あるケミストさん：04/09/09 17:25

>>504

禿胴

インテグラルから書くスキルを持ってるやつを除いて、ベースにできるプラットフォー
ムの新たな選択肢ができたことを、素直に喜んだらいいんじゃないか？

まあ、これはコードを書くやつの意見で、使うだけのやつとは違うんだろうけどね。

510 ：あるケミストさん：04/09/09 18:24

喜んでないでsignal 11をなんとかしる!

511 ：あるケミストさん：04/09/09 19:32

>>509
優越感に浸るのは別にいいが、再配布もできないプログラムをベースにしたいかなあ。
「コードを書くだけのやつ」なら気にしないのかもしれないね。

512 ：509：04/09/09 22:21

>>510

別におれはUTCHEM関係者ではないんだが？

問い合わせ窓口にメールを送ればいかがか？

513 ：509：04/09/09 23:42

>>511

元プログラムの出来の問題だな。ＧＰＬだからといって、ＭＰＱＣは今のところ話にならんだろ、実際。

個人的には期待してるんだけどね。

514 ：あるケミストさん：04/09/10 04:10

Gaussianで計算して得られた分子軌道をGAMESSのinitial guessとしてGAMESSに読み込みさせたい
のですが、どうやったらいいのでしょうか？

515 ：あるケミストさん：04/09/10 04:33

変換すればいい。
どっちも 5D15.8 だから変換は楽かと。

516 ：あるケミストさん：04/09/10 12:30

5D15.8 って何？

517 ：あるケミストさん：04/09/10 16:29:41

5 一行につき５つ
D 倍精度指数表記
15 １つ幅15
.8 小数点以下8桁

518 ：あるケミストさん：04/09/11 00:04:44

psi3もGPL

519 ：あるケミストさん：04/09/11 09:45:51

>>508
再配布可能性は慎重を要する問題だな。科学技術計算ソフトウェアは
小物ユーティリティーソフトなどとは信頼度への要求の在り方が全く違う。
新しい機能は再配布ではなくコントリビュートの形で取り入れてもらい、
トラック可能な範囲でチェックが入れられる様にする方が望ましい。

520 ：あるケミストさん：04/09/11 14:53:42

>>519
信頼性や配布能力を望むのなら、なおさらGaussianやGAMESSに勝つのは難しいだろう。
確かに問題は多々あるが、老舗の威力をバカにしてはいけない。

日本語化の話を最初に出した人はおそらくUTChemをバカにする意図で出したんだと思うが、漏れはそれも一つの手だと思うんだよな。
Ｈ尾先生クラスの大物や、あるいは「コードを書いているだけ」の人にとっては些細なことかもしれないが、
「量子化学に興味があるけど何をしたらいいかさっぱりわからない実験化学者」
なんかを取り込むには、日本語化したソフトウェアというのは大きな武器になる。
今その役目を果たしているソフトウェアはGAMESSだけど、あのドキュメントを素人に読めというのは無理がある。

漏れとしてはUTChemをバカにしているのではなく、路線を変更して欲しいと思っているのだ。
自分たちだけの手柄にしようとせず、国内の（できれば海外も）量子化学者を挙げてのプロジェクトにして欲しい。
せめて「再配布禁止」ではなく、「再配布したプログラムの責任は持ちません」くらいの路線でどうかと思うのだが。

521 ：あるケミストさん：04/09/11 15:31:02

>>520
再配布とかライセンス云々の前に、まだ実用レベルのシロモノじゃないと思うんだけど・・・。

522 ：あるケミストさん：04/09/11 16:49:00

>>521
いや、もちろんそれは解決されたとしての話。
漏れはUTChemチームに期待する側の人間なので、実用レベルにまでは持っていける
だろうと。

523 ：あるケミストさん：04/09/11 16:59:41

無駄。

524 ：あるケミストさん：04/09/11 17:27:38

>>520 今その役目を果たしているソフトウェアはGAMESSだけど、

GAMESSは違うだろ、Gaussianの間違いか？

525 ：あるケミストさん：04/09/11 19:49:05

なんのためにUTChem作ってるのかな？
学問に寄与するため？
いまさらそんなプログラムいりません。
Gaussian, Gamess, Molproなどで十分。

単なる仕事をやってるふりでは。
大学人にはそういう輩けっこういるから。
そうでないと大手振って仕事してますていえないからだそうです。

526 ：あるケミストさん：04/09/11 20:09:13

相対論的な計算、他のでそんなにできるか？

527 ：あるケミストさん：04/09/11 20:39:06

それよりなによりSignal 11なんとかしる!
またはまともに動くバイナリきぼー

528 ：あるケミストさん：04/09/11 21:53:18

>>526

Dalton ?

529 ：あるケミストさん：04/09/11 22:06:11

>>526
ADFは？　ZORA使えるぞ。

530 ：あるケミストさん：04/09/11 23:07:57

>>525 単なる仕事をやってるふりでは。大学人にはそういう輩けっこういるから。

UTChemに対する批判はあるにしろ、開発グループの研究を知ってて、
「仕事をやってるふり」といえるやつがいるとは正直驚いたよ。

君の研究のレベルを知りたいものだね。

531 ：あるケミストさん：04/09/11 23:23:31

>>530
テンション高すぎ。
関係者なら、たかが煽りに反応するな。そして批判は謙虚に受け止めろ。
むかついたのなら、有無を言わさないくらい良質のプログラムを作ればいいだけのこと。
ガンバレ。

関係者じゃないのなら、丸わかりの煽りくらい放置しとけ。

532 ：あるケミストさん：04/09/11 23:34:23

あおりじゃないよ。
本音。
学会で聞いて、馬鹿馬鹿しくなったよ。

こと研究のことでは、おれの直感は９９％正解です。
たまに、はずれがあるくらいです。

歳とってくると、研究を商売でするようになるのです。
もっとひどくなると、データ捏造まで仕出すのです。
量子化学ではデータ捏造するとすぐばれるから、ほとんどないけど、
生物関係では、データ捏造して論文だしてもばれないから。
簡単に追試できないから。

533 ：あるケミストさん：04/09/11 23:42:32

こういう人がボケると、親族が大変なんだよね。

534 ：あるケミストさん：04/09/11 23:54:01

だめな研究くらいさっさと見抜けないと。
それと大学がどういう所かも勉強しておかないと。

535 ：あるケミストさん：04/09/11 23:56:20

>>530
ほーらあんたが反応するから、楽しそうなおじいちゃんが出て来ちゃったよ？

536 ：あるケミストさん：04/09/12 00:23:54

>>525=>>499=>>489

537 ：あるケミストさん：04/09/12 01:06:41

>>536
489は違うだろうし、反応したらおじいちゃんの思う壷。

538 ：あるケミストさん：04/09/12 01:13:28

>>537　489は違うだろうし、

だといいんだけどな。

539 ：あるケミストさん：04/09/12 01:29:29

>>538
RH8.0でビルドに成功しそうなタイプには見えないぞ。

540 ：あるケミストさん：04/09/12 01:46:14

>>539

スマン誤爆だ（人）>489

541 ：あるケミストさん：04/09/12 02:49:19

542 ：あるケミストさん：04/09/12 06:09:02

>>541
必死すぎｗ

543 ：あるケミストさん：04/09/12 07:21:36

>>541
平野さんの（量子化学の基礎）てーの図書館で読んでみ

>>542

わかんねーからって茶化すなwww

544 ：sage：04/09/12 08:16:07

>>543
おまえもなwww

545 ：あるケミストさん：04/09/12 08:39:18

相互作用の有無と言えばいいんだろうけど。

546 ：あるケミストさん：04/09/12 11:40:15

つり銭はいらないよｗ

547 ：あるケミストさん：04/09/12 12:37:51

BSSEて何？

548 ：あるケミストさん：04/09/12 13:23:45

>>547
牛海綿状海綿状脳症

549 ：あるケミストさん：04/09/12 14:55:08

>>547
Basis Set Superposition Error
紺色の教科書；「計算化学ガイドブック」Tim Clark 著、大沢映二ほか訳（丸善、1988）
に載っているよ。

550 ：あるケミストさん：04/09/12 14:56:39

>>549

必ず補正しないといけないのですか？

551 ：あるケミストさん：04/09/12 16:22:07

>>550
分子間の相互作用（反応中間体やＴＳを含む）に興味があって、
化学的精度を議論したいなら補正すべきだろうね。
完全基底基底関数系を使う代わりに、中程度のものを使って計算量を
削減しているツケなので、BSSE補正までして一つの計算。
＃最近の論文では、Gaussianを使ったほとんどの論文が補正しています。
＃簡単に計算できる＆補正する価値がある精度の話が多い、ということだと思います。

552 ：あるケミストさん：04/09/12 16:30:08

補正しないほうが、結果がいいときがあるのですが。
なぜなんでしょうか？

553 ：551：04/09/12 16:42:02

>> 補正しないほうが、結果がいいときがあるのですが。
何をもって、“結果がいい”とするの？
全ての計算は、完全基底関数＆電子相関を完全に取り込んだものの近似でしかないので、
計算結果が“信用できない”のであれば、近似精度を上げるしかない。
つまり今の例では、“ＢＳＳＥ補正をする”というのがより正しいと思われる方法。

現実問題としては、元々の計算精度が低すぎる場合、BSSE補正を加える前に、
基底関数の拡張や電子相関の取り込みを行うべき場合もあると思います。

554 ：あるケミストさん：04/09/12 16:53:04

なんかいい人出てきたね。

555 ：あるケミストさん：04/09/12 17:58:13

>>553

未熟だね。
いい人だが、その程度ではアマチュアレベル。
単なる知ったかぶり。
最近のJCCでも読んでごらん。

556 ：あるケミストさん：04/09/12 18:18:20

えろんげーしょん法ってどうよ？

557 ：あるケミストさん：04/09/12 18:25:35

量子力学に関する質問があります！（２度目）
２原子分子(A,B)を取り扱う時に（H:ハミルトニアン，|A>:A原子の波動関数）
<A|H|B>という量の他に
"重なり積分"と呼ばれる，<A|B>という量が出てきますが，
これらの物理的意味の違いについて教えていただければ幸いです．
重なり積分の物理的意味として，
「電子が一つの原子から隣の原子に飛び移る効果を表す」と聞いたことがありますが，
<A|H|B>も「電子がHによってB原子（状態）からA原子（状態）に移る」と
解釈できそうに思えます．
はっきり言って、混乱してます！
それぞれの量から、電子に対してどのような物理的イメージをもちますか！？
教えてください！

>>542
正直、必死です！！
>>543
いろいろな本を自分なりに調べてみたんですが
後で読んでみますが、時間がないんです！

時間がないです。誰かたすけて～～！
（２１才、アホ女子大生）

558 ：あるケミストさん：04/09/12 18:51:49

宿題か。自分でやりな。

559 ：あるケミストさん：04/09/12 18:54:23

>>557
必死なのは分かったけど、多分求めるものは得られないと思う。
量子力学で出てくる量ってのは必ずしも直感的な物理的イメージに対応はしないから。
というか、むしろ対応させる方が理解の邪魔になったりする。

560 ：あるケミストさん：04/09/12 18:56:47

つり銭やるよ。

P.A.M.Diracの本でも読み。
ブラケット＜I|J>。
S＝積分XiｘXj

ブラケット

561 ：あるケミストさん：04/09/12 18:58:23

>559
では量子力学をもちいて記述した「物理」をどんなふうにイメージするの？
物理的にイメージ出来ない「物理」は存在しないと思う

562 ：あるケミストさん：04/09/12 19:02:46

読書百篇しかないの。

そのうち、なんとなくわかるから。
わかったつもりくらいにはなるから。

563 ：to:age：04/09/12 19:06:25

>562
共感
毎日、続けることが大事ってことね。
でも、イメージあったら考えやすいよなあ～。。

564 ：551：04/09/12 19:40:48

＃(Prof. Hirata Soのプログラムを用いて)MP30のプログラムを書き出しますのでお許しを。
>>555
>最近のJCCでも読んでごらん。
最新のJCCにある"The effect of basis set superposition error on the convergence of inter-
molecular interaction energies for deprotonated complexes", 25, 1771-1778 (2004)って奴？
結論は分子間相互作用エネルギーがaug-cc-pVXZ, (X=D,T,Q,5,6)での収束を見た話だよね？
aug-cc-pVDZの場合は2-3kcal/molのBSSEがあって“化学的精度を議論したいなら補正すべき”。
通常のGaussianを用いた計算で多様される6-31G*レベルであればよりBSSEは大きいと。
＃去年か一昨年のSCCJで話を聞いたときは馬鹿かと思ったけど、論文はまとまっていて良い結果だと思います。
＃口頭発表が苦手な方なのね、この筆者って。

最近のJCCってこれのことでしょうか？違うなら文献をちゃんと指定してね。

565 ：555：04/09/12 20:09:29

ほかの論文だよ。

BSSE問題を葬り去る論文。

566 ：あるケミストさん：04/09/12 20:17:35

＞では量子力学をもちいて記述した「物理」をどんなふうにイメージするの？
＞物理的にイメージ出来ない「物理」は存在しないと思う
そうなんだけど。
古典物理と真っ向から対立する部分がある。

つうか、それはどの本でも第一章に書いてあるよ。
あと、重なり積分・クーロン積分て・・・。
そんなとこまでたどり着けないじゃん・・・。

567 ：あるケミストさん：04/09/12 20:31:24

>566
それはイメージができない学者が言う戯言であって
物理的なイメージはいつも必ずある
量子力学でしか記述できない物理現象であっても
その物理的イメージをつかむことこそがある意味、
物理学者に要求されていることである
さもないと、計算＝物理学という奇妙な方程式が成立することになる

568 ：あるケミストさん：04/09/12 20:32:02

>>565
もったいぶらずにちょいと教えてよ

569 ：あるケミストさん：04/09/12 20:52:02

>>567
では具体的にどういうイメージで捉える？
そういうことにはまったく答えていない。
イメージというのは、直感的になるほど、当たり前だ、と思えるもの。
量子力学的描像が古典的描像と大きく異なるのだから、単純にイメージがあるべき、というのは単純すぎ。
古典的現象に慣れきった脳は量子的現象を当たり前と思えるほど柔軟じゃない。
まずは量子論的な現象が「当たり前だ」と思えるほどに量子論とその計算に慣れる必要がある。

570 ：565：04/09/12 21:01:59

>>568

現在作成中。
BSSE freeアルゴリズムなんて無意味だと気ずきませんか？

571 ：あるケミストさん：04/09/12 21:03:14

＞古典物理と真っ向から対立する部分がある。
じゃあもったいぶらずに。
エルミート演算子で過観測量は記述される。

どうだ、わからないだろーｗ
量子論て古典物理を否定する形で登場したよね。
それにイメージをっていわれても・・・。

古典物理ではイメージできません。が答えかな？

＞それはイメージができない学者が言う戯言であって
なんつうか、私見としてはあるけど。
ここに書いたらそこがちがーうというつっこみどころが満載なの。
正統派の解釈は確率解釈

それ以上はかけないんだけどな。

イメージできない奴はバカとかいってる君。
君のイメージを教えて下さい。

572 ：あるケミストさん：04/09/12 21:05:36

スピンは自転？

とよくある古典イメージを提示してみる。

573 ：あるケミストさん：04/09/12 21:14:42

京大の宇宙物理の教授の本を読んで驚いたのですが、
まだ量子力学も相対性理論も(完全に）理解されてないそうです。

ついでに、驚いたのは、
アインシュタインの統一場理論を作るという試みは間違ってなかったそうです。
ひも理論がアインシュタインの試みが正しかったことを示してるそうです。

574 ：あるケミストさん：04/09/12 21:16:02

俺はつっこまない。

575 ：551：04/09/12 21:51:48

>>565 >>570
もう少し遡ってみました。Chemical Hamiltonian Approach (CHA)って奴ね。
>>564 では煽りと思って茶化して申し訳ない。ただS.Suhai等の論文では、
式が何も書いていなくてもう少し親まで辿らないといけないようだが。
＃H=H^{phys}+H^{BSSE}に分割するって、そのH^{BSSE}が肝だろって。

ただGaussianで計算するような場合、CHAがCPHFまで解くことを考えると
ほとんどの場合、CPで十分という考えには変わりがないけど。

576 ：あるケミストさん：04/09/12 22:07:24

>>575

そのあたりも含めて総説書くつもりです。

１．BSSE補正すべきではない。
２．BSEE補正をするメリットがない。
３．BSEE補正をおこなって、よい結果がでても誤差のキャンセルに過ぎない。

基底関数によって、１，２，３に該当します。
それ以外はないです。

577 ：あるケミストさん：04/09/12 22:39:17

なんかかっこいい人でてきたね

578 ：あるケミストさん：04/09/13 00:38:08

ついに脳までPrPが回ったか・・

579 ：551：04/09/13 00:40:42

>>576
十分大きな基底関数で、BSSE補正が必要ないのは自明として、（これが２？）
BSSEが大き過ぎる場合にBSSE補正しても元々の相互作用エネルギー自体に信頼がないのも分かる。（これが３？）
でも１のすべきではないっていうのが、よく分からないです。
よければ（総説に問題がない程度に）解説をお願いしたいです。

580 ：あるケミストさん：04/09/13 07:28:27

>単なる仕事をやってるふりでは。
>大学人にはそういう輩けっこういるから。
>そうでないと大手振って仕事してますていえないからだそうです。

ていうか、電子状態理論の分野が既にどん詰まり状態気味だから
パッケージ作りなどで業績水増しする必要があるのではなかろうか。

581 ：あるケミストさん：04/09/13 07:37:57

しかしいまだにBSSEで総説が書けるとはな。
何だか同じ場所をぐるぐる廻りながら論文だけが何となく
包装紙を変えて出続けているみたいな観もせんでもないな。

582 ：551：04/09/13 18:30:08

>>581
まぁ、包装紙しか変わらない場合も多々あるが、ちゃんと中身も微妙に違う場合も多いよ。
通常のCPでのBSSEの補正はあくまでエネルギー補正であって、BSSEのある電子状態しか得られない。
BSSE freeの方法（Chemical Hamiltonian Approach）って奴は、
BSSE freeの電子状態が得られるので、目的によってはちゃんと使える。
ただGaussianでエネルギー計算しかしない場合、CPで十分と。

583 ：あるケミストさん：04/09/13 18:58:32

>>582

だけど、BSSEによる電子状態の影響なんか極めて小さいのでは？
それよりも、基底関数による影響の方がはるかに大きいのでは？

584 ：551：04/09/13 22:00:29

>>583
その通りだと思います。
>>551 に書いた通り、BSSEというのは“完全基底基底関数系を使う代わりに、
中程度のものを使って計算量を削減しているツケ”だと思います。

585 ：あるケミストさん：04/09/13 23:25:29

>>520

平尾先生的にはライセンスはどうでもよくて
メインのコーダーの方的にもどうでもよいっぽいのですが、某センセ
が一番嫌がってたそうで。scratchから書くというのがどういう意味があるのかまったく
わからんです。GPLはGPLにすれば(疑心暗鬼的に)論文が出たら用いた
コードを出させることができるので、良いですね。

あと、誰がどうやってプロジェクト管理するかでまた変わってきますし、
実際だれがプロジェクト管理するんですかね。そんなリソースあるのか
しらん。

結局違う国の連中が、GPL'edなソフトウェアを出して先を越されると。
日本は保守的だから。

586 ：あるケミストさん：04/09/13 23:38:21

>>583
論理的に無茶です。
582は論理的に間違ってない。そのまま解釈すると
> だけど、BSSEによる電子状態の影響なんか極めて小さいのでは？
no.
目的に応じて、BSSEによる電子状態の影響を見たい場合がある

> それよりも、基底関数による影響の方がはるかに大きいのでは？
よい質問ではないです。basis functionがほぼcompleteという
場合を考えると、原理的にほぼBSSE freeなので影響が大きい
ということも考えられます。

587 ：あるケミストさん：04/09/13 23:57:28

>>586

論文読んで勉強します。

588 ：あるケミストさん：04/09/13 23:58:56

>>587
論文読んでじゃなくて論理的につながってるか否かなんですが...

589 ：あるケミストさん：04/09/14 00:15:35

>>576
１．BSSE補正すべきではない。
２．BSEE補正をするメリットがない。
３．BSEE補正をおこなって、よい結果がでても誤差のキャンセルに過ぎない。

意味がわかりませんでした。2.ならば素直に考えるとメリットがない
らば補正するべきではないですので、2.ならば1.ですね。
僕は
a. BSSE補正するべき系
b. BSSE補正しないほうがよい系
にわけました。
b. は多分
b1.BSSE補正をしても補正が0
b2.BSSE補正をしても補正が非ゼロだが、補正すると解が完全解と同じ傾向にならない
とわけられ、
a. BSSE補正をしても補正が非ゼロだが、補正すると解が完全解と同じ傾向になる
これで完全に事象をつくせます。3.はたぶんa.と対応すると思うのですが。
誤差の定義を教えていただければと、思います。

590 ：あるケミストさん：04/09/14 00:21:58

>>585

漏れ的には、そのオーナーの「どうでもいい」っていう意識の持ち方
の方が、むしろ始末が悪いと思うんだが。ポリシーがあるならそうさ
せられる立場にいるんだから。

どうよ？

591 ：あるケミストさん：04/09/14 02:35:38

おいおい、日本でBSSEの総説書きそうっていったら
あの大先生だろ。上の煽りキャラがそうだったのか？

592 ：あるケミストさん：04/09/14 05:06:31

＞５９１
総説書くってあたりがハッタリだろうね！
ある程度完成されているので・・。試行関数の選び方変えても。本質的でないもんね。

量子化学の短所と、根本的な改良法。
改良の方向とか聞いてみたらいいんじゃない？

593 ：あるケミストさん：04/09/14 08:18:42

（話は変わるけど）分子力学法と量子化学を組み合わせた計算
方法があるらしいが、どんなもんか知ってまっか？

それと分子力学法のスレを立てたいが、需要が不明。そこで
この手法に興味がある人は、この件についても併記プリーズ。

594 ：あるケミストさん：04/09/14 18:55:51

>>593
QM/MMですね。ONIOMも関連手法と言って言えないことはない。
MM, MD系のスレは化学板にはないですね（シム板にMDスレはある）。MMも製薬関係の人は
現役で使っているはずです。

595 ：あるケミストさん：04/09/14 21:52:03

理論化学シンポジウム、逝ってきたやつ手をあげろ！

596 ：あるケミストさん：04/09/15 08:54:16

QM/MM はまさに木に竹を接ぐ観があるな。技術的に重要なのは承知だが
新しい科学概念を提示する類いのものではなさそうだ。まあだからといって
ブルトフォスで全部計算すればいいというもんでもなかろうけど。要は方法論
にトラップされずにそれを使って何が出来るか、言えるかで勝負すべきだろうね。

597 ：あるケミストさん：04/09/15 21:52:46

>>596
QM/MMで、具体的に何ができるのかいまひとつ理解できないねー。

エネルギー計算するにしてもMMで計算したエネルギーを合わせたら
誤差がいっぱいでると思うし、QMで計算したいところをQMだけで計算
すればすむことじゃないかなと思う。わざわざ、QM/MMにして計算
する意味はないんでは・・・？

598 ：あるケミストさん：04/09/15 21:56:36

QMだけで計算した方がずれが大きい肝

599 ：あるケミストさん：04/09/15 22:41:50

数kcal/molのレベルを議論したいときは難しいね。

600 ：あるケミストさん：04/09/15 22:44:38

vdW錯体でもＯＫなDFTが開発されたそうだ。

601 ：593：04/09/15 23:22:41

>>600 それって漏れ的には注目する話題！

593で書いたけど、分子力学(MM)法のスレ立ては今月一杯様子を見ます。
しばらくMM法の話題はここに居候します（計算化学全般のスレがないので）。

602 ：あるケミストさん：04/09/16 00:04:49

QM/MMが使えるソフト教えろ・・・いや・・・ください。

GaussianのONIOMもQM/MM?

603 ：あるケミストさん：04/09/16 02:20:32

>>602 計算ジョブの組合せでは、結果的にQM/MM...だと思う。

604 ：あるケミストさん：04/09/16 06:10:40

>>601
>しばらくMM法の話題はここに居候します
単独スレ立てても MM だけじゃ続かないと思われる。

605 ：あるケミストさん：04/09/16 06:28:43

>>570
>BSSE freeアルゴリズムなんて無意味
とはどういうことだ？

それから日本語大丈夫か＞「気ずき」

606 ：あるケミストさん：04/09/16 08:13:59

>>601
灯台の先生がファンデルワールス関数をいれるだけで、MP4の計算と同じレベルの
計算をDFTでもできるって話してました。

607 ：あるケミストさん：04/09/16 12:29:13

>>597
QM/MMが（最初のころ）目指したのは、溶媒や結晶、タンパク質全体などの
外場からの効果を取り込み、ダイナミクスや統計量をちゃんと求めること。
（系のサイズ×時間平均）という巨大計算を実現するためにはどこかで
計算量を削減することが肝になる。
この辺りが、>>596 の言う「何が出来るか、言えるか」って所かな。
逆に>>597 が指摘している「何が出来ないか、言えないか」って点も大事。
QMのみで説明できる現象なら、QMのみで計算するのが正しい。

608 ：あるケミストさん：04/09/16 14:29:02

>>607
そこで、タンパク質まるごと全電子計算ですよ。

609 ：607：04/09/16 14:43:36

>>608 (確信犯ですかね？)
わざわざ「（系のサイズ×時間平均）という巨大計算」と書いた意図をご理解ください。

610 ：あるケミストさん：04/09/16 19:17:33

マニュアルに
The opt freq keyword combination may not be used in SCRF calcurations.
とあるんですが、OPT と FREQ を別々に計算しないといけないんでしょうか？
OPT　FREQ　を組み合わせた時、振動数計算になった時にチェックポイントフ
ァイルからSCRFも読み込んでいるから変わらない気がするのですが、、、
また、別々に行う場合、FREQ計算のときはCHKから読み込んではまずいのでしょうか？

ご指導願えればと思います。

611 ：あるケミストさん：04/09/16 19:45:28

>>610
？　振動数計算はSCRD計算ではできないってことでしょ。

612 ：あるケミストさん：04/09/16 19:46:55

>>606
MP4がDFTごときに負けるなんてちょっと信じがたいんだが。

613 ：あるケミストさん：04/09/16 20:36:12

10万原子を、MP2/6-311G**・・・いやB3LYP/6-31G*でいいから、計算できる日はいつになるのだろうか。

614 ：あるケミストさん：04/09/18 00:13:02

611>>
そうなんですか、、、よく考えて見ます。ありがとうございます。

もうひとつ質問なんですが、
freq=ReadIsotopesを行う場合、ChkからForce constantを読み取るとき
にGeom=Allcheckを入れるとエラーになります。なぜGeomは読んでくれな
いのですか？

615 ：あるケミストさん：04/09/20 13:37:26

来週は分子構造です、シンポジウム講演には
ProteinDFとUTChemの両方入っているようですね ...どっちもどっちか

616 ：あるケミストさん：04/09/20 14:04:36

その講演聴いてメリットあるの。
公開もされてないプログラムの宣伝聞くほど暇ではない。

617 ：あるケミストさん：04/09/20 16:46:56

UTChem はβ公開されてるじゃん。

618 ：あるケミストさん：04/09/20 16:59:27

入手方法は？

昨年の学会発表聞いたけど、
全然熱意や真剣さが感じられなったけど。
俺だけそう感じたのかな。

せめてクラキマイのように真剣に歌ってほしいｗ

619 ：あるケミストさん：04/09/20 17:14:38

上を見るべし。

620 ：あるケミストさん：04/09/20 17:40:11

金儲けだけでやってる野球に魅力ないのと同じや。
王や長島たちのように真剣勝負をしてたころまでだな。
もはや、プロ野球は不要。

621 ：あるケミストさん：04/09/20 17:58:25

番組つぶれたりずれたりしなくてすむからいいね。

622 ：あるケミストさん：04/09/20 18:51:55

ProteinDFって使える？

623 ：あるケミストさん：04/09/20 22:26:46

>>622
入手できるか、という意味であれば、入手できる。戦略的基盤なんちゃらからダウンロードできたはず。
有用か、という意味であれば、よくわからない。

624 ：あるケミストさん：04/09/21 20:31:28

>>617
Long rangeのDFTとか、Gaussianに組みこんで欲しい機能があるなぁ。

625 ：あるケミストさん：04/09/24 16:41:30

Gaussian98W_A7を使っての厨房的質問です。例えばHCHOをHF/6-31GでSP計算
すると、outputの最後の方に
　 Total atomic charges:
　 1
　 1 C 0.160389
　 2 O -0.452185
　 3 H 0.145898
　 4 H 0.145898

と出てきますが、これとは別に
Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms:
1
　 1 C 0.452185
　 2 O -0.452185
　　・・・
が出ますが、このAtomic charges with hydrogens...の化学的意義は何ですか？

確かに2つのHの電荷（0.145898ｘ２）をCに移動させると、Cの電荷は0.452185
になりますが、この意義を教えて下さい
（本やgaussian.comのサイトで調べましたがわかりませんでした）

以上、縦長くなり申し訳ございません。

626 ：あるケミストさん：04/09/24 19:41:49

炭化水素の場合にCとHの電気陰性度の関係でCが負電荷を持つことがある。
化学的にはCH3なんかは電気供与基だから負電荷を持つこととは対応しないが、
CH3としての電荷を考えれば正電荷を持ち、化学的事実と対応する。

一般的には、化学反応は官能基ごとに反応が進むことが多く、官能基ごとの
電荷で議論することが多い。その足し算の手間を少し省いてくれているというところか。

627 ：625：04/09/26 00:57:24

>>626さん、有難うございます。

つまり、どこに注目するかですね。CH3全体では、電子供与により正電荷を
持つことになりますが、H→C→・・というH由来の電子の通過点として考え
ると、結果としてCは負電荷を有する。

そこでCが負電荷を持っている場合は、そのCは「電子供与基の」Cと解釈でき、
Atomic charges with hydrogens...は、その反応を推測するための電子の
偏りの表示と理解しました。

628 ：あるケミストさん：04/09/26 17:43:18

別に深い意味ないよ。

629 ：あるケミストさん：04/09/26 20:34:22

Natural Charge、いっとけ。

630 ：626：04/09/26 20:56:50

>>628 確かに電荷なんてものはobservableでないので、正しいかもしれない;p
>>627 結局のところ、注目する原子or原子団での電荷はその電気陰性度の
相対的指標なので、自分がどの原子or原子団に注目するかということです。
例えば、プロトン移動反応などを見たければ、“Atomic charges with hydrogens”
は余計なお世話になることもあると。
>>629 Natural Chargeでも定性的議論をする場合には、同じだと思います。

631 ：６２８：04/09/26 21:28:39

私の言ってる意味は、ついでに出力されてる程度のことを
深く考えなくてもいいと言う意味です。

何か役立つときは、その出力を利用したらいいだけ。

632 ：628：04/09/26 22:48:12

私の経験上、今時、Mullikenで云々いっても世間は相手にしてくれないんですよね。

633 ：629：04/09/26 22:48:35

>>632
間違いです。629です。

634 ：626：04/09/27 12:59:00

>>631 “電荷分布の解析は自分で足し算すればいい”ってことであれば了解。
出力されたもの＊だけ＊では十分な解析ができるわけはないですものね。
>>632 Mullikenで＊何をいうか＊ってことが問題かと。系のサイズが同じで定性的な
議論をするならほぼ問題ないと思うが。定量的な話やサイズが変化すれば別だが。

635 ：633：04/09/27 14:34:52

電荷でここまで引っ張れる人もいるんですね。（苦笑）

636 ：あるケミストさん：04/09/27 15:35:45

物性量子化学　講談社　山口　他（著）　16/10/1　初版発行
購入しました。　

637 ：あるケミストさん：04/09/27 18:51:23

他だって
変な名前！

638 ：あるケミストさん：04/09/27 19:14:30

分子構造総合討論会のポスターごったがえしてた。
早めに帰宅しました。

639 ：あるケミストさん：04/09/27 23:30:48

TSのエネルギーがReactantより大きいまでは良かったのですが
Productのエネルギーより小さくなってしまいました。。。
このスレは知ってそうな方が多そうなので聞きますが
このときのTSってどう解釈すればいいのでしょうか？

640 ：あるケミストさん：04/09/30 00:26:03

分子構造総合討論会について感想ありませんか？

641 ：あるケミストさん：04/09/30 00:26:30

>>639
明らかに結果がおかしい。

642 ：あるケミストさん：04/09/30 02:20:46

>>640
理論の落ち目を感じたね、Ｃは広い割にがらがら、Ｄは混んでいたし結構
議論もあったのでは？

例えばQM/MMでもいい加減、境界領域が問題なんだから抜本的な改良を考えたり、
QM/MMを捨てるべきだとかいう意見が出ても良さそうなのに、ひたすら適当な
力を加えたとか、境界の取り方を変えたとかで結果が良くなったことを強調している。
基底関数もアルゴリズムも同じ。
そんな研究をサイエンスと自信を持って言えるのかね。

643 ：あるケミストさん：04/09/30 06:08:35

専門主義の蛸壺化

644 ：あるケミストさん：04/09/30 11:56:46

>>639
振動数計算して、反応の方向を見た？

645 ：あるケミストさん：04/09/30 13:22:27

>>642
どうせ卒論か修論のテーマなんだろ？

646 ：あるケミストさん：04/09/30 13:38:00

>>644
みますた
虚の振動数あるし
productとreactantと結んでるし・・・おｒｚ

647 ：あるケミストさん：04/09/30 17:35:08

金儲けだったろ

648 ：あるケミストさん：04/10/01 22:25:45

>>590
you are right

649 ：あるケミストさん：04/10/02 11:41:42

>>642
イゼルローン（分子構造）は陽動だ。本体はフェザーンに向かっていることがまだわからんのか。

650 ：あるケミストさん：04/10/02 14:09:56

>>649

教官や学生が学会にすら来ない総合大学の存在意味？
広島までほん近くなのに。

651 ：あるケミストさん：04/10/02 18:00:51

さっき、手をつないで歩いてたよ。
さすが岡田大学は、幼稚園大学。

652 ：601：04/10/02 19:28:00

MM法の話題を書いた者ですが、特に批判もなく9月中はこのスレで過ごせました
ので、今後もこの中で話題を提供します。

ところで、全体的に最近の理系２ch書き込み量が低下しているのは、M2の連中
がようやく本腰を入れ始めたから？
無事に年が越せるよう祈ります。

653 ：あるケミストさん：04/10/02 19:42:47

学会も予想どうりでした。

FMO:ぜんぜんだめ。泥沼化。糞プログラムも販売してたのには、驚き。
ProteinDF:発表数もすこしだけ。金儲け販売。Q-Chemで十分。
ONIOM:センスのいい研究者は使い出した。

センスのいい研究者ほど単純に陽気に考えてられるみたいです。
M先生のポスター発表聞きたかったけど、はってあっただけでした。
からかう人たちがいるので、逃げられたのかも。

まだまだ大変ですね。巨大分子を計算するのは。

654 ：あるケミストさん：04/10/02 22:13:56

この書き込みが予想通りというかなんというか。フゥ。

655 ：あるケミストさん：04/10/02 23:28:35

まだ5年から10年かかるのでは。
信頼できる結果得るためには。

656 ：あ　#：04/10/02 23:37:50

科学嫌いだ

657 ：あるケミストさん：04/10/03 00:01:19

>>656
science自体が嫌いならchemistryも嫌いだろうな。
文系板に行った方がいいと思うよ。

658 ：あるケミストさん：04/10/03 00:46:11

４Eもまだまだ掛け声だけの感じします。
MDはできても、QMはむずかしいです。

グリッドもまだまだか？

もっと早いコンピュータしだいですね。

659 ：あるケミストさん：04/10/03 01:06:12

↑４Eって何？セクション名？

660 ：あるケミストさん：04/10/03 01:14:56

もちろん

661 ：あるケミストさん：04/10/03 17:00:41

>センスのいい研究者ほど単純に陽気に考えてられるみたいです。
なんだこれ。もっと頭使えよ。足りないのは仕方ないとしても。

662 ：あるケミストさん：04/10/03 17:02:15

>>661
きみ、MP30の刑。
量子化学スレの名物おじいちゃんを知らんのか。

663 ：あるケミストさん：04/10/03 17:24:32

誰か、巨大分子計算に関して予想してみよ。

664 ：あるケミストさん：04/10/03 18:26:42

>>663
十年後、ProteinDF、全盛の時代到来。

665 ：あるケミストさん：04/10/03 18:29:52

DFT もなぁ。
もうちょっと何とかならんかなぁ。

666 ：あるケミストさん：04/10/03 18:32:35

Gaussianは商業主義がたたってユーザーがへり、GAMESSが主役となる。

667 ：あるケミストさん：04/10/03 18:55:49

GAMESS は SCF の収束悪いしなぁ。
Initial Guess のせいなのか？　あれ。
CI 系はすこぶる便利なんだけどな...。

668 ：あるケミストさん：04/10/04 01:31:08

個人的には、巨大分子は平衡電荷を考慮に入れたUFF（CUFF）が主流になって
ほしい。UFFならvan der Waalsを考慮に入れているし、平衡電荷で水素結合の
精度も改善できているようだし。
(大まかな構造を得るにはこれで良しとしたい)

プログラム開発に乗り出したいが、なにぶん金と時間とオツムがついていかない。

669 ：あるケミストさん：04/10/04 01:58:05

UTChemはGAMESSに吸収されるに一票。

670 ：あるケミストさん：04/10/04 02:18:23

GAMESS みたいに Fortran77 なんつー糞言語で書かれたプログラムに
吸収されたかないわな。
せめて 90 にしてくれ。

671 ：あるケミストさん：04/10/04 08:06:30

GAMESS-UT になるとか。

672 ：あるケミストさん：04/10/05 00:26:00

UTがGAMESSを九州しる！

673 ：あるケミストさん：04/10/05 11:41:43

Gaussian03でoniom法に挑んでるんですが、どうもよくわかりません。
どなたかご教授ください。

674 ：あるケミストさん：04/10/05 20:14:27

>>673 あんた単発スレ立てた人？

自分はG98Wだが、Gaussianならばインストールの際に「test」というフォルダ
かディレクトリは出来なかったかい？その中にONIOMの使用例があるなら、とり
あえずそれでやってみなよ。

簡単な例として、H2OとHCHOの組で各々High，Lowの基底を割り当ててみるのも
よい。あとは、Gaussian.comに聞きなはれ。

675 ：あるケミストさん：04/10/05 22:53:18

>>674
そーいや、G03とG98だと、G03のほうがoniomの性能がいいって話を聞いたことがあるけど。

676 ：あるケミストさん：04/10/05 23:48:04

>>675
その性能とは、精度か？それとも収束性かい？
そこが大事なんだな。

677 ：あるケミストさん：04/10/06 08:52:43

UTChem correct release ｷﾀｰ!

678 ：673：04/10/06 11:17:49

>>674
ありがとうございます。　「test」の中に例がありました。
これらを参考にして悩んでみます。
まわりにoniomが解る人物がいなくて困っています。

679 ：495：04/10/06 12:19:36

>>677
DFT動くようになったね。

680 ：あるケミストさん：04/10/06 12:57:08

678さんへ
testのどれでしょうか？

681 ：678：04/10/06 14:31:30

>>680
test680前後、test580前後など

682 ：680：04/10/06 18:41:07

ありがとうございます。
何故すぐに分かるのでしょうか？もしかして全て見られたとか？
それともどこかに書いてあるのでしょうか？

ＳＡＣ－ＣＩはtestのどの辺に出ているのでしょうか？
聞いてばかりですみません。

683 ：あるケミストさん：04/10/06 23:49:31

CCSD(T)は、SACを盗んだて聞いたけど本当ですか？

684 ：あるケミストさん：04/10/07 02:19:48

>>682
Windows上ならば、フォルダ名を指定して「含まれる文字列」にONIOMを
入れれば一発だよ。あとはしばらく検索を待つべし。

しかし、ワテはUNIXとLinuxのG98計算の経験がないので、これらのOSの
場合は不明です。

685 ：あるケミストさん：04/10/07 02:45:38

grep

686 ：あるケミストさん：04/10/07 08:20:10

>>683
なんでやねん。別のものと勘違いしてないか。

687 ：あるケミストさん：04/10/07 19:24:49

>>670
おお！ UT-Chemの作者が２チャンに降臨か！？

688 ：670：04/10/07 19:33:54

>>687
違うよ。

689 ：あるケミストさん：04/10/07 19:44:34

いま、１ライセンスの値段がもっと高い量子化学計算プログラムってなんだろ？

アカデミックだと値引率がソフトによって違うから、コマーシャルプライスで。

やっぱGaussianかな・・・？１８０万円だし。

690 ：あるケミストさん：04/10/08 22:47:07

MOLPROにインプリメントされてる，EOM-CCSD(T)のことでは？理論としては，SAC-CIと全く等価なものだよね．

691 ：あるケミストさん：04/10/09 17:22:49

でもSACにはあやしいthreashold

692 ：あるケミストさん：04/10/10 21:28:52

Gaussian03で極性分子のダイマーの計算を
しようと思っているのですが手法と基底系の選択に
迷います
mp2/6-31g(d)で少し計算してみたのですが、この
レベルでは双極子－誘起双極子相互作用を
考慮するのには不十分でしょうか

693 ：あるケミストさん：04/10/11 04:32:59

>>692
厳しい。

694 ：あるケミストさん：04/10/11 10:27:53

MP2/6-311++G(d,p)

695 ：あるケミストさん：04/10/11 11:48:57

ていうか、誘起双極子とは何なのか考えて見たらどうだ。

696 ：あるケミストさん：04/10/11 15:51:51

>>695
なんとかってソフトなら計算できるんでしょ？

697 ：あるケミストさん：04/10/12 01:20:30

あぁ、何とかってソフトを何とかってモードで何とかって基底系使ったら計算できたな

698 ：あるケミストさん：04/10/13 02:32:44

まぁ、確かにあれ使うえばなんとかなるよ。

699 ：あるケミストさん：04/10/13 13:30:02

あれ使えば、どんなに大きい分子でも、たんぱく質でもいけるよね。

700 ：あるケミストさん：04/10/13 15:55:58

>>692
分子サイズや構成原子種、必要な計算精度を提示すると
十分or不十分に関してより具体的な答えが得られると思います。

701 ：あるケミストさん：04/10/14 01:09:35

>>699
それじゃないよ、あれだよ。

702 ：あるケミストさん：04/10/14 01:44:13

おまえらあれだのこれだのうるせーよあほ
プログラムぐらい自分で作れよ市販ｦﾀ

703 ：あるケミストさん：04/10/14 16:53:34

2核錯体(のようなもの)の遷移金属原子のdスピン間に働くJを計算したい
のですが，どのようなソフトが適していますでしょうか？
系としては，3d遷移金属原子*2 + C，O，Nの軽原子*24程度の大きさと
なります．
原子座標はこちらで決定して入れてやる(というか位置をパラメータとして
Jを知りたい)ため構造最適化は必要ではありません．

704 ：あるケミストさん：04/10/14 20:27:44

別に Gaussian でええんでない？

705 ：あるケミストさん：04/10/14 21:53:45

>>703
G03で鉄イオウ錯体のJの計算しているよ。なんか質問ある？

706 ：あるケミストさん：04/10/14 22:44:37

>>704,705

ああ，Gaussianで出来るんですか．
元がバルクの物性物理出身なんで，Gaussianで何が出来るのかもよく分かって
いない状態でした．
ちょっとこれからしばらくマニュアル等を熟読しながらいろいろやってみよう
と思います．どうもありがとうございました．

あ，もしよろしければ，この基底関数は使っちゃいけない，とか，このオプション
は使ったほうが良い等教えていただけると助かります．

707 ：あるケミストさん：04/10/16 19:40:20

ちょと教えてください

Gaussianで振動計算した出力をGaussviewで
可視化したときに出てくる
Dipole Derivative Unit Vector
って何ですか？

708 ：あるケミストさん：04/10/16 20:05:36

>>704
Gaussianでプリオンの立体構造計算できますかね

709 ：あるケミストさん：04/10/16 21:26:38

>>708
力場をそれなりに設定できれば。

710 ：あるケミストさん：04/10/17 01:11:42

>>708
そういうのはQ-Chem使ったほうがええよ。

711 ：あるケミストさん：04/10/27 22:28:25

書き込みが少ないね。
修論関連でみんな忙しいのかな？

ところで、
B3LYPって6-31G系の基底以外
使っちゃ駄目ってほんとですか皆さん？

712 ：あるケミストさん：04/10/28 00:38:04

んなこたーない

713 ：あるケミストさん：04/10/28 01:35:18

>>711
それは計算の目的による。精度は勿論のこと、スタックした系の電子相関を
重視する場合など（確かDiffuse関数を含めるのがbetter）によっても基底
は使い分ける。

714 ：あるケミストさん：04/10/28 16:37:04

少し補足．
スタック系の分散相互作用はB3LYPではどんな基底系を使っても無理です．
この場合は，MP2をつかいませう．できればCCSD(T)やるべし．

715 ：あるケミストさん：04/10/28 20:46:54

MP2は定量的評価にはあんまり良くないよね

確か、分散力は３電子励起が効くってどこかに
書いてあった気がするけど…
理由が分からん

716 ：あるケミストさん：04/10/28 20:49:14

プリオンのMP2・・・
滅茶苦茶時間かかりそう・・・

ここの方々は、大型計算機を借り切って計算してるんですか？

717 ：あるケミストさん：04/10/28 21:46:15

>>714
>>できればCCSD(T)やるべし．

無茶いうなｗｗ

718 ：あるケミストさん：04/10/28 22:52:20

>>717
おまえんとこのしょぼい計算機なら無茶だろｗｗ

719 ：あるケミストさん：04/10/28 23:10:27

量子力学関連の学会をインパクトファクター順
にソートするとどんな順番になるのだろうか？

720 ：711：04/10/28 23:57:18

>> 713　レスサンクス

また聞きのまた聞きのまた聞き？なので
真偽は定かでないんですが、くもへい先生が
「B3LYPは6-31Gベース？だから他の基底(6-311Gなど)を使ったらインチキ」
とかおっしゃっていたらしい・・・

たのむ　嘘か誰かの聞き間違いであってくれ・・・

721 ：あるケミストさん：04/10/29 00:18:20

>>720
Beckeの３パラメータは6-31Gで評価したからってことでしょ？

722 ：713：04/10/29 00:52:38

>>717，720

2003年の分子構造討論会要旨より
「...（２，３原子分子の原子化エネルギーでさえ）...化学的精度
といわれる1kcal/mol程度の誤差で実験を再現するにはcc-pCV5Z
や6Zといった基底関数を用いなければならない」

ある理論化学の研究者が言っていましたが、絶対値評価では6Zでも
不十分なので、理論計算は相対値評価を選択することになる、と。

720さんの研究目標がどこにあるのか分かりませんが、結果的に
どの基底を使ったにせよ、同じ基底内での比較という点で議論しては
いかがでしょう？
...720さんは、締め切りがさし迫った研究での動揺が文面から読み
取れます。

723 ：あるケミストさん：04/10/29 01:06:37

6-31G でフィッティングしたからとか言うけど、
それを言うなら G2 データセット（だっけ？）でしかフィッティングしてないから
他の分子でそのパラメータがどこまで有効なのかは (・∀・)ｼﾗﾝ!! なわけで。

DFT は結局パラメータ理論にならざるを得ないから、
そこの所割り切って使うしかないと思うなぁ。

724 ：あるケミストさん：04/10/29 01:29:11

>>723
ふむ。なんか良いこと言っているね。

725 ：あるケミストさん：04/10/29 11:11:15

複数の基底関数＋G2 データセットを使ってフィッティングしたら
少しは良くなるのかな？

とか思ったけど、フィッティングパラメータの桁数ってめちゃめちゃ少ないんだよね。
さらに言えば、分子毎に最適なパラメータは違うだろうし
（そういう研究もあるみたいだけど）。

多分、何らかの仮定されたモデルに合う系と合わない系があるだろうから
（その仮定が意図されたものか未発見のものかどうかはともかく）、
合う系に使っていく分には問題ないんじゃないかな。

726 ：あるケミストさん：04/10/29 13:06:46

>>723
DFTは所詮パラメータ理論だから“こそ”、フィッティングした条件でしか、
精度は保証されないってことでは？
＃その流れで言えば、違う基底関数を使うときにはまたフィッティング
＃しなおすのが、筋が通っている。

ただ、フィッティングした論文が出た後で、様々な人がより大きな基底関数で
様々な分子での精度検証を行っているので、私が論文を書くときには他の論文も引用します。
＃これまでにそういった精度検証が行われていない新規な系へ適用するなら、
＃自分で精度検証します。

727 ：あるケミストさん：04/10/29 13:55:25

＞フィッティングした条件でしか
フィッティングした条件でしか保証されないからとか言ってたら、
パラメータ理論なんて使えんぞい。
条件ってのは基底関数だけじゃなくて、分子まで含んでるんだぞ。
フィッティング領域で合うのは合うようにしてるんだから当然で、
フィッティング領域外でも合うことをある程度期待できるようなのが
パラメータ理論のあるべき姿だ。

でも、どこまで良い結果を与えるかちゃんと検証するのはいいことだと思うけど。
DFT は複雑過ぎて、有効範囲がよく分からないんだよね。
まぁ、Hybrid のパラメータの精度なんてたかが知れてるから（１、２桁）、
基底関数広げた所でパラメータは大きくは変わらないと思うけど。

基底関数の違いと分子の違い、
どっちかというと分子の違いの方が影響大きい気はする。
複核金属錯体とか。

728 ：あるケミストさん：04/10/29 13:59:44

みんな、そんなにいいコンピューターで計算しとるんか？

漏れんところは、P4-2.8GHzの16並列一機だけだぞ。
しかもそれを6人でシェア・・・死ぬ。もうだめぽ。

729 ：726：04/10/29 14:30:34

>>727
第二段落から、私の言いたいことは理解してくれていると思います。
ただ読んでいる人の誤解を防ぐために。

> > フィッティングした条件でしか
> フィッティングした条件でしか保証されないからとか言ってたら、
> パラメータ理論なんて使えんぞい。
私が書いたのは、“フィッティングした条件でしか*精度は保証されない*”
ということで、つまり“使えるか、使えないかわからない”ということ。

なのでちゃんと“使えるか、使えないか”は他の論文で確認するか、
自分で精度検証する必要があると思うと、書いたつもりでした。

＃当然、新たな分子に対しても、“使えるか、使えないか”は要確認。

730 ：あるケミストさん：04/10/29 18:10:49

常駐自作自演厨うぜーよぼけ。

731 ：あるケミストさん：04/10/29 18:13:28

自作自演ｲｸﾅｲ!

732 ：あるケミストさん：04/10/29 19:46:26

どうせ過疎スレだからいいけどな。

733 ：711：04/10/30 00:50:22

こんなに多くの方のレスというか、
議論が発展してくれるとは予想だにして
なかったので感激です

皆さんの意見大変参考になりました
今回の締切りは皆様のおかげでなんとか
乗り切れそうです！　ありがとうございます(涙

Becke,VWN, LYPは文献通読して理解した気になり、
B3LYPは読んでなかったのがそもそも間違いでした
反省してます・・・

734 ：711：04/10/30 00:52:43

ああ興奮してなんか日本語変だ(鬱

735 ：あるケミストさん：04/10/30 01:58:53

基底の話をついでに言うと、STO-3Gは構造最適化においては、3-21Gなど
よりかは正しい結果を与える場合があり、まだまだ捨てたものではない
ということ。
（出典）
Ab initio molecular orbital theory / Warren J.Hehre et al.
出版社 New York : Wiley 1986 <<Sec. 6>>

736 ：あるケミストさん：04/10/30 10:29:45

1986 の話じゃなぁ。
マシンが貧弱な時代だから
少し大きな分子になると STO-3G か 3-21G しか
選択肢がなかっただけじゃないの？

737 ：735：04/10/30 13:55:15

>>736

いえいえ、HFでは6-311(d,p)，MP2では6-31(d)なんてものもあります。
本のデータが多くて細かい判定は出来ないのですが、幾つかデータでは
STO-3Gが6-311(d,p)に匹敵しています。

ただ私が言いたいののは（前にも書きましたが）使い古されたと思われる
STO-3G基底でも、意外に良好な結果を与えるということで。

要は使い分けですね。
余談ですが、紹介した本の共同著者の１人はPople氏です。

738 ：あるケミストさん：04/10/30 17:16:47

>>737
Popleが氏んで再販された本ね。

739 ：あるケミストさん：04/10/30 18:17:19

>>737
だからその使い分けが難しいんじゃねーか
一般論じゃねーんだよ

ところでこのスレ住人ってどの程度の経験者なんだろう
助手以上の住人いる？

740 ：あるケミストさん：04/10/30 18:38:31

full CI計算、やりたい。

741 ：あるケミストさん：04/10/30 19:50:49

波動方程式をダイレクトに解く試みはないの？

742 ：あるケミストさん：04/10/30 19:52:07

>>739 ところでこのスレ住人ってどの程度の経験者なんだろう

しらねーよ

743 ：あるケミストさん：04/10/30 20:39:51

>>741
Free Iterative CI とか？

744 ：あるケミストさん：04/10/30 21:01:16

>>741
中辻ｾﾝｾんところでやってるよ。

745 ：あるケミストさん：04/10/30 21:04:32

>>739
藻前が大先生をここに連れてこいよ。

746 ：あるケミストさん：04/10/30 21:09:15

>>745
もういたらどーすんだよｗ

747 ：あるケミストさん：04/10/30 22:36:02

ここも雑魚どものすくつと化したな･･･

748 ：あるケミストさん：04/10/30 23:24:18

>>747
先生、乙！

749 ：あるケミストさん：04/10/30 23:46:44

...乱れかけているので、議論を正常位な芳香に戻したい。

拡張ヒュッケル法での水素結合計算はどないなもんでしょう？
勿論、ab－initioを使うにこしたことはないが、比較対象として
計算した人いまっか？
まあ、拡張ヒュッケル法は、何事もパラメータ次第という声も聞こえそう
だが...

※一般に半経験法やDFTは水素結合に不向きなので、この場合は
　検討の対象に入れていません。

750 ：あるケミストさん：04/10/30 23:54:14

>>749
いまどき、ヒュッケルで論文かけるわけねーだろ。

751 ：あるケミストさん：04/10/31 01:25:36

749の古典的脳内は貴重だ

752 ：あるケミストさん：04/10/31 01:44:06

これからはB3LYPだ

753 ：あるケミストさん：04/10/31 14:27:57

>>749
半経験法やDFTが不向きであると知った上で拡張ヒュッケルを検討する理由が分からんよ。

754 ：あるケミストさん：04/10/31 21:00:40

>>753
拡張ふっけるが水素結合計算にむいているって？　ﾌﾟﾌﾟ

755 ：あるケミストさん：04/10/31 21:46:20

つまりこういうことだ。
>>749が高飛車に偉そうなことを言っても内容からして所詮DQNだと。

756 ：749：04/10/31 23:02:29

大規模系への拡張ヒュッケルの可能性をカキコした749です。
で、結局、水素結合にお勧めの計算法は？

HobzaとSonerの論文で、手法をいろいろと振ったデータが手元にないので
判断が難しいのだが（1999年のChem.Phys．ではHF/6-31G(d,p)を多用している）

しかも、選択の幅を広げればAmberもあるので、MM法も含めた場合の有力な
手法をご紹介下さい。

757 ：あるケミストさん：04/10/31 23:48:40

>>756
まともに水素結合を議論しようとするなら最低でもMP4レベルが必要。
まずは地球シミュレーター買え。科研費の予算申請を汁！

758 ：あるケミストさん：04/11/01 01:24:34

７４９もうやめろよ。
スレ荒らすなよぼけ。

759 ：あるケミストさん：04/11/01 14:05:46

>>749
> HobzaとSonerの論文で、手法をいろいろと振ったデータが手元にないので
> 判断が難しいのだが（1999年のChem.Phys．ではHF/6-31G(d,p)を多用している）
"HobzaとSonerの論文"ということで、HobzaはPavel Hobzaかと思われるけど
（Chem. Phys.に３報ある）、1999年にはない。
しょうがないのでCPLをチェックしてみると、Pavel Hobzaの論文が多数あるが、
Sonerは検索には引っかからない。Pavel Hobzaの共著者を調べるとSponerという
方がいる。

スレ荒しとまでは言わないが、参考文献を出すからにはちゃんと書いてください。
＃まじめに相談に乗ろうとしている人に失礼です。
＃＃参考文献は巻、ページまで書いてくれるとありがたい。

760 ：あるケミストさん：04/11/01 16:08:04

Chemical Physics
Volume 204, Issues 2-3 , 1 April 1996, Pages 365-372
Theoretical Biophysical Chemistry
Nonempirical ab initio calculations on DNA base pairs
Jii Sponer, and Pavel Hobza1

749の論文はこれじゃないのか？　ｱﾌﾞｽﾄみたらそれらしい
こと書いてあったぞ。

761 ：あるケミストさん：04/11/01 16:51:07

>>759

2重のミスをしていました。正しくは
　Struvture, Energetics, and Dynamics of the Nucleic Acids Base Pairs:
　Nonempirical Ab Initio Calculations
　　P.Hobza and J.Sponer
　Chem. Rev., 99 pp3247-3276 (1999)

　訂正し、お詫び致します。
　

762 ：あるケミストさん：04/11/02 12:29:57

Chem.Phys.Lett.におけるP.Hobzaの論文の流れを（タイトルのみですが）見てみると、
DNAのBase-pair間の水素結合に興味があるようです。（最近ではBaseのスタッキング
にも興味があるみたい）
>>761さんは、大規模系での水素結合を評価したいと言っておられますが、DNA系が
ターゲットと言う事でしょうか？そうであれば、P.Hobzaの(1999年ではなく)最近の
流れなんかも追われた方がいいかと思います。2002年頃からMP2やCCSD(T)などを用い
て研究を行っているようです。

763 ：あるケミストさん：04/11/02 12:38:35

連続書き込み、失礼します。
また半経験的な方法が水素結合系に不向きというのは、同意します。
ただパラメータ理論であることを認めるなら、M.F.Ruiz-Lopezらが
Chem.Phys.Lett., 330 (2000) 118-124. なんていう試みをしております。
同様な試みって日本でも行われていたと思います。

またヒュッケル近似へのこだわりはどの程度なのか存じませんが、タイト
バインディングなんかもヒュッケル近似の一つと考えているのであれば、
“特定の分子へ特化したパラメータ理論”と割り切ればそれなりに使えると
思います。

ただ、相互作用の絶対値を化学的精度で求めたいなら、
言葉は乱暴だが>>757は的を得ていると思います。

764 ：あるケミストさん：04/11/02 16:36:48

>>759,760,762,763さん有難うございます。

（理想上ですが）計算ターゲットはリボザイムやRNAiといった機能性核酸です。これらは
塩基対間の水素結合はもとより、塩基間のスタッキングをvan der Waals力により構造を
維持しているもので、タンパクとは別の大規模系と言えます。

糖・リン酸骨格を含めると１塩基対当たり約40原子位で、50塩基対のリボザイムならば
約2000原子になり、計算は難儀なものになります。
そこで、スタッキング間隔の決定は糖・リン酸骨格にまかせて、初期構造を拡張ヒュッケ
ル法（EHMO）（※）で得て、その後MP4によるSP計算は出来ないものか？というのが本
来の出発点です（QM/MM的発想）。
生体高分子用力場Amberを使えば？という意見もありそうですが、金属orシリコン面上で
のRNAiというように、対象を拡張した場合のことを想定しEHMOを選択しています。

　※EHMOは本来、構造最適化に使われないのですが、これによる構造最適化の試みと
　して、S.Tajima et al., J.Chem.Software, vol.6 p67-74 (2000)　を参照しています。

長々と書きましたが、この考え方に対する皆さんのご意見をお願い致します。

765 ：あるケミストさん：04/11/02 22:08:05

× 的を得ている
○ 的を射ている
○ 当を得ている

766 ：あるケミストさん：04/11/03 01:02:55

RNAi？　ただのハイブリダイゼーションじゃなくて？
「金属orシリコン面上」という表現を見ると、RNAiじゃなくてハイブリのことかな、とも思うのだが。
RNAiはちょっと無謀じゃないかと…。

767 ：あるケミストさん：04/11/06 11:37:58

結晶の電子状態計算（分子軌道計算）で最も優れた方法って何ですか？
私は，量子化学が専門専門ではないので，恥ずかしい質問をしているかもしれません．

ググってたら，Elongation法っていうのが引っかかるんですけど，
どのソフトを買えば使えるのでしょうか？とても高速な計算ができるそうで，
期待しているんですが…．
どなたか教えて頂けませんか？

768 ：あるケミストさん：04/11/06 11:51:25

結晶にElongation法？

769 ：あるケミストさん：04/11/06 12:30:52

釣りですな。＞Elongation

770 ：あるケミストさん：04/11/06 13:07:42

釣りなんですかぁ．．．
では，何を使ったらいいんですか？

771 ：あるケミストさん：04/11/06 13:38:11

手回し計算機

772 ：あるケミストさん：04/11/06 14:42:35

>>767
結晶といっても有機物の結晶なのか無機結晶なのか，
取り扱いたい現象は何か，といった条件を
できる限り提示するのが質問する側のマナーだとは
思いませんか?

とりあえず，書込み内容から判断すると
Elongation法ということは高分子結晶などを
考えていらっしゃるのでしょうか？
もしそうであると仮定すれば、単分子鎖では
それなりに有効な手法ではないかと思いますが，
結晶スケールでの議論は困難でしょう．

いずれにしても手法を自分で選択するための
時間も計算に対して割くことができないならば，
おそらく良い結果は得られないと思います．

773 ：あるケミストさん：04/11/06 17:59:54

>>767

> 結晶の電子状態計算（分子軌道計算）で最も優れた方法って何ですか？
「最も優れた手法」は分かりませんが、量子化学計算は大別してHF(Hartree-
Fock)系と、DF(Density-Functional)系の2つがあり、結晶＝固体と考えると
DFT（密度汎関数理論）を適用することになるでしょう。
この理由は、このDFTが元々固体内の電子をガスとして捉え、この電子ガスの
密度の汎関数（関数の関数、つまり写像関数）が系のエネルギー表すという
理論より由来します。

767さんがDFTを結晶計算に適用する場合の本としては「密度汎関数法とその
応用」（里子，大西）講談社サイエンティフィックがあります　※大西氏担当の
偶数章はすっきりしない記述が多いですが・・・。

古いDFT（←平たい表現）といわれるDV-Xα法を記述し、プログラムCD-ROM
を同封した書籍に、「はじめての電子状態計算」（大和田　他）三共出版　が
あります。プログラムはWin3.1でも動作するので、試しにこれから始められては？

>>>> 続きは下に

774 ：773：04/11/06 18:04:11

上の続き

> ググってたら，Elongation法っていうのが引っかかるんですけど，
Elongation法は（文献の言葉を引用すると）非周期系の高分子鎖に威力を発揮
するといわれる手法です（季刊化学総説　No.46 (2000) 高精度分子設計と新
素材開発　p198～）。
担当の今村氏はどっかの大学の学長になってた気が・・・。

> とても高速な計算ができるそうで
確かに計算速度は魅力ですが、（676で書きましたが）精度も重要です。
また、量子化学計算では環分子の場合は、１０原子程度の比較的小さな分子で
もテコの原理が働き、収束が困難になります。最近のプログラムでは改良がなさ
れ収束しやすくなっていますが、系と計算手法によってはダミー原子（数学上の
みの仮の点）を使うなどする必要があります。

> 私は，量子化学が専門ではないので，恥ずかしい質問をしているかもしれません．
本で勉強する以外に、実際にプログラムを動かすときの入門として、WinMOPAC
の試用版付き書籍「計算化学実験」（堀，山崎）丸善　があります。

775 ：あるケミストさん：04/11/06 22:13:31

>>774
>また、量子化学計算では環分子の場合は、１０原子程度の比較的小さな分子で
>もテコの原理が働き、収束が困難になります。

テコの原理？　もう少し詳しく解説お願いできませんでしょうか？

776 ：773&774：04/11/06 23:28:33

>>環状分子のテコの原理

上では「テコの原理」と書きましたが、正しくは「梃子効果」で、シーソーのよう
な動きとは少し違います（「計算化学ガイドブック」（丸善）大澤　他，p324）。

例えばベンゼンを構造最適化する場合、ある炭素原子Ａを少し動かしたとします。
すると隣の炭素原子Ｂは最適な距離を保つため、また少し動きます。これが隣-隣
で連鎖すると、結局最初の炭素Ａも動かしてしまい、いつまでも堂々巡りで最適な
位置が決まりません（つまり基準を定めたのに、その基準が動く）。
そこで適当な所にダミー原子（通常表記：X）を置き、それを数学上の固定点とみ
なし計算します。

ダミー原子は半経験法における直線分子計算にも用いられます。WinMOPACでは座標
系にデフォルトでZ-matrixを使用しており、この場合では直線分子は計算不可にな
ります。このときダミー原子を使うと、その点が関わる角度が定義できるので計算が
可能になります。

※最近のプログラムはアルゴリズムの改良により、環分子でもダミー原子を使わず
に多くの場合、計算が収束します。

777 ：あるケミストさん：04/11/06 23:43:36

777 ～！
￣￣￣￣￣￣￣|／￣￣￣￣￣￣￣￣￣
　　　　　　＼　∧ ∧
　　　　　　　　(ﾟДﾟ∩
　　　　　　 ⊂/　　,ﾉ
￣　￣　　　「 _　　|～　ﾄ　￣￣　￣
　　　　　　　∪ ヽ l　　ｵ
　　　　　　　/　　∪　　＼
　　／　　　　　　　:　　　ｵ
　　　　　/　　　　||　.　　ｫ　　＼
　　　　　/　　　　 |　:　　　ｫ　　＼
　　　　/　　　　　　　.
　　　　　　　　　　　|　.　　ｫ

778 ：あるケミストさん：04/11/07 00:39:03

>>773
詳しい説明、感謝です～。
ダミー原子なんて一度も使ったことがなかったです。

今度、試してみよう。

　

779 ：M本研究室：04/11/08 14:46:16

うちでは高速化量子分子動力学法のソフトを作りました。
CASTEPの5000倍速いらしいです。

780 ：釣られたケミストさん：04/11/08 20:01:43

>>779

基本セル粒子数の最大値は？

781 ：あるケミストさん：04/11/09 02:07:03

>>779
なぬ！　５０００倍とな！　配布してくれー。

782 ：あるケミストさん：04/11/09 02:42:15

精度はほぼそのまま？

783 ：あるケミストさん：04/11/09 22:41:06

それよりどなたか私に前スレのdatファイル配布してくれ～！

ＨＤＤ死んじゃったんだよう・・・（ノд`）

784 ：あるケミストさん：04/11/10 01:40:09

>>783
ﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟ
ﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟ
ﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟ
ﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟ
ﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟﾌﾟ

785 ：あるケミストさん：04/11/10 01:48:02

オレも前スレみたい

786 ：あるケミストさん：04/11/10 04:14:20

ほれ。
ttp://venus.aez.jp/uploda/dat/upload11602.lzh

787 ：あるケミストさん：04/11/10 17:52:52

>>786
ありがとうございます。
前スレどころか前々スレまで頂けちゃいました。
感謝。

788 ：783：04/11/10 23:42:23

>>786様
ありがとうございます。
さすがにdatまではバックアップ
してなかったので助かりました。
多謝。

789 ：あるケミストさん：04/11/11 14:42:25

Gaussianで分子を計算して、全部の分子軌道について、各原子軌道が何％あるかどうか
調べろと言われたのですが、どうやってやったらいいのでしょうか？
ＰＯＰ＝ＦＵＬＬをつけると、いっぱい原子軌道のリストが出てくるのですが、この係数を
どう処理したらいいのかさっぱりわかりません。
来週のゼミにまでなんとかしないといけないのですお手上げです　(´・ω・`)ｼｮﾎﾞｰﾝ
基底は６－３１１＋＋Ｇ（２ＤＦ，Ｐ）を使っています。

790 ：あるケミストさん：04/11/11 23:20:44

>>789

LCAOの　Φ1＝C1aXa＋C1bXb+・・・　の係数の比じゃやないの？
試しに簡単な分子HF(フッ化水素)でやったが、結構面倒だった。
※漏れの場合は係数の正負の扱いに注意した

791 ：あるケミストさん：04/11/12 00:22:19

>>790
係数は規格化されているはずだから、a軌道の割合は|C1a|~2*100 (%)でいいのかと
思うけど、tirple zeta基底 + polarization + diffuseだと実際に求めるのは
複雑になりそうな予感。STO-3Gでやったら？ >>789

hyperchemに支援ツールみたいのなかったっけ？

792 ：あるケミストさん：04/11/12 02:11:22

>>791 係数は規格化・・・a軌道の割合は|C1a|~2*100 (%)でいいのかと

本当？　本には（水素分子の場合）
　Φ^2 = (C1a+C1b)^2 = C1a^2+C1b^2+2*C1a*C1b＝1
となっていたから、2*C1a*C1bの所で違うのでは？

793 ：あるケミストさん：04/11/12 02:34:27

>>789
モデルを晒せ。
そしたら教えたる。

794 ：あるケミストさん：04/11/12 06:10:28

非直交基底だから、係数の二乗和は１にならないぜ。

宿題みたいだからこれ以上はノーコメントだ。

795 ：あるケミストさん：04/11/12 14:05:56

>>794
それだけじゃ >>789 には無理だろう。
とにかく MO 係数をそのまま二乗しては駄目と言うことだな。
Mulliken および Lowdin の population 解析について調べるといい。

796 ：789：04/11/12 22:27:46

みなさん、返事ありがとうございます。分子は鉄錯体です（Ｆｅ（ＣＮ）６）３＋。
鉄のＭＯを調べろといわれました　(´・ω・`)ｼｮﾎﾞｰﾝ
３－２１Ｇ＊で計算すると鉄のＭＯの係数のｄ軌道はこんなのがでます。
1 1 Fe 1S -0.00194
10 4XX 0.48572
11 4YY -0.05671
12 4ZZ -0.43100
13 4XY 0.00000
14 4XZ 0.00000
15 4YZ 0.00000
16 5XX 0.46313
17 5YY -0.05497
18 5ZZ -0.40754
19 5XY 0.00000
20 5XZ 0.00000
21 5YZ 0.00000

そうすると、このエネルギー準位のＭＯは
鉄のｄ軌道の中でＸＸ軌道が（０．４８＊＊２＋０．４６＊＊２）ｘ１００＝４３％
ＺＺ軌道が（０．４３＊＊２＋０．４０＊＊２）＊１００＝３８％で
混ざっていると言って大丈夫でしょうか？

797 ：あるケミストさん：04/11/13 03:16:55

割合ってのは合計 100 % になるもんだってことくらい知らんわけでもなかろう。
書かれたとおり機械的に当てはめるんじゃなくて、ちーとは頭使え。

798 ：あるケミストさん：04/11/13 10:11:39

>>796
ﾁﾐ、まったくわかってないね。もうやめて田舎に帰ったほうがいいよ。

799 ：あるケミストさん：04/11/14 14:19:28

質問です。私は現在有機合成系のM1です。
先日、研究室の論文紹介で理論計算を使った論文（金属触媒反応）を紹介したところ、その方法(DFTでした)や基底関数がどういうものか
と言うような質問（というか指摘）を受け、うまく答えられませんでした。
そこで、量子化学について勉強しようと思ったのですが、私に分かる本がありませんorz
何かよい本を紹介してもらえないでしょうか？

正直、これから先量子化学を使う予定はないので、あまりヘビーなものは避けて頂けるとうれしいです。

800 ：あるケミストさん：04/11/14 14:40:28

ザボかＪＪサクライあたりが古典的教科書。

801 ：あるケミストさん：04/11/14 15:57:29

ザボは理論化学を専門にする人にとっては必読書だと思いますが，
799さんのような合成屋さんには若干ヘビーかと…．
また，JJサクライって量子化学じゃなくって，量子力学ですよね．
私は，内容は少なく詳細な説明とは言いがたいですが，
岩波講座　現代化学への入門17　「分子理論の展開」永瀬　茂，平尾　公彦
をお勧めします．（理論の方にはベーシックすぎるのでお勧めしません．）
比較的コンパクトに現代の量子化学計算方法について紹介してあるので
実験の合間に読むことも可能かと思います．

802 ：あるケミストさん：04/11/14 16:00:48

ＪＪサクライは名著じゃないか。

803 ：あるケミストさん：04/11/14 16:47:29

古典的名著ってのはすでに学んだ人から見てもよく書けてる本だという認識なのですが、
初心者が独習するのに向いているのでしょうか？

既習者がインデックス的に用いる本ではなく、初学者が独習するのに適した本は無いでしょうか？

804 ：あるケミストさん：04/11/14 19:59:47

化学結合の量子論入門
小笠原正明，田地川浩人
三共出版(1993)

これがわかりやすい

805 ：あるケミストさん：04/11/14 20:26:05

>>802
これちゃんと全部きちんとやったら１年はかかるぞ。

806 ：あるケミストさん：04/11/15 12:45:32

”ちゃんと全部きちんと”やるのは大変そうでつねｗ

807 ：あるケミストさん：04/11/15 21:11:09

JJは、一通り量子力学を勉強してから、改めて量子力学を勉強する
ときにすご～く力がつく本だよ。

だから初心者にいきなり勧めるのはイクナイ。

808 ：あるケミストさん：04/11/15 21:34:41

なぜ桜井純氏はジェイジェイなのか？

809 ：あるケミストさん：04/11/15 21:41:59

まぁ799が質問に答えられるようになるのに、教科書から読んでたら
とてもじゃないが実験に追いつかないと思うから
理論化学の先生に頭下げていろいろ聞くのがいいと思うけどねぇ。
その前に指導教授か。

810 ：あるケミストさん：04/11/15 22:22:11

>>808
JJサクライの本、読んでない人、ﾊｹｰﾝ。

811 ：あるケミストさん：04/11/17 19:17:18

Helgaker万歳

812 ：789：04/11/17 21:10:09

教授に怒られて帰ってきました。
重なり積分を調べる。ピュア軌道でもう一回計算しなさいと言われました
どうやってやるのかまったくわかりません。どなたかお知恵をください　(´・ω・`)ｼｮﾎﾞｰﾝ

813 ：あるケミストさん：04/11/18 01:43:01

いやだね。

814 ：あるケミストさん：04/11/18 21:36:19

>>812
がんがれ！

815 ：あるケミストさん：04/11/19 02:25:14

こんな簡単な問題がわからないようじゃ、学生やっていけないだろ。
どこの大学も教えて君がはびこっているなぁ。

816 ：あるケミストさん：04/11/19 12:58:05

>>789
もっとも正しい方法は、研究室の先輩か助手等の先生に聞くこと。
これから卒論等でお世話になるんだから、ちゃんとした関係を築くこと。

>>794の言っていることが、“重なり積分を調べる”ということです。
しかし２つの原子軌道に重なりがある場合、その２つのAOの間でどのように
分配するかは一義的には決まりません。
なので、その分配の方法には、いくつかのやり方があって、>>795が述べている
のがそのうちの代表的なやり方のうちの２つです。
Gaussianではpop=fullだとMulliken population analysisが行われます。
ただ"Full Mulliken population analysis"や"Gross orbital population"として
全ての占有MOの和のみ表示されるようです。
なのでご所望の“各MOごとのAOの割合”は、自分で計算する必要ありかも？
＃何か可能な方法があれば、ご指摘ください＜識者様
ザボ程度を理解していれば可能な簡単な計算かと思います。
＃手計算は無理だけど。

817 ：あるケミストさん：04/11/19 23:44:34

>>816
2つのAOの重なりを、単純に半分ずつ割り振ればいいんじゃない？(Mulliken近似)。

単純に考える。AOが2つあって(AO1とAO2)、
分子軌道MO_a = c1 AO1 + c2 AO2 とする。

このMO_aにおけるAO1の割合(%)は、

[ (|c1|**2 +|c1*c2| S12　)/ sqrt (c1**2+ 2c1*c2*S12 + c2**2) ] *100
(S12はAO1とAO2の重なり積分)

これが>>789が求めるものだと思うよ。
Gaussianだったら、重なり積分はスクラッチファイルに保存されているので、
EXCELがあれば簡単に計算できるんじゃないかな。

818 ：あるケミストさん：04/11/20 01:35:00

>>817
MOの各AOに対する割合の問題なら、規格化するだけでいい。

|C1|*100/SQRT(|C1|^2+|C2|^2+2C1*C2*S12) (%)

819 ：あるケミストさん：04/11/20 06:10:18

>>818
無茶苦茶な事言わない！
あらゆる事が分かってない！

>>817 も分母ルートとっちゃったら
足して 100% にならんぞ。

820 ：あるケミストさん：04/11/20 08:37:29

分母のルートとらないのが正解だな。あと分子は符号付きでc1*c2*s12じゃない？

821 ：あるケミストさん：04/11/20 12:27:22

>>789～

なんだ、なんだあ・・・
このスレを見ている人でも各原子軌道が何％あるかは
意外と分かっていないかも。
かく言う漏れも、重なり積分を考慮し忘れていた。

822 ：あるケミストさん：04/11/20 15:05:41

みんな、やさしいな。

823 ：あるケミストさん：04/11/20 17:55:49

みんな女の子だからな

824 ：あるケミストさん：04/11/20 18:36:07

生物学的に言うと、男は半分「女」

825 ：あるケミストさん：04/11/20 19:11:35

Pt(II)の四面体錯体について様々なDFT計算を試みたところ、結合長・結合角・
振動スペクトル(IR・ラマン)の波数およびその強度のいずれについても、
mPW1PWマンセーであるという論文を読みました。
(J.Comput.Chem. 22:901-912,2001)

お尋ねしたいのは、第３周期の遷移金属錯体についてもmPW1PWはB3LYPなどの
他のDFTと比べて良い結果を与えるのかどうか、また計算時間はB3LYPと
比べてどうであるのかです。
現在計算中の系は、Coを含む49原子の系で、LANL2DZで244基底あります。よろしくお願いします。

826 ：あるケミストさん：04/11/20 20:46:40

>>825
どこのマシンを使ってるのか？
話はそこから始めようではないか。

827 ：あるケミストさん：04/11/20 20:56:43

>>825
スピン多重度教えて下さい

828 ：あるケミストさん：04/11/21 10:35:12

初期構造にもよるがペンチアム４の１６クラスターマシン使えば３００基底で最適化＋振動計算は２時間。
計算時間待っている間に遊びに行くことができなくなったよ・・・。

829 ：825：04/11/21 10:54:42

返信ありがとうございます。

>>826
大学内のベクトル計算サーバに接続して実行しています。SX-5で、
＞　<ハードウエア>CPU：8GFLOPS(4GFLOPS×2)，主記憶：4GB，ディスク：70.4GB，DAT装置
とWebページには書いてあります。

>>827
電荷+3、スピン多重度1(低スピンd6錯体)です。

>>828
HF/STO-3G(全基底関数=138)による練習＆予備的な最適化でさえ、実時間で5時間かかっています。
しかし結果の最後に出るCPU Timeは0.2秒…
B3LYP/LANL2DZ(全基底関数=244)でのシングルポイント計算では実時間50分(CPU Time表示=0.5秒)でした。
チェックファイルを読む設定にするとCPU時間の表示が狂うのでしょうか？

830 ：あるケミストさん：04/11/21 11:31:09

>>829
SX-5か。だったらCPU表示はあてにならん。

831 ：あるケミストさん：04/11/21 14:07:02

三次元角座標の体積素片が
dτ=r^2sinθdrdθdΦ
になることが求められません。

832 ：あるケミストさん：04/11/21 16:18:23

>>831
祭文と真っ赤ー理に載ってるでしょ

833 ：あるケミストさん：04/11/21 19:57:42

凄い変換の仕方だなｗ

普通にヤコビアン求めりゃいいだけだよ。
解析の教科書でも嫁。

834 ：あるケミストさん：04/11/22 22:31:41

いつまでたってもこの板のレベルは低い。

835 ：あるケミストさん：04/11/23 00:15:35

量子化学の話題というよりも質問スレになってるからね。
なんで２ｃｈなんかに書き込むのか分からない質問がおおい。
これでは、識者が覗いてもすぐに離れてく。

836 ：あるケミストさん：04/11/23 11:08:59

>>835
そんなこと言わずに2chねらーなエライ先生を常駐させてよ～　(　´∀｀)σ)∀`)

837 ：あるケミストさん：04/11/23 13:58:01

>>835
つまらない質問はスルーするだけ。気にするな。

838 ：あるケミストさん：04/11/23 18:10:18

>>789, >>799, >>825, >>831のようなつまらない質問をスルーしないやつがいるからたちが悪い。
ま、ネタがないのも事実。

839 ：あるケミストさん：04/11/23 18:43:53

おまいらが一番つまらんよ。

840 ：あるケミストさん：04/11/23 20:54:50

このスレが本来の目的に戻るために、敢えて質問を書きます。

Q）導電性高分子の導電機構には荷電ソリトンまたはポーラロン（バイ
ポーラロン）が必要とされていますが、これらの記述（願わくば、これ
らの移動度の計算）に最も適した計算理論は何でしょうか？

勿論SuらのSSHハミルトニアンなら一番良いのですが、Gaussianなどの
汎用の量子計算プログラムを使った計算を検討しています。ポピュラー
な系としてポリアセチレンがありますが、MP2で1000merなんていう計算
は無理がありますので、20mer位のモデル系を対象として考えています
（ソリトンの広がりは14mer程度ですし）。

宜しくお願い致します。

841 ：あるケミストさん：04/11/23 21:14:25

うちの研究室にいる量子化学専門の助教授のｾﾝｾは、200%の2chﾈﾗです。きっとこの板も見ているに違いないっす。

842 ：あるケミストさん：04/11/24 15:55:30

まず完全に防音の、鍵のある教室を用意し、この中に「ｙ=ｍｘ」と置くかも
知れない生徒を一人入れる。教室の中には他に、「荻野講師」を入れ
ておく。もし教室の中で「ｙ=ｍｘ」という接線が置かれた時、講師はそいつに
マジギレするが、接線が発生しなかった場合はマジギレせずにすむ。この
実験において、中の人が「ｙ=ｍｘ」と置くかどうかは完全に確率の問題である。
仮に中の生徒がゆうやく振り切れずに１時間で「ｙ=ｍｘ」と置く確率が50%として、
この教室の鍵を閉め、１時間放っておくと、講師はキレているだろうか？　
生徒は無事でいるだろうか？　確かに確率を用いて記述することもあるが、
原理的には「中の生徒の回答」の状態は二通りしかない。入試論においては、
その状態は原理的に正解と不正解の重ね合わせであり、どちらか一方だけを
とるのではない。つまり、教室の中の生徒は半分ゆうやく振り切れ、半分ゆうやく
振り切れていないという奇妙な状態が続いていると考える。そして観測者が教室を
開けた瞬間、中の生徒の回答の状態群が一つの状態に収束する。このような考えは
論理的には誤っていないが、余りにも日常感覚とかけ離れているため、数学的
実在と日常的実在をどう統合させるかが、現代哲学において大きな問題となった。

これを「シュレディンガーのおぎの」と言う。おーん。

843 ：あるケミストさん：04/11/24 16:20:54

>>842
元ネタがマイナー過ぎるねぇ、と
元ネタがマイナー過ぎるねぇ、と
元ネタがマイナー過ぎるねぇ、と
元ネタが、マイナー過ぎる、ねぇ、と
マイナー過ぎるってのはマイナー過ぎるくらいマイナスなんだよ
だから元ネタがマイナー過ぎるねぇ、と
マイナー過ぎるをこう意訳しよう
他のスレでやった方がいいねぇ、と
他のスレでやった方がいいねぇ、と
他のスレでやった方がいいねぇ、と
他のスレでやった方がいいねぇ、と

844 ：あるケミストさん：04/11/24 22:24:17

HOMOとLUMOの分子軌道Ψ1、Ψ2と準位エネルギーE1、E2が
求まっているとき、遷移確率ってどのように表せますか。
検索したのですが、摂動とかで扱う式しか見つかりませんでした。
教科書のポインタでもかまいません。よろしくお願いします。

845 ：あるケミストさん：04/11/24 22:52:17

先生、出番です。

846 ：あるケミストさん：04/11/24 23:07:06

この程度の内容のことは義務教育のうちに教えてしまうべきである。

847 ：あるケミストさん：04/11/24 23:34:44

>>844

君は「図書館」というもの知っている？

848 ：あるケミストさん：04/11/25 00:47:59

遷移はオービタル間ではなく状態間で起こる。

849 ：あるケミストさん：04/11/25 01:13:32

だからオービタルがわかっているときの遷移確率なんだろ。
ばかばっか。

850 ：あるケミストさん：04/11/25 01:36:36

マッカーリサイモンのmolecular spectroscopyの章あたり読めばいいんちゃうん？

851 ：あるケミストさん：04/11/25 11:34:01

いっぱい釣れた～　ｗｗｗｗｗｗ

852 ：あるケミストさん：04/11/25 18:30:57

>>851
MP30

853 ：あるケミストさん：04/11/25 23:12:29

>>852
MP30、いっとけ。

854 ：あるケミストさん：04/11/26 05:15:33

>>849
HOMO と LUMO が決まった所で状態は決まらない。
本当にバカはすっこんでいてくれよ。

855 ：あるケミストさん：04/11/27 00:22:15

>>749,756,764
遅レスですが、EHMO法による最適化に関して
いくつかアドバイスを。

もうご存知かも知れませんが、最適化法に関しては
Andersonらの文献に加えてCalzafferiらの論文も参考になります。
ttp://iacrs1.unibe.ch/start.html　でいくつか論文が入手可能です。
特にttp://iacrs1.unibe.ch/pdf/JPC-093-89.pdfの
Appendixには電子間反発の式の具体的な形の記述があるので
参考になると思います。

文献にあるように電子間反発式はslater exponentの関数になるので、
うまくスタッキングが合うようにexponentを最適化・あるいは式
そのものを変形すればEHMOもある程度最適化に使えるかも
知れません。

856 ：855：04/11/27 00:48:14

(続き)
しかし2000原子ともなると系の自由度が非常に大きく、
また数値誤差の蓄積も大きいのでいろいろと注意・工夫が
必要となる気がします。いきなりRNA全体を計算するよりは
まずは重要な部分に絞って第一原理で計算を始めて
傾向などを調べてみるのはいかがでしょうか。また、
以前スレで議論のあったONIOM法やQM/MM法などを
選択肢として考えてみるのもいかがでしょう。

ちなみにネタにマジレスすると、
>>779 は上記と似た方法論に基づくEHMO法
(Tight-Binding近似)によるMD計算です。

長文失礼しました。

857 ：あるケミストさん：04/11/27 02:54:18

>>855=856
あほ。

858 ：749&756：04/11/27 09:52:14

EHMOを大規模系に適用する場合のアドバイス、有難うございます。

最も理想的な方法は分子力学法の１つUFF（UniversalForceField）と
EHMOを組み合わせた方法なのですが、今の所このような手法は提案
されていないので（私も時間があれば取り組みたいのですが）。

>まずは重要な部分に絞って第一原理で計算を始めて
　傾向などを調べてみるのはいかがでしょうか

参考になりました。有難うございます。

859 ：あるケミストさん：04/11/27 13:02:21

>>858
2000原子なら大規模DFT計算ソフトのｱﾚが使ってみたら？

860 ：あるケミストさん：04/11/27 21:11:10

>>859

DFTは水素結合が不得意なのだ。残念！

861 ：あるケミストさん：04/11/27 21:25:58

水素結合が不得意なのに
蛋白質とか計算して大丈夫なのかのぅ。

例の長距離補正が実装されれば
状況は変わってくるのかな？

862 ：あるケミストさん：04/11/27 22:08:27

藻毎ら初心者すぎてマジうけるんだけど。

863 ：あるケミストさん：04/11/27 23:25:15

藻前ら、ＤＦＴで水素結合が計算できるように改良しる！

864 ：あるケミストさん：04/11/28 11:52:43

>>861 水素結合が不得意なのに蛋白質とか計算して大丈夫なのかのぅ。

水素結合が不得意な反面「（計算コストがかかる）電子相関を
（完全ではないが）あらかじめ含んで計算できる」という埋め合
わせがあるので良しとしているのでは？

>>862 藻毎ら初心者すぎてマジうけるんだけど。

初心者じゃない話題を提供汁。

865 ：あるケミストさん：04/11/29 22:25:34

あげときます

866 ：あるケミストさん：04/11/29 22:35:01

水素結合に関しては、

半経験的MO＞ab initio　HF＞DFT

867 ：あるケミストさん：04/11/29 23:15:09

error functionって何ですか？

868 ：あるケミストさん：04/11/30 00:33:56

>>866
MOPAC ?

869 ：あるケミストさん：04/11/30 01:30:42

>>866 半経験的MO＞ab initio　HF＞DFT
ホンマかい？　半経験法はパラメータに左右される上、水素結合の
パラメータがないので、本来はDFT位の信頼性しかないはず。

>>868
敢えて言うならPM3が一番良好

870 ：あるケミストさん：04/11/30 06:25:24

まっくすぱるたんが最強

871 ：あるケミストさん：04/11/30 11:04:58

>>870
なわけねーだろﾀｺ

872 ：あるケミストさん：04/11/30 13:43:52

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4130621114/249-7167985-0738705

昔は量子化学のバイブルでした。, 2002/06/02
レビュアー： qキュー (プロフィールを見る) 　神奈川県
10年ほど前、私の学生時代にはどこの大学でも、この本が量子化学のバイブルとしてゼミ等で用いられていましたが、
今は密度汎関数法(DFT)の時代ですので、そろそろ役割を終えつつあります。下巻も同じです。

873 ：あるケミストさん：04/11/30 21:29:26

hyperchemはどうよ？　使える？

874 ：あるケミストさん：04/11/30 21:31:29

>>873
Model Viewer にだけなら･･･

875 ：あるケミストさん：04/11/30 22:06:51

DMostar (+ MOPAC7)　無料
Win Chem3D Ultra (+ CS MOPAC + PC GAMESS) ４万円前後
Win Hyperchem １０万円前後
Win Spartan　１５万円前後
Cerius2 よく知らない

MDが必要ならChem3D UltraかHyperchem、
（Tinker+DMostarという手もあるけど・・・）
でも、第一原理MDはHyperchemかCerius2しかできないかも。
Amberも第一原理対応？

ab initioHFやDFTが必要ないならDMostar
DFTまでならHyperchem、
MP2とかもやるならSpartanかな。

自作プログラムが一番安上がりだけど、
細かい補正を見落としたり、パラメータを探したりするので
滅茶苦茶時間がかかりそう。

876 ：あるケミストさん：04/11/30 22:09:31

>>875
ありがとうございました。

877 ：あるケミストさん：04/11/30 22:17:56

いまの時代、プログラムを自分で一から作るのは量子化学の勉強の目的以外ないんじゃないのかな。
実際に研究のために使うならGaussianとかの市販品に頼るほかないと思うけど・・・、どうなんだろう。
おしえて、エライひと！

878 ：あるケミストさん：04/11/30 22:22:46

大型計算機センターなら、Gaussianは大抵インストールされてるでしょ。
大掛かりなＰＣクラスター組むより、センターの利用料金の方が安いかもよ。

879 ：あるケミストさん：04/11/30 23:57:05

>>878
安く使えるとこ知ってたら教えて下さい。

880 ：あるケミストさん：04/12/01 21:13:17

>>877
新しい理論を作ってそれを試したい時には、
プログラムを作らざるを得ないね。
全部一から作るかどうかは状況次第だが。

881 ：あるケミストさん：04/12/01 22:51:56

>>879

岡崎の分子研HPを見よう。

882 ：あるケミストさん：04/12/03 12:56:55

この分野って女の人いますか??

883 ：あるケミストさん：04/12/03 13:26:46

>>882

いますよん。
学会で同時開催されるセミナーなんかを見ると、LSI設計の
セミナーよりは多い。
しかし、生物化学の学会に比べるとやっぱ少ないでごわす。

884 ：あるケミストさん：04/12/03 19:53:59

>>883
講演で男だと厳しい質問が飛び交うのに、女性だと質問のつっこみが甘いんだよな・・・日本の学会は・・・。

885 ：あるケミストさん：04/12/03 20:38:36

>>882

漏れは一旦質問して、後でナンパの口実にしないよう
心掛けている

886 ：882：04/12/03 23:52:23

そうでつか。
ちょっと安心しました。。。

887 ：あるケミストさん：04/12/04 00:31:42

東北大の3.2Gflops×16並列（メモリ32GB）×約4ヶ月で10万円（定額制）って、
安いですか？

888 ：あるケミストさん：04/12/06 19:05:16

からあげでしゅ

889 ：あるケミストさん：04/12/08 20:28:17

量子化学の参考書でオススメはなんですか？

890 ：あるケミストさん：04/12/09 07:36:22

季刊化学総説　No.46 (2000) 高精度分子設計と新素材開発
「分子設計のための量子化学」（西本，今村）講談社サイエンティフィック
「実験化学講座-第５版　No.12　計算化学」丸善
「計算化学実験」（堀，山崎）丸善　CD-ROM付
DV-Xα法なら「はじめての電子状態計算」（大和田　他）三共出版　CD-ROM付
DFTなら　「密度汎関数法とその応用」（里子，大西）講談社サイエンティフィック

他、諸々だが
やっぱ王道は「量子化学入門」（米沢　他）化学同人　←京大・福井研５人衆の執筆

891 ：あるケミストさん：04/12/09 19:58:03

ＭＰ２やＭＰ３の解説が詳しい参考書はありますか？

892 ：あるケミストさん：04/12/09 21:10:49

鞍馬先生の本を忘れちゃいかんよ。

893 ：あるケミストさん：04/12/10 09:19:46

うちの大学の量子なんて凶漢の書いた本ばかりだよ（´・ω・｀）

894 ：あるケミストさん：04/12/10 11:18:39

でも学生に買わせたくらいじゃ、もらえる印税はたいしたことないらしいよ　（´・ω・｀）

895 ：あるケミストさん：04/12/12 18:55:39

凶漢なんて書かねーで
信用して読んでみろよ

執筆者のレクチャーを受けられるのは幸せなことだ。

896 ：あるケミストさん：04/12/13 20:09:31

金クラスターにThiopheneとか吸着させる時に
HFだと30kcal/molくらい吸着エネルギーあるのに、
b3lypだと0になってしまうのは何故でしょう

897 ：あるケミストさん：04/12/13 20:34:07

>896
MP2 + triple zeta系のbasis setでやったらどうなった？

898 ：あるケミストさん：04/12/13 20:56:56

>897
やってない
ってか計算時間が長すぎてできないと思いますが

899 ：あるケミストさん：04/12/13 21:34:23

>>896
ね、ね、どうやって求めたのっ？？
教えてっ

900 ：あるケミストさん：04/12/13 22:19:03

個々にOPT、二つでOPT
吸着状態のEtotから個々のEtotを引く

901 ：あるケミストさん：04/12/13 22:25:40

>>896,900

BSSEは考慮しているの？

902 ：あるケミストさん：04/12/13 22:44:58

>>900
それやばいよ。まじで。モースポ（ｒｙ

903 ：あるケミストさん：04/12/14 00:03:46

GAMESSで励起状態を計算するにはIEXCITってのを設定するのでしょうか？

904 ：あるケミストさん：04/12/14 05:32:44

>>903
GUGA 使ってんなら、$GUGDIA の NSTATE だよ。
IEXCIT は励起配置を作る時の励起数の上限。

905 ：あるケミストさん：04/12/14 11:23:11

>>904
ありがとうございます。やってみます

906 ：あるケミストさん：04/12/14 17:23:45

>>902
モースポ？？

907 ：あるケミストさん：04/12/14 18:08:54

>>902
モースポテンシャルを使えという事ですか？
>>901
LANL2DZでもBSSE補正は必要ですか？

908 ：あるケミストさん：04/12/14 20:28:23

>>907
BSSE補正しる！

909 ：901：04/12/14 20:57:05

>>907
系が違うならBSSEは生じると感じた師走の夜。

以前、G98_A7以前用にBSSE補正が出来るキーワードの
組合せがCCLに投稿されていたと聞く。

知っている人、こそーと内緒に教えて。

910 ：あるケミストさん：04/12/16 23:50:57

HOMOを直接画像化できる時代をこの先生きのこるには

【物理/化学】強力フェムト秒パルスレーザーを使ってHOMOを直接観察
http://news16.2ch.net/test/read.cgi/scienceplus/1103176826/l50

911 ：あるケミストさん：04/12/17 01:16:56

なにげにすごいニュースじゃないか

912 ：あるケミストさん：04/12/17 05:46:04

困るなあ
また片身が狭くなっちゃうじゃないですか
　
要は電子をはがしたりくっつけたりを数千回やって積算するってことね

913 ：あるケミストさん：04/12/17 13:58:59

>>912
HOMOの形がわかるなんて、計算屋にはむしろ良いニュースだよ。

詳細は論文を読んでみないとわからないけど、実用的にこれが測定
できるようになれば、計算屋もよりハッスルハッスルするようになる
と思う。

914 ：あるケミストさん：04/12/18 02:46:03

静的電子相関が大きい系ではどうなるんだろ。

915 ：あるケミストさん：04/12/18 10:13:05

>>914
静的電子相関って？

916 ：あるケミストさん：04/12/18 17:20:43

>>915

漏れも知りたいです。

917 ：あるケミストさん：04/12/18 17:54:46

ぐぐれ馬鹿

918 ：あるケミストさん：04/12/19 00:02:06

>>910
とりあえず、オゾン測ってほしい

919 ：あるケミストさん：04/12/19 10:45:14

>>918
酸素分子も測って欲しいな。

920 ：あるケミストさん：04/12/19 15:05:56

クリスマスまでに恋人が欲しいですorz

921 ：あるケミストさん：04/12/20 19:38:32

920と♀の構造を最適化してみたけど、gaussianに安定な結合は作らないって言われたよ
どうすればいいかな？

922 ：あるケミストさん：04/12/20 23:10:09

山田君、>>921の座布団ぜんぶ持っていって。

923 ：あるケミストさん：04/12/21 22:11:30

>>921
そんなこと、計算機を使うまでもなく、ヒュッケル法でもわかるだろ

924 ：あるケミストさん：04/12/21 22:45:43

うちのボスがこのスレに晒されていたので思わず笑ってしまった。

925 ：920：04/12/22 01:22:57

　　　　　　ﾊﾟｰﾝ
　　　 _, ,_ ∩
　（　‘д‘）彡☆))Д´) >>921
　　　⊂彡
馬鹿野郎、どうせ基底関数にSTO-3Gでも使ったんだろ!

　　　　　　ﾊﾟｰﾝ
　　　 _, ,_ ∩
　（　‘д‘）彡☆))Д´) >>923
　　　⊂彡
ヒュッケルなんて当てになるか!

計算結果が間違いである事を祈る。
t=クリスマスとしたらもう計算結果は見えているのか…。

926 ：あるケミストさん：04/12/22 02:48:01

>>920
漏れの近所にあるクリスマスツリーの電球は数百個（1000はいかない）あると思う。
数百原子の構造最適化を（MP4クラスの）ab-initioでやったことある？

>>525は、複雑な基底と最新の理論を使えば良好な結果が得られると思っている
　シロート君。

927 ：926：04/12/22 02:51:00

>>525じゃなくて>>925だった。失礼。

Huckel法とSTO-3Gの有効性は過去レスを参照。

928 ：あるケミストさん：04/12/22 08:24:11

>>923
ヒュッケルなんて過ぎた代物だ。
井戸型ポテンシャルモデルで十分。

929 ：とあるケミスト：04/12/22 09:21:53

（皆様へ）

このスレッドの順位が100以下になりましたのでAgeます

930 ：あるケミストさん：04/12/22 23:57:41

>>928
しかし、井戸型ポテンシャルってのも乱暴だな。

931 ：あるケミストさん：04/12/23 09:03:05

役に立つので近くにいて欲しいけど、あんまり近づいてくるとうざい
適当なポジションでうろうろしてるのがよい

932 ：あるケミストさん：04/12/23 09:44:42

役に立たないので無限遠にいて欲しいけど、
あんまり遠ざけるとあちこちと反応されてうざい
適当な位置で基底状態に居るのがよい

933 ：あるケミストさん：04/12/23 12:29:39

たまに色気見せると勘違いして励起する

934 ：あるケミストさん：04/12/23 12:46:17

励起状態から基底状態にもどる時、どうなりますか？

935 ：あるケミストさん：04/12/23 14:26:19

エネルギーを放射します
スペルマとして現れます

936 ：あるケミストさん：04/12/23 15:52:34

オレ量子化学に興味あるんだけど、量子化学系の先生たちの評判が悪いです。
あの先生だとまともな卒業研究できる気がしない。オレはどうすればいいん
だろう...orz

937 ：あるケミストさん：04/12/23 17:41:51

>>936
いかないほうがよい。

938 ：あるケミストさん：04/12/23 20:15:58

学部では独学でやって、修士からは他の大学の研究室に行くとか。

939 ：あるケミストさん：04/12/23 22:09:52

>>936
絶対に止めておけ。
研究室は、研究室の雰囲気で選べ。性格のいい先生のところへ行け。

評判の悪い先生のところへ行ってストレスをためながら研究するのはマジで辛いぞ。
イジメにも遭うかもしれん。ちゃんと研究させてくれないかもよ。一年棒に振るな。
誰の力も借りず一人で研究して論文がかける人間なら別。

940 ：あるケミストさん：04/12/24 09:35:18

>>939
具体的にどこの大学だよ？ｗ

941 ：あるケミストさん：04/12/24 11:26:55

G98で共鳴積分を評価するには、Outputのどの部分を見たら
いいのでしょうか？
あるいは必要なキーワードはありますか？

Popキーワードに関連したOutputしか思い当たらないので。

942 ：936：04/12/24 20:16:59

>938
修士から他の大学院って結構キツくないですか??
うちは特に低レベル大学なので。。。

943 ：あるケミストさん：04/12/24 23:24:04

>>942

>>938
＞独学で

944 ：あるケミストさん：04/12/25 08:00:45

>うちは特に低レベル大学なので。。。

大学では無くて君が低レベルなのかもな、

945 ：あるケミストさん：04/12/25 08:04:36

量子化学の先生にも性格が極悪なのがいる。
そういう先生には、必ず陰湿な助教授・助手なのがついている。
院生は先生の奴隷となって働いている。
学部生はわけわからず院生からイジメられている。

研究室は殺伐としている。学生同士での会話すらありえない。
こんな研究室もういやだ・・・。
ああ・・・となりの研究室から楽しい笑い声が・・・。
いったいどこで道を間違えたんだろう・・・。もう死にたい。。。

（某国立大学ドクターコース２年　匿名希望）

946 ：あるケミストさん：04/12/25 08:14:37

>>945
>量子化学の先生にも性格が極悪なのがいる。

その先生は性格破滅者ですか？
詳細希望。
某国立大は所在地はどこかな？

947 ：あるケミストさん：04/12/25 10:27:28

ていうか極悪な先生がいるのは別に量子化学に限らんのでは？というのが俺の意見ですが

948 ：あるケミストさん：04/12/25 11:44:49

>>946
とりあえず、某都ではないようだな

949 ：あるケミストさん：04/12/25 12:05:18

このスレ見てて思うが、基本的に量子化学の人間は陰湿なのかもしれん…。

950 ：あるケミストさん：04/12/25 12:09:49

それを「木を見て森を見ず」って言うんだ

951 ：あるケミストさん：04/12/25 12:27:00

>>949
有機屋よりははるかにまし