主人公たちがいる世界は
修学旅行中のバス事故によって半死状態の恭介が作り上げた虚構の世界。
謙吾と真人は、事故の際、理樹と鈴を庇って死亡。
生還者である理樹と鈴は、恭介の目から見ると脆弱すぎるため、
事故現場で目覚めても、絶望し生きていけないと判断。
そのため、創造した世界の中で、謙吾と真人と共に
何も知らない理樹と鈴を鍛えあげることにした。
恭介たちはループを繰り返すが、不測の事態が重なり、鈴が精神崩壊を起こす。
しかし、理樹は徐々に強さを獲得していた。
腑抜けになった恭介のかわりに、理樹はリトルバスターズを再結成。
恭介とも再び手を取り合い、どうにか理樹と鈴だけは現実世界へ帰還。
けれども、他の仲間たちの死亡を受け入れられない2人は
奇跡で事故直後へと戻り、生徒全員を助ける。
最後は、恭介のワゴン車に乗って、授業を抜け出し修学旅行をやりなおす。