B29に対抗できる武器はなかったのか？

対抗できる武器がなかったではなく、B29を探知→誘導→捕捉
出来る通信網が貧弱過ぎたのが原因。

>重要施設のめぼしいのがあらかたかたずいたので、都市を焼け野原にして降参させようと

高々度からの戦略爆撃に失敗したので、業を煮やした米海軍が艦載機で重要施設を叩きました。
都市に対する絨毯爆撃は、いわば陸軍航空隊の失敗を隠蔽するためのキャンペーンだす。
日本を直接的に降伏に追い込んだのは、むしろ潜水艦による通商破壊と機雷による封鎖ですよ。