両親の死という現実を受け入れられずに塞ぎこんでいた幼い頃の理樹は、恭介が率いる「リトルバスターズ」と呼ばれる遊び仲間たちに迎えられ、
暖かな安らげる居場所を見つけ出す。
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幼い頃から遊んで来た恭介、謙吾、真人、鈴、理樹の 5 人組は、新学期になってなにか楽しいことをやろうという話になり、野球チーム「リトルバスターズ」を結成。
小毬、美魚、葉留佳、クド、来々谷といった仲間たちを新たに集め、絆を深めていく。(この間に、理樹と鈴が付き合い始める。)
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ところが彼らが向かった修学旅行で悲劇が起こり、崖の下へ彼ら全員を乗せていたバスが転落。真人と謙吾、
恭介たちが身を挺して理樹と鈴を守るものの、理樹と鈴以外は助かりそうもない窮地に陥る。
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しかし理樹と鈴はいまだ過去のトラウマを引きずっており、二人だけが生き残ったというその苛酷な現実に立ち向かえるほどの強さを持ち得ない。
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二人の先行きを案じた恭介が真人や謙吾たちに呼びかけると、彼らはそれに呼応。それと同時にリトルバスターズのメンバたちの思いも加わり、
(鈴と理樹を除く)8 人により虚構世界が作り出される。(これが作品世界)
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その虚構世界の中で彼らはモラトリアムに興じるが、恭介のみが理樹と鈴を育て、二人を現実世界に送り返そうと企てる。
そのために、理樹や鈴の心を育てるためのシナリオを組み立て上げる(5 人のヒロインたちの救済ルート)。これによって、理樹は現実を生きていく力強さを得ていく。
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恭介は同時に鈴についても、交換留学生という制度を介して現実を生きていく強さを身に着けさせようと画策するが、
性急に進めた結果、これが裏目に出て失敗し、鈴の心が砕けてしまう。
しかも虚構世界のループが元に戻っても、鈴の心は壊れたまま変わらなかった。(これはループが記憶を引き継ぐ特性を持っているためでしょうね)
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しかし、鈴の砕けた心すらも理樹は救っていき、さらには真人や謙吾たちをも救ってしまう。
それを元に恭介は理樹たちを過酷な現実(=二人しか生き残ることのできない現実)に送り返すことを決意する。