2000〜2003年度
人気の絶頂期に相当する。
ハム太郎達の冒険範囲が最も広かったのがこの時期であり、これを土台に様々な冒険的展開を繰り広げるようになった。
ハムスターのみで近所の探検を繰り広げるエピソードもあれば、ロコちゃんやカナちゃんの家族などの車にハムちゃんずが乗り込み色々な場所に行くという展開が主流であった。
また、2003年度末期はくるりんちゃんの登場頻度が高くなる。
2004年度
タイトルを「とっとこハム太郎 はむはむぱらだいちゅ」に改名。
この時期になると主に異次元世界での冒険がメインとなり、ハムちゃんずの遊び場も地下ハウスからジュエリーハウスに変わった。
新レギュラーとしてマキちゃん、ラピスちゃん、ラズリーちゃんが登場。
お菓子が空や至る所に点在する「すいーちゅぱらだいす」や、巨大な鍋で行ける様々な世界での冒険を繰り広げ、にじハムくんやエンジェルちゃんなど、現実世界には存在しないハムスターが登場すると言ったパターンが多くなった。
また、ロコちゃんがエピソードのラストシーンで日記をつけないパターンも増え、8月上旬~下旬放送分では4週に渡る冒険を繰り広げるなど昨年度には無かった新要素も多数追加された。
タイトルロゴの追加に伴い新BGMもいくつか追加され、ロコちゃんが日記をつける時の曲のメロディーも変更された。
しかし、視聴者の中にはこれまでのハム太郎とは内容があまりにもかけ離れてしまったことを憂う声も多く、このことを受けて年度の終わりに「すいーちゅぱらだいす」を封鎖すると言う動きが見られた。
次年度からはすいーちゅぱらだいすの登場は一切なくなり、すいーちゅぱらだいすの入り口のあるジュエリーハウスも使われる機会がほとんどなくなった。
また、エポック社から「すいーちゅぱらだいす」関連のグッズが発売されたが、グッズ発注から出荷までの時差の影響により、作中で「すいーちゅぱらだいす」がなくなった後に発売されると言う皮肉な事態となった。
2005年度
この時期になると、再び普通の人間界での冒険が主流となる。
遊び場は再び地下ハウスに変わり、一時は2000〜2003年度の流れに戻されたかのように思われたが、1クールを経て「ハムハーの木」という新しい遊び場も追加され、ハムハーの木に留まり色々な事をする回が多くなった。
ハムハーの木の住人としてそらハムくん、オーキニーちゃん、ミステリーちゃん、マジカルくんがメインキャラの位置付けで登場するようになり、2004年度のレギュラーであったラピスちゃんとラズリーちゃんが登場しない回もそれと同時に多くなった。
この頃になると新キャラの登場に連動する形で一部のキャラの出番が著しく減少してしまい、ハムスターが冒険する範囲が初期と比べて狭くなった他、脚本を書く人の好みでキャラクターの設定が改変される、作画崩壊が発生すると言った不祥事も多くなった。
この時期は本作の黒歴史と評する意見も多く見られ、とどのつまりはこの時期を最期に30分枠での放送は打ち切りとなった。
なお、この年度の話を収録したDVDシリーズは2007年の2〜3月と言う本作のグッズ市場が完全に萎んだ頃に一括して投売りされる形となり、レンタル店で取り扱われることは一切なかった。
このことに関連して、本作にはシリーズ構成が置かれなかったこともあり、製作者の当作品への理解が薄かったのか、2005年度においては過去に放送された「とっとこハム太郎(無印)」時代のものとは内容的に差異(矛盾)が生じることが多々あった。
・初期はハムスターのチョコレートを食べさせないように作中で注意を促す描写があったが、2005年度ではハムスターに本物のチョコレートを食べさせる描写があった。
なお、2004年でもすいーちゅぱらだいすのお菓子をハムスターに食べさせる描写はあったが、「ハムスターでも食べられる」と言う設定が作中で公表されていた。
・タイショーくんが船酔いしやすいと言う設定が2003年度まで継続していたが、2004年度以降にはなってからタイショーくんが水上の乗物に乗っていてもそのような描写がされなくなった。
ちなみに、タイショーくんは作中では「船酔いをいつか克服してみせる」と発言していたが、これと直接の関連性はないと思われる(ちなみに2000年度の23話でもそのような描写はなかったが、この頃はそのような設定がつけられていなかったと思われる)。
・くるりんちゃんがハム太郎のことが好きであると言う設定が2004年度以降は主流となっているが、そもそもくるりんちゃんは141話にハム太郎に失恋したと言う描写がされているため、明らかに矛盾している。
・後半はおしゃれちゃんがハム太郎のことが好きであると言う設定が加えられているが、そのようなことを示す伏線は一切なかった。
・ハムちゃんずの中で運動が得意であると言う設定のトラハム兄妹は、初期はスポーツに関連する話においてはほぼ活躍するのが主流であったが、2004年以降はそのような描写がほとんどなく、ハムちゃんず全体の「運動神経」に明確な基準がなくなってしまった。
また、トラハムくんはスケートボードを、トラハムちゃんはリボンなどの新体操グッズを良く使用していたが、2004年度以降にはほとんど使用しなくなった。
また、女の子を呼び捨てにしないはずのトラハムくんが、2005年度ではちび丸ちゃんのことを呼び捨てにしている回があった。
・初期はパンダくんが設計した遊園地「ハムちゃんずランド」や、人力機関車「ハムちゃんず号」が積極的に使われていたが、2004年度以降になって全く使われなくなった。
また、2005年度では245話のめがねくんの発言のみ「ハムちゃんずランド」のことを指す言葉が表れたが、「ハムハムランド」と誤って発言されている。
・じゃんぐるべーる島のライオンさん、ウサギさん、カエルさん、ゼブラさんが、2005年度にハムちゃんずの街に登場する回があったが、じゃんぐるべーる島は初めはラズリーちゃんの魔法によってのみ訪れた場所であり、ハム太郎の住んでいる街からは
異次元の国とも呼べるほど遥か遠くにあり、方角関係も一切わからないため、一筋縄にハム太郎の街に辿り着く手段が見当たらないことを考えると、この4匹が何事もないようにハム太郎の街にいることは不自然である。
余談だがエンジェルちゃんなど現実世界に存在しないはずのハムスターが、最終回に登場していると言う不明瞭な描写も見られた。
2006年度から「のりスタ!|のりスタ!は〜い」のおまけコーナーの一つとして5分枠に変わる。
キャラクターグラフィックも3Dに変わり、主にハムちゃんずがメインキャラクターとなる。
30分枠に登場した多くの人間のキャラは削除されたが、ロコちゃん、どんちゃんは登場した。
しかし、登場するハムちゃんずは初期メンバーはである15匹だけになり、2007年度には過去の話をそのまま放送する回が増え始めた。
結局ほとんど話題性を得られず、結果的にはハム太郎離れに拍車を掛けただけに留まった。
本作の30分枠での再アニメ化や、2007年度に発売されたニンテンドーDS用ソフト「とっとこハム太郎は〜い! ハムちゃんずのハムハムチャレンジ! あつまれは〜い!」以降の新たなグッズ展開のような企画の具体的な声が聞かれる事は無く
2008年度には5分枠のアニメコーナーも終了してハムちゃんずは一部のコーナーや番組進行役としてのみの出演となった。
2009年度までには本作のカレンダーの発売や雑誌での連載は終了した。
これまでの知名度や人気の安定度から鑑みれば、これほど人気が低下したアニメは異例と言える。